LXL04_001364 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001364

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 24930206-24946674 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4647 bp · LXL04_001364|LXL04_001364|OH1004|cDNA

ATGAAAAGCACAGTACACCTCAAAAACCATTTCAACACAACTAAACAAAATTGGGTTTTACGAAAACTTATGAACTCATACGAACACACAGGTTGTGATCAAACCAATACACGAACCTTAAAACAATTCAAAAACCGGCTATTAAACATACTTGTGGACCATCGGCCTCCATTATTGGTGCTTCAAAGCTTCAAAGCTTCCAATTCTGAATCGAGACATCCTCCATCTGCGCCTGCTTCGCTGCTTCCTCTGGACCTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4647 bp · LXL04_001364|LXL04_001364|OH1004|CDS

ATGAAAAGCACAGTACACCTCAAAAACCATTTCAACACAACTAAACAAAATTGGGTTTTACGAAAACTTATGAACTCATACGAACACACAGGTTGTGATCAAACCAATACACGAACCTTAAAACAATTCAAAAACCGGCTATTAAACATACTTGTGGACCATCGGCCTCCATTATTGGTGCTTCAAAGCTTCAAAGCTTCCAATTCTGAATCGAGACATCCTCCATCTGCGCCTGCTTCGCTGCTTCCTCTGGACCTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1548 aa · LXL04_001364|LXL04_001364|OH1004|PROTEIN

MKSTVHLKNHFNTTKQNWVLRKLMNSYEHTGCDQTNTRTLKQFKNRLLNILVDHRPPLLVLQSFKASNSESRHPPSAPASLLPLDLFCNFIFITSPPPQQIATFPNYRMTQQIDLHEGVYLGNVKGQIPHGKGRYTWSDGTVYDGNWEDGKMTGRGQISWSSGTSYSGDFSGGYLHGFGTLTNPDGSIYKGSWRLNIQNGLGRKQYSNSDVYDGCWKEGVHEGSGKYAWSNGNTYIGNWKSGKMCGRGVMKWLNGDLFDG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001364`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001364

位置 Chr01:24930206-24946674 (+)

描述 Similar to PIP5K8: Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60890`	磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶8。	暂无已核实直接文献
`At1g10900`	磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶7。	暂无已核实直接文献
`At3g09920`	在糖介导的根发育中发挥作用。	PIP5K9, an Arabidopsis phosphatidylinositol monophosphate kinase, interacts with a cytosolic invertase to negatively regulate sugar-mediated root growth.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.045658
`At3g07960`	磷脂酰肌醇 4-磷酸 5-激酶 6。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0701800`	参与开花。	OsPIPK 1, a rice phosphatidylinositol monophosphate kinase, regulates rice heading by modifying the expression of floral induction genes.2004 · DOI: 10.1023/b:plan.0000028796.14336.24

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001364 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016308 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10900

ath:AT1G60890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.430

排名 1 · LXL04_001364 · OH-1004

细胞核0.264

排名 2 · LXL04_001364 · OH-1004

细胞膜0.175

排名 3 · LXL04_001364 · OH-1004

线粒体0.102

排名 4 · LXL04_001364 · OH-1004

内质网0.085

排名 5 · LXL04_001364 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02493.27MORN212-234 aa

PF02493.27MORN235-256 aa

PF02493.27MORN258-279 aa

PF01504.25PIP5K528-858 aa

PF01504.25PIP5K984-1057 aa

PF00141.29peroxidase1200-1312 aa

PF01504.25PIP5K1405-1513 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001364	`PF02493.27`	MORN	212	234	2.2e-34	116.0
LXL04_001364	`PF02493.27`	MORN	235	256	2.2e-34	116.0
LXL04_001364	`PF02493.27`	MORN	258	279	2.2e-34	116.0
LXL04_001364	`PF01504.25`	PIP5K	528	858	2.1e-157	523.5
LXL04_001364	`PF01504.25`	PIP5K	984	1057	2.1e-157	523.5
LXL04_001364	`PF00141.29`	peroxidase	1200	1312	2.3e-23	83.9
LXL04_001364	`PF01504.25`	PIP5K	1405	1513	2.1e-157	523.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8RY89`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 8	63.268%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SUI2`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 7	63.685%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L850`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 9	49.494%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SFB8`	拟南芥	Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 6	42.536%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q6EX42`	水稻	Phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase 1	55.469%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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