LXL04_001298 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001298

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 23596964-23598308 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1155 bp · LXL04_001298|LXL04_001298|OH1004|cDNA

ATGTCGGATGTTCCGATGCCGCCGGATCTCCTCGCCCAAATCCTGGCATGGTTGCCGGTAGCCTCGCTTCTGCGATTCAGGTCTGTTTCCAAAACCTTTCGTGCCCTAATTGATAGCGACTATGTGATTAAGCTCCATCTCAATCACTCAGTCGAAACCAACACCAATCTCAATATCATTTTCGGCGGCGATAGAACGCTTTGCTATCTTAACTTAGATTCGTCTCCCAAAGTTGTCAACAAAATAGATAACCCTCTGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · LXL04_001298|LXL04_001298|OH1004|CDS

ATGTCGGATGTTCCGATGCCGCCGGATCTCCTCGCCCAAATCCTGGCATGGTTGCCGGTAGCCTCGCTTCTGCGATTCAGGTCTGTTTCCAAAACCTTTCGTGCCCTAATTGATAGCGACTATGTGATTAAGCTCCATCTCAATCACTCAGTCGAAACCAACACCAATCTCAATATCATTTTCGGCGGCGATAGAACGCTTTGCTATCTTAACTTAGATTCGTCTCCCAAAGTTGTCAACAAAATAGATAACCCTCTGTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · LXL04_001298|LXL04_001298|OH1004|PROTEIN

MSDVPMPPDLLAQILAWLPVASLLRFRSVSKTFRALIDSDYVIKLHLNHSVETNTNLNIIFGGDRTLCYLNLDSSPKVVNKIDNPLYFAIFETVILGSCNGVVCLCTTEPDNEIAFWNPLVRKFKKIRLAPAKCAEGLGRGVCIKGFGYDDVNNDHKVVRLVQYCSLHNELAHSKIDVFSSKTDAWREVGDFPYYLCYRRNFNTFTKGALHWLVSRKPEKRLDFLICAFDLTNDELRIVPQPDFSNEKFHVNLAVLGGCL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001298`
TK1151 ID	TkA01G549020
OH-1004 ID	LXL04_001298
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	91.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.487 / OH-1004 93.229 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001298

位置 Chr01:23596964-23598308 (-)

描述 Similar to CPR1: F-box protein CPR1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12560`	SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。	An F-box gene, CPR30, functions as a negative regulator of the defense response in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03995.x
`At4g22390`	F-box蛋白 At4g22390。	暂无已核实直接文献
`At3g23880`	F-box/kelch重复蛋白At3g23880。	暂无已核实直接文献
`At3g07870`	F-box 蛋白 At3g07870。	暂无已核实直接文献
`At3g06240`	F-box/kelch 重复蛋白 At3g06240。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001298 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031348 negative regulation of defense response 生物过程

GO:0042177 negative regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06240

ath:AT3G07870

ath:AT3G23880

ath:AT4G12560

ath:AT4G22390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.706

排名 1 · LXL04_001298 · OH-1004

细胞核0.366

排名 2 · LXL04_001298 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 3 · LXL04_001298 · OH-1004

内质网0.067

排名 4 · LXL04_001298 · OH-1004

溶酶体／液泡0.038

排名 5 · LXL04_001298 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646.39F-box6-42 aa

PF12937.13F-box-like7-41 aa

PF07734.19FBA_172-324 aa

PF24750.2b-prop_At3g26010-like90-336 aa

PF08268.18FBA_394-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001298	`PF00646.39`	F-box	6	42	2.9e-10	40.3
LXL04_001298	`PF12937.13`	F-box-like	7	41	1.4e-06	28.7
LXL04_001298	`PF07734.19`	FBA_1	72	324	2.8e-27	96.3
LXL04_001298	`PF24750.2`	b-prop_At3g26010-like	90	336	2.1e-11	44.2
LXL04_001298	`PF08268.18`	FBA_3	94	325	1.3e-18	67.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SU30`	拟南芥	F-box protein CPR1	30.695%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SUY0`	拟南芥	F-box protein At4g22390	30.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LIR8`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g23880	29.118%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SFC7`	拟南芥	F-box protein At3g07870	25.982%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GXC7`	拟南芥	F-box/kelch-repeat protein At3g06240	27.717%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情