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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_000872
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 15985858-15988294 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1437 bp · LXL04_000872|LXL04_000872|OH1004|cDNA

ATGTTGCTATGCTTTCTTGAAAAGAAAGATAACGAGAAAAGCTTCAAAACCCTGTCTCAGATCCCTCATTTTCTTCATCCATACACAAGCAAATCAATCATGGGTCAGGGAACTCCCGGAGGTATGAACCGGCAAGGTATGCCCGGCGATCGGAAGAACGATGgcgagaagaaggagaagaaatttGAGCCAGCAGCACCACCTGCTCGTGTTGGACGAAAACAGCGGAAGCAGAAGGGACCAGAGGCAGCTGCTAGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · LXL04_000872|LXL04_000872|OH1004|CDS

ATGTTGCTATGCTTTCTTGAAAAGAAAGATAACGAGAAAAGCTTCAAAACCCTGTCTCAGATCCCTCATTTTCTTCATCCATACACAAGCAAATCAATCATGGGTCAGGGAACTCCCGGAGGTATGAACCGGCAAGGTATGCCCGGCGATCGGAAGAACGATGGCGAGAAGAAGGAGAAGAAATTTGAGCCAGCAGCACCACCTGCTCGTGTTGGACGAAAACAGCGGAAGCAGAAGGGACCAGAGGCAGCTGCTAGGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

478 aa · LXL04_000872|LXL04_000872|OH1004|PROTEIN

MLLCFLEKKDNEKSFKTLSQIPHFLHPYTSKSIMGQGTPGGMNRQGMPGDRKNDGEKKEKKFEPAAPPARVGRKQRKQKGPEAAARLPTVTPHSKCRLRLLKLERIKDYLLMEEEFVANQERLKPQEEKTEEDRSKVDDLRGSPMSVGNLEELIDENHAIVSSSVGPEYYVGILSFVDKDQLEPGCAILMHNKVLSVVGLLQDDVDPMVSVMKVEKAPLESYADIGGLDAQIQEIKEAVELPLTHPELYEDIGIKPPKGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_000872
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_000872
位置Chr01:15985858-15988294 (+)
描述Similar to RPT2A: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g29040 26S 蛋白酶参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。
The HALTED ROOT gene encoding the 26S proteasome subunit RPT2a is essential for the maintenance of Arabidopsis meristems.2004 · DOI: 10.1242/dev.01096
26S proteasome regulatory particle mutants have increased oxidative stress tolerance.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03322.x
Loss of 26S proteasome function leads to increased cell size and decreased cell number in Arabidopsis shoot organs.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135970
Regulation of leaf organ size by the Arabidopsis RPT2a 19S proteasome subunit.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03932.x
Control of endoreduplication of trichome by RPT2a, a subunit of the 19S proteasome in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1007/s10265-010-0321-x
Arabidopsis thaliana 26S proteasome subunits RPT2a and RPT5a are crucial for zinc deficiency-tolerance.2011 · DOI: 10.1271/bbb.100794
Arabidopsis RPT2a encoding the 26S proteasome subunit is required for various aspects of root meristem maintenance, and regulates gametogenesis redundantly with its homolog, RPT2b.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr093
RPT2a, a 26S proteasome AAA-ATPase, is directly involved in Arabidopsis CC-NBS-LRR protein uni-1D-induced signaling pathways.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr099
The RPT2 subunit of the 26S proteasome directs complex assembly, histone dynamics, and gametophyte and sporophyte development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.089482
RPN1a, a 26S proteasome subunit, is required for innate immunity in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05048.x
Arabidopsis RPT2a, 19S proteasome subunit, regulates gene silencing via DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pone.0037086
Proteomic analysis of the 26S proteasome reveals its direct interaction with transit peptides of plastid protein precursors for their degradation.2014 · DOI: 10.1021/pr401245g
At2g20140 26S 蛋白酶参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。
Arabidopsis RPT2a encoding the 26S proteasome subunit is required for various aspects of root meristem maintenance, and regulates gametogenesis redundantly with its homolog, RPT2b.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr093
The RPT2 subunit of the 26S proteasome directs complex assembly, histone dynamics, and gametophyte and sporophyte development in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.089482

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os07g0691800 26S 蛋白酶体参与泛素化蛋白的 ATP 依赖性降解。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000872 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0007292 female gamete generation 生物过程
GO:0009408 response to heat 生物过程
GO:0009933 meristem structural organization 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010015 root morphogenesis 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010229 inflorescence development 生物过程
GO:0010311 lateral root formation 生物过程
GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程
GO:0035266 meristem growth 生物过程
GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20140
ath:AT4G29040
dme:Dmel_CG5289
dosa:Os07g0691800
rno:117263
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.531
排名 1 · LXL04_000872 · OH-1004
细胞质0.488
排名 2 · LXL04_000872 · OH-1004
细胞膜0.064
排名 3 · LXL04_000872 · OH-1004
线粒体0.054
排名 4 · LXL04_000872 · OH-1004
内质网0.053
排名 5 · LXL04_000872 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16450.12Prot_ATP_ID_OB_C147-201 aa
PF00004.36AAA260-393 aa
PF17862.8AAA_lid_3415-459 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_000872PF16450.12Prot_ATP_ID_OB_C1472012.3e-1040.9
LXL04_000872PF00004.36AAA2603933.1e-41141.6
LXL04_000872PF17862.8AAA_lid_34154591.1e-1144.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SZD4拟南芥26S proteasome regulatory subunit 4 homolog A95.067%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SL67拟南芥26S proteasome regulatory subunit 4 homolog B94.619%Swiss-Prot强数据库同源证据
P46466水稻26S proteasome regulatory subunit 4 homolog92.188%Swiss-Prot强数据库同源证据

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