LXL04_000615 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000615

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11151517-11154044 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1685 bp · LXL04_000615|LXL04_000615|OH1004|cDNA

TTTACTTCAACGTCCAAAAACGCCAAAAATAACAGCTTCAAAAATCTCTCCATCACAAAATCGCTGCAACGTCAATGGCTTGCAGCTCGATCGCCATGGATAGAAGAGCACTTCCGATATCTCTGCACTCTATCCCTAAGCGCCAGCGTCCGCCGGACACTTTGGTTTCCAGAAACTCCGGCTCGAATACGAACTCAAAACTTCACTTCAGAGTTAGGGTTCAGTTCCTGTCTGGTTCGTATGTTCATGTTCATCTGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1611 bp · LXL04_000615|LXL04_000615|OH1004|CDS

ATGGCTTGCAGCTCGATCGCCATGGATAGAAGAGCACTTCCGATATCTCTGCACTCTATCCCTAAGCGCCAGCGTCCGCCGGACACTTTGGTTTCCAGAAACTCCGGCTCGAATACGAACTCAAAACTTCACTTCAGAGTTAGGGTTCAGTTCCTGTCTGGTTCGTATGTTCATGTTCATCTGAATAGTTCATGTGGGAGGAATCAGTTATGGAAGGTCAGGTCGGATGTCAAATCGGACCCGTACGAACTTTCCCAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

536 aa · LXL04_000615|LXL04_000615|OH1004|PROTEIN

MACSSIAMDRRALPISLHSIPKRQRPPDTLVSRNSGSNTNSKLHFRVRVQFLSGSYVHVHLNSSCGRNQLWKVRSDVKSDPYELSQSAPESFKFKEKLGVGAMTKDDDGDEFVDNALPWWEEFPKRWTIVILCFSAFLLCNMDRVNMSIAILPMSSEFHWNSTTVGLIQSSFFWGYLLTQIAGGIWADTVGGKRVLAFGVIWWSVATILTPIAAKLGLPFLLIVRAFMGIGEGVAMPAMNNLLSKWVPVAERSRSLALVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000615`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000615

位置 Chr01:11151517-11154044 (-)

描述 Similar to ANTR1: Sodium-dependent phosphate transport protein 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g29650`	特异性用于通过类囊体膜的无机磷酸盐转运，依赖钠离子。	Arabidopsis ANTR1 is a thylakoid Na+-dependent phosphate transporter: functional characterization in Escherichia coli.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m709371200
`At4g00370`	无机磷酸盐和可能的阴离子转运蛋白。	AtPHT4;4 is a chloroplast-localized ascorbate transporter in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1038/ncomms6928
`At2g38060`	无机磷酸盐和可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0279700`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os09g0570400`	可能的阴离子转运蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000615 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006811 monoatomic ion transport 生物过程

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0010028 xanthophyll cycle 生物过程

GO:0015882 L-ascorbic acid transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G29650

ath:AT2G38060

ath:AT4G00370

dosa:Os01g0279700

dosa:Os09g0570400

osa:4326905

osa:4347913

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.944

排名 1 · LXL04_000615 · OH-1004

线粒体0.040

排名 2 · LXL04_000615 · OH-1004

高尔基体0.032

排名 3 · LXL04_000615 · OH-1004

过氧化物酶体0.029

排名 4 · LXL04_000615 · OH-1004

细胞质0.026

排名 5 · LXL04_000615 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07690.22MFS_1133-495 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000615	`PF07690.22`	MFS_1	133	495	3.1e-61	207.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82390`	拟南芥	Sodium-dependent phosphate transport protein 1, chloroplastic	71.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GX78`	拟南芥	Ascorbate transporter, chloroplastic	68.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XJR2`	拟南芥	Probable anion transporter 3, chloroplastic	39.540%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SDI4`	水稻	Probable anion transporter 1, chloroplastic	84.337%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q652N5`	水稻	Probable anion transporter 4, chloroplastic	73.662%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情