LXL04_001171 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001171

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 21419933-21427125 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3606 bp · LXL04_001171|LXL04_001171|OH1004|cDNA

ATGGCGCTCAAAGACCATACGTTTTTACGCtgttttttcttcttcatcgtcttctCAGTACACGTGGTCGCACTCGACTCTGCTGATGCGATCCAAGGTTGCGGTGGTTTTGTCGAGGCGAGGTCATCTTTAATCAGGTCAAGGAAGCCAACTGATGCGAAATTGGATTATTCACATATCACGGTTGAGCTGCGCACTTTGGATGGCTTGGTGAAGGATAGAACGCAGTGTGCTCCAAATGGTTACTACTTCATCCCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

3606 bp · LXL04_001171|LXL04_001171|OH1004|CDS

ATGGCGCTCAAAGACCATACGTTTTTACGCTGTTTTTTCTTCTTCATCGTCTTCTCAGTACACGTGGTCGCACTCGACTCTGCTGATGCGATCCAAGGTTGCGGTGGTTTTGTCGAGGCGAGGTCATCTTTAATCAGGTCAAGGAAGCCAACTGATGCGAAATTGGATTATTCACATATCACGGTTGAGCTGCGCACTTTGGATGGCTTGGTGAAGGATAGAACGCAGTGTGCTCCAAATGGTTACTACTTCATCCCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1201 aa · LXL04_001171|LXL04_001171|OH1004|PROTEIN

MALKDHTFLRCFFFFIVFSVHVVALDSADAIQGCGGFVEARSSLIRSRKPTDAKLDYSHITVELRTLDGLVKDRTQCAPNGYYFIPVYEKGSFVIKVKGPQGWSWDPSQVSVVVDHGGCNRNEDINFRFTGFSISGKVVGAVGGGSCLSTNGGPSNVNVELLDSSENIVSSVLTSVAGSYSFANIIPGRYNLRASRADLNIEVKGSTEVDLGFGNSQVDDIFFVSGYNIYGSVVAQGNPILGVHFYLYSDDVKEVHCPQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001171`
TK1151 ID	TkA01G556760
OH-1004 ID	LXL04_001171
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_001171`
位置	Chr01:21419933-21427125 (+)
描述	Similar to NOMO1: Nodal modulator 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001171` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0065003 protein-containing complex assembly 生物过程 GO:0160063 multi-pass transmembrane protein insertion into ER membrane 生物过程 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 GO:0032991 protein-containing complex 细胞组分 GO:0160064 multi-pass translocon complex 细胞组分 GO:0030246 carbohydrate binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	cel:CELE_C02E11.1 hsa:23420 hsa:283820 hsa:408050 mmu:211548 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.429

排名 1 · LXL04_001171 · OH-1004

高尔基体0.358

排名 2 · LXL04_001171 · OH-1004

细胞质0.139

排名 3 · LXL04_001171 · OH-1004

细胞核0.102

排名 4 · LXL04_001171 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 5 · LXL04_001171 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22898.3NOMO1-like_1st51-127 aa

PF22904.4NOMO1-like_2nd129-224 aa

PF17210.10SdrD_B153-196 aa

PF13620.13CarboxypepD_reg154-201 aa

PF23193.2NOMO_3rd268-330 aa

PF22904.4NOMO1-like_2nd330-390 aa

PF13620.13CarboxypepD_reg333-390 aa

PF16371.13MetallophosN334-389 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001171	`PF22898.3`	NOMO1-like_1st	51	127	4.8e-35	120.2
LXL04_001171	`PF22904.4`	NOMO1-like_2nd	129	224	2.1e-51	172.7
LXL04_001171	`PF17210.10`	SdrD_B	153	196	3.7e-25	89.0
LXL04_001171	`PF13620.13`	CarboxypepD_reg	154	201	5.7e-45	152.3
LXL04_001171	`PF23193.2`	NOMO_3rd	268	330	8.4e-16	58.8
LXL04_001171	`PF22904.4`	NOMO1-like_2nd	330	390	2.1e-51	172.7
LXL04_001171	`PF13620.13`	CarboxypepD_reg	333	390	5.7e-45	152.3
LXL04_001171	`PF16371.13`	MetallophosN	334	389	4.2e-06	27.5
LXL04_001171	`PF13715.13`	CarbopepD_reg_2	336	382	1.1e-15	58.1
LXL04_001171	`PF23194.2`	NOMO_5th	422	502	1.3e-16	61.5
LXL04_001171	`PF23196.2`	NOMO_6th	508	581	5.8e-06	27.4
LXL04_001171	`PF22904.4`	NOMO1-like_2nd	511	590	2.1e-51	172.7
LXL04_001171	`PF23141.2`	Ig_NOMO	602	674	3.4e-25	88.5
LXL04_001171	`PF23660.2`	NOMO_8th	676	778	3.9e-34	117.6
LXL04_001171	`PF22902.3`	NOMO1-like_9th	780	855	1.4e-19	70.3
LXL04_001171	`PF13620.13`	CarboxypepD_reg	955	1013	5.7e-45	152.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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