LXL04_001165 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001165

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 21356002-21359726 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2532 bp · LXL04_001165|LXL04_001165|OH1004|cDNA

ATGTCAATCAATACGCCACGACAGAATGGCTGGCGGTTTGATATTTTACACAGCCTAGAAACATCCATATTCTTCGTCAACTTACTGAAATTTGGATCCATGGTGACACCTAAGTTTACAAGAGTCCCAAGTATGCGAGAGCGGGTTCAAGAAACTCTCTCCGCTCACCGCAACGAGATCGTCTCTCTTCTTTCCAGGTATGTAGATCAGGGGAAGGGCATTTTGCAGCCACACCACCTTCTCGACGAGATTGAGAATAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2532 bp · LXL04_001165|LXL04_001165|OH1004|CDS

ATGTCAATCAATACGCCACGACAGAATGGCTGGCGGTTTGATATTTTACACAGCCTAGAAACATCCATATTCTTCGTCAACTTACTGAAATTTGGATCCATGGTGACACCTAAGTTTACAAGAGTCCCAAGTATGCGAGAGCGGGTTCAAGAAACTCTCTCCGCTCACCGCAACGAGATCGTCTCTCTTCTTTCCAGGTATGTAGATCAGGGGAAGGGCATTTTGCAGCCACACCACCTTCTCGACGAGATTGAGAATAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

843 aa · LXL04_001165|LXL04_001165|OH1004|PROTEIN

MSINTPRQNGWRFDILHSLETSIFFVNLLKFGSMVTPKFTRVPSMRERVQETLSAHRNEIVSLLSRYVDQGKGILQPHHLLDEIENTIGDHASRQKLTDSPFGEILKSAQEGIILPPYVALAVRPRPGVWEFLRVNVNELSIEQLSVSEYLVFKEELVDGQSKSPFVLELDLEPFNATFPRMSRSSSIGNGVLFLNRHLSSLMFRDKDCMEPLLDFLRAHKHKGYGMMLNDRIQNISRLESCLAKAEDYLSKQPPDTAYS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001165`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_001165

位置 Chr01:21356002-21359726 (-)

描述 Similar to SUS2: Sucrose synthase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g02280`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	Arabidopsis sucrose synthase 2 and 3 modulate metabolic homeostasis and direct carbon towards starch synthesis in developing seeds.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1207-9
`At5g49190`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	Arabidopsis sucrose synthase 2 and 3 modulate metabolic homeostasis and direct carbon towards starch synthesis in developing seeds.2010 · DOI: 10.1007/s00425-010-1207-9 Regulation of AtSUS2 and AtSUS3 by glucose and the transcription factor LEC2 in different tissues and at different stages of Arabidopsis seed development.2012 · DOI: 10.1007/s11103-011-9871-0

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0340500`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001165 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0005982 starch metabolic process 生物过程

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042170 plastid membrane 细胞组分

GO:0016157 sucrose synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G02280

ath:AT5G49190

dosa:Os03g0340500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.504

排名 1 · LXL04_001165 · OH-1004

细胞核0.257

排名 2 · LXL04_001165 · OH-1004

线粒体0.130

排名 3 · LXL04_001165 · OH-1004

过氧化物酶体0.102

排名 4 · LXL04_001165 · OH-1004

质体0.072

排名 5 · LXL04_001165 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24861.3SUS_N42-155 aa

PF24862.2SUS_EPBD190-277 aa

PF00862.27GT-B_Sucrose_synth300-588 aa

PF00534.27Glycos_transf_1602-764 aa

PF13692.13Glyco_trans_1_4606-760 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001165	`PF24861.3`	SUS_N	42	155	1.7e-48	164.3
LXL04_001165	`PF24862.2`	SUS_EPBD	190	277	4e-32	111.2
LXL04_001165	`PF00862.27`	GT-B_Sucrose_synth	300	588	2.2e-167	555.9
LXL04_001165	`PF00534.27`	Glycos_transf_1	602	764	7.8e-27	94.6
LXL04_001165	`PF13692.13`	Glyco_trans_1_4	606	760	2.7e-13	51.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M111`	拟南芥	Sucrose synthase 3	78.368%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q00917`	拟南芥	Sucrose synthase 2	73.724%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10LP5`	水稻	Sucrose synthase 4	75.402%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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