LXL04_001102 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_001102

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 20332716-20334140 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1425 bp · LXL04_001102|LXL04_001102|OH1004|cDNA

ATGGACAGACTGGTGAAAGCAGATGTGAAGGAGGTGAACATGGTGTTTACCAGAGGTCAGAAGTGCTCTACAACCTTCAGACTAACCAATCTGATGCACACCATGTCAGTTGCTGTTTCTCTCAACACCACCAACCCTTCGCTCCTCTCCTTTACCCACCCTTTCTCCATTATTCCTCCTCTAGGTACAGCTTCTTTCACTCTCATCGTATCTAAACCGTCCGATCATCCGCCACTCTCGACCCCACCGGACAACGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1425 bp · LXL04_001102|LXL04_001102|OH1004|CDS

ATGGACAGACTGGTGAAAGCAGATGTGAAGGAGGTGAACATGGTGTTTACCAGAGGTCAGAAGTGCTCTACAACCTTCAGACTAACCAATCTGATGCACACCATGTCAGTTGCTGTTTCTCTCAACACCACCAACCCTTCGCTCCTCTCCTTTACCCACCCTTTCTCCATTATTCCTCCTCTAGGTACAGCTTCTTTCACTCTCATCGTATCTAAACCGTCCGATCATCCGCCACTCTCGACCCCACCGGACAACGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

474 aa · LXL04_001102|LXL04_001102|OH1004|PROTEIN

MDRLVKADVKEVNMVFTRGQKCSTTFRLTNLMHTMSVAVSLNTTNPSLLSFTHPFSIIPPLGTASFTLIVSKPSDHPPLSTPPDNVLVRSSMLPTGKANQEDLRRLFSKHGPHIFKDVTIPISFVGPHVIEHLISSSSSNTLEIAFILSKAILMCEESQLTSLLRPAAMSGNSYVVSSLLDAGADVNDRDSDGVSVMSLAVTSGDLDTVRILMESGCVVDHRNDRFLHVAASSNRVDLMEVLCMGYLDIDVDSIDSEGQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_001102`
TK1151 ID	TkA04G010470
OH-1004 ID	LXL04_001102
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	62.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 47.506 / OH-1004 80.802 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_001102`
位置	Chr01:20332716-20334140 (+)
描述	Similar to VPYL: Protein VAPYRIN-LIKE
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_001102` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0002237 response to molecule of bacterial origin 生物过程 GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程 GO:0009610 response to symbiotic fungus 生物过程 GO:0009877 nodulation 生物过程 GO:0010247 detection of phosphate ion 生物过程 GO:0036377 arbuscular mycorrhizal association 生物过程 GO:0085020 protein K6-linked ubiquitination 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0085042 periarbuscular membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	mtr:11415982 mtr:25495843 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481

排名 1 · LXL04_001102 · OH-1004

细胞核0.428

排名 2 · LXL04_001102 · OH-1004

线粒体0.076

排名 3 · LXL04_001102 · OH-1004

细胞膜0.070

排名 4 · LXL04_001102 · OH-1004

内质网0.054

排名 5 · LXL04_001102 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796.14Ank_2157-222 aa

PF12796.14Ank_2167-252 aa

PF13637.13Ank_4167-212 aa

PF12796.14Ank_2223-287 aa

PF13637.13Ank_4227-278 aa

PF13857.13Ank_5248-296 aa

PF13606.13Ank_3257-285 aa

PF00023.37Ank258-288 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_001102	`PF12796.14`	Ank_2	157	222	2.7e-63	211.3
LXL04_001102	`PF12796.14`	Ank_2	167	252	2.7e-63	211.3
LXL04_001102	`PF13637.13`	Ank_4	167	212	1.7e-46	155.9
LXL04_001102	`PF12796.14`	Ank_2	223	287	2.7e-63	211.3
LXL04_001102	`PF13637.13`	Ank_4	227	278	1.7e-46	155.9
LXL04_001102	`PF13857.13`	Ank_5	248	296	2.4e-34	117.7
LXL04_001102	`PF13606.13`	Ank_3	257	285	5.2e-36	118.9
LXL04_001102	`PF00023.37`	Ank	258	288	2.2e-46	153.9
LXL04_001102	`PF24521.3`	Ank_KRIT1	259	336	6.2e-17	62.4
LXL04_001102	`PF12796.14`	Ank_2	262	344	2.7e-63	211.3
LXL04_001102	`PF13637.13`	Ank_4	281	311	1.7e-46	155.9
LXL04_001102	`PF00023.37`	Ank	290	312	2.2e-46	153.9
LXL04_001102	`PF12796.14`	Ank_2	350	441	2.7e-63	211.3
LXL04_001102	`PF13637.13`	Ank_4	350	389	1.7e-46	155.9
LXL04_001102	`PF00023.37`	Ank	378	409	2.2e-46	153.9
LXL04_001102	`PF13637.13`	Ank_4	388	432	1.7e-46	155.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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