LXL04_000375 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000375

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6852085-6853174 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

771 bp · LXL04_000375|LXL04_000375|OH1004|cDNA

ATGGGCACACCGGCGTTCCCAAATCTAGGTAAACATTGCTCCGTAGATGATTGTAAGCTCATCGATTTCCTACCCTTCACATGCGATTGTTGCAACAAGGTATTCTGTTTAGAACATCGAAGTTACACCACACATCAATGTCCAAACTCCAACAAGAACAATCGAACCGTAGTCATCTGCCCACTCTGTGCAAAGGCGGTTCATTTAATCCCTGAACAAGATCCAAACATAACATGGGAATCTCACGTCAACACAGATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

765 bp · LXL04_000375|LXL04_000375|OH1004|CDS

ATGGGCACACCGGCGTTCCCAAATCTAGGTAAACATTGCTCCGTAGATGATTGTAAGCTCATCGATTTCCTACCCTTCACATGCGATTGTTGCAACAAGGTATTCTGTTTAGAACATCGAAGTTACACCACACATCAATGTCCAAACTCCAACAAGAACAATCGAACCGTAGTCATCTGCCCACTCTGTGCAAAGGCGGTTCATTTAATCCCTGAACAAGATCCAAACATAACATGGGAATCTCACGTCAACACAGATTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

254 aa · LXL04_000375|LXL04_000375|OH1004|PROTEIN

MGTPAFPNLGKHCSVDDCKLIDFLPFTCDCCNKVFCLEHRSYTTHQCPNSNKNNRTVVICPLCAKAVHLIPEQDPNITWESHVNTDCDPSNYEKATKKKKCPVRRCKTTLTFSTTVKCRDCTIEHCLKHRLGPDHDCPGPKKPEPSVPFWESSSKWGTSLLQAVSSLKVAVLGDDSGGGTGGSGGGGGGKVEECPICKMKFSNGAALIDHVQGVHGKKRGVMKVTIDVCPKCSKGFRDPVALVEHVEKEHRGVS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000375`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000375

位置 Chr01:6852085-6853174 (-)

描述 Similar to SAP11: Zinc finger AN1 and C2H2 domain-containing stress-associated protein 11

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41835`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`At3g57480`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`At3g28210`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0569700`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献
`Os09g0385700`	可能参与环境胁迫反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000375 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0097501 stress response to metal ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41835

ath:AT3G28210

ath:AT3G57480

dosa:Os07g0569700

dosa:Os09g0385700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.618

排名 1 · LXL04_000375 · OH-1004

细胞核0.383

排名 2 · LXL04_000375 · OH-1004

线粒体0.068

排名 3 · LXL04_000375 · OH-1004

细胞膜0.067

排名 4 · LXL04_000375 · OH-1004

内质网0.060

排名 5 · LXL04_000375 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01428.24zf-AN113-51 aa

PF25403.2zf-C2H2_ZFAND256-94 aa

PF01428.24zf-AN1101-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000375	`PF01428.24`	zf-AN1	13	51	1.1e-20	74.2
LXL04_000375	`PF25403.2`	zf-C2H2_ZFAND2	56	94	7e-18	65.1
LXL04_000375	`PF01428.24`	zf-AN1	101	142	1.1e-20	74.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VZ42`	拟南芥	Zinc finger AN1 and C2H2 domain-containing stress-associated protein 11	55.036%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCM4`	拟南芥	Zinc finger AN1 and C2H2 domain-containing stress-associated protein 13	56.299%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q67YE6`	拟南芥	Zinc finger AN1 domain-containing stress-associated protein 12	44.910%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0D5B9`	水稻	Zinc finger AN1 and C2H2 domain-containing stress-associated protein 16	51.712%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6H595`	水稻	Zinc finger AN1 domain-containing stress-associated protein 17	44.928%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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