LXL04_001464 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001464

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 27229676-27231416 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

831 bp · LXL04_001464|LXL04_001464|OH1004|cDNA

ATGCCGAGATTTGCCGTTCTCCAATGTTCAGATGATACTGATTACGTGAATAAGAAATACGGAGGTTATTTTGGGGTTTTCTTAAGATTGTTGGCGGATGATGGGGAATTTTGGGACGTGTTCCATGTTGTAGACGGAGATTTTCCTAACGATGAACAAATTGGAGTTTACGACGGTTTCGTGATTACTGGTAGCCGTAAAGACGCGTTTGGCAACGATGATTGGATCCGCCAACTTCTCACTTTGCTCAACAAAGTGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

831 bp · LXL04_001464|LXL04_001464|OH1004|CDS

ATGCCGAGATTTGCCGTTCTCCAATGTTCAGATGATACTGATTACGTGAATAAGAAATACGGAGGTTATTTTGGGGTTTTCTTAAGATTGTTGGCGGATGATGGGGAATTTTGGGACGTGTTCCATGTTGTAGACGGAGATTTTCCTAACGATGAACAAATTGGAGTTTACGACGGTTTCGTGATTACTGGTAGCCGTAAAGACGCGTTTGGCAACGATGATTGGATCCGCCAACTTCTCACTTTGCTCAACAAAGTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

276 aa · LXL04_001464|LXL04_001464|OH1004|PROTEIN

MPRFAVLQCSDDTDYVNKKYGGYFGVFLRLLADDGEFWDVFHVVDGDFPNDEQIGVYDGFVITGSRKDAFGNDDWIRQLLTLLNKVHLMKKKILGICFGHQILARVLGGRVARAVSGGDLGVRIINVSSSTHFFGNLKTPTTLSVIKCHQDEVHELPSDAEVLASSDKTRVEMFRYQDHIMGVQGHPEYTNDILMNLIDRFLQHRLMEVIQLLIASPNGVDILSRYAKKNVLMILFCVDEYVQESHAMEVRSKLAIEQPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001464`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001464

位置 Chr01:27229676-27231416 (-)

描述 Similar to GGP3: Gamma-glutamyl peptidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30550`	参与芥子油苷生物合成。	Cytosolic γ-glutamyl peptidases process glutathione conjugates in the biosynthesis of glucosinolates and camalexin in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083998
`At2g23970`	参与芥子油苷生物合成。	暂无已核实直接文献
`At4g30530`	参与芥子油苷生物合成。	Cytosolic γ-glutamyl peptidases process glutathione conjugates in the biosynthesis of glucosinolates and camalexin in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.083998
`At4g30540`	参与芥子油苷生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g23960`	参与芥子油苷生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001464 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0010120 camalexin biosynthetic process 生物过程

GO:0019760 glucosinolate metabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0099503 secretory vesicle 细胞组分

GO:0008233 peptidase activity 分子功能

GO:0034722 gamma-glutamyl-peptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G23960

ath:AT2G23970

ath:AT4G30530

ath:AT4G30540

ath:AT4G30550

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.615

排名 1 · LXL04_001464 · OH-1004

细胞核0.331

排名 2 · LXL04_001464 · OH-1004

过氧化物酶体0.110

排名 3 · LXL04_001464 · OH-1004

线粒体0.108

排名 4 · LXL04_001464 · OH-1004

细胞膜0.056

排名 5 · LXL04_001464 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00117.35GATase70-191 aa

PF07722.20Peptidase_C2680-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001464	`PF00117.35`	GATase	70	191	6.6e-18	65.8
LXL04_001464	`PF07722.20`	Peptidase_C26	80	188	3.8e-08	34.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M0A5`	拟南芥	Gamma-glutamyl peptidase 3	42.754%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82225`	拟南芥	Gamma-glutamyl peptidase 5	43.682%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0A7`	拟南芥	Gamma-glutamyl peptidase 1	40.288%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M0A6`	拟南芥	Gamma-glutamyl peptidase 2	40.146%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4INN2`	拟南芥	Gamma-glutamyl peptidase 4	37.455%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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