LXL04_000256 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000256

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 4795695-4798216 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

912 bp · LXL04_000256|LXL04_000256|OH1004|cDNA

ATGGGGGGTTTTACTCAACAGGCAGCAAACTGTGAGCTGGAACCATGGCGAGACCTCAGAGGCACGATCGTTATGGTCACCGGCGCGTCATCCGGCATAGGATGGGAATTCTGCATCGACTTAGCCAAAGCTGGTTGCAGGATTATTGCCGCCGCCCGCCGAACCGACCGGCTCAAGGCTCTGTGCGACGCAATTAACAATTTGGATATTTCCGGTACTCATCGGAGTCAAGCGAGGGACAAGGACGTCCTAGCGGTGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · LXL04_000256|LXL04_000256|OH1004|CDS

ATGGGGGGTTTTACTCAACAGGCAGCAAACTGTGAGCTGGAACCATGGCGAGACCTCAGAGGCACGATCGTTATGGTCACCGGCGCGTCATCCGGCATAGGATGGGAATTCTGCATCGACTTAGCCAAAGCTGGTTGCAGGATTATTGCCGCCGCCCGCCGAACCGACCGGCTCAAGGCTCTGTGCGACGCAATTAACAATTTGGATATTTCCGGTACTCATCGGAGTCAAGCGAGGGACAAGGACGTCCTAGCGGTGGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · LXL04_000256|LXL04_000256|OH1004|PROTEIN

MGGFTQQAANCELEPWRDLRGTIVMVTGASSGIGWEFCIDLAKAGCRIIAAARRTDRLKALCDAINNLDISGTHRSQARDKDVLAVAVELDVSADGPTIKASVLKAWDAFGRIDALINNAGIRGPVKNPLNLSEEDWDKTFTTNVKGSWMVSKYVALQMIASNQGGSIVNISSTAGLNRGHLPGALAYASSKSSLNTITKVMAMELGGYKIRVNSISPGIFKSEITEELLQKKWLKNVVLKTVPLRELGVTDPGLTSLVK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000256`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_000256`
位置	Chr01:4795695-4798216 (+)
描述	Similar to fabG: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase FabG (Thermotoga maritima (strain ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000256` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0030497 fatty acid elongation 生物过程 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0004316 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity 分子功能 GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能 GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能 GO:0050661 NADP binding 分子功能 GO:0051287 NAD binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	mtc:MT0793 mtu:Rv0769 mtv:RVBD_0769 stm:STM2445 tma:TM0325 tma:TM1724 tmi:THEMA_03100 tmi:THEMA_05620 tmm:Tmari_0323 tmm:Tmari_1732 tmw:THMA_0332 tmw:THMA_1766 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.574

排名 1 · LXL04_000256 · OH-1004

过氧化物酶体0.232

排名 2 · LXL04_000256 · OH-1004

细胞核0.199

排名 3 · LXL04_000256 · OH-1004

线粒体0.107

排名 4 · LXL04_000256 · OH-1004

质体0.044

排名 5 · LXL04_000256 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23441.1SDR20-233 aa

PF00106.32adh_short23-232 aa

PF08659.17KR24-198 aa

PF13561.13adh_short_C228-272 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000256	`PF23441.1`	SDR	20	233	9.4e-06	25.9
LXL04_000256	`PF00106.32`	adh_short	23	232	1.2e-47	162.7
LXL04_000256	`PF08659.17`	KR	24	198	1e-06	29.5
LXL04_000256	`PF13561.13`	adh_short_C2	28	272	7.8e-39	134.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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