LXL04_000251 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000251

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 4740771-4741759 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

744 bp · LXL04_000251|LXL04_000251|OH1004|cDNA

ATGCATTCAGACCATTACCATCCCACTCCCACCACCATTCCAGCCACCACTGTCGACGAACACCAGTCTAGTCGCCATCACCTTCCGCCGAAGATGCTTCTCCAAGCGTTATGCTCTCGCAGTAGCGTTACCAATAATCAATCGTTGGTGTTAGATCGGTACCCTTTCGATTATTCACTAACGGATTCTTCACTACCTGTTCGCTCTGTCTCATCTTCGTCGGCGTCTATAAATCACAAAGAAGCGGAGAAGCGCCGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

744 bp · LXL04_000251|LXL04_000251|OH1004|CDS

ATGCATTCAGACCATTACCATCCCACTCCCACCACCATTCCAGCCACCACTGTCGACGAACACCAGTCTAGTCGCCATCACCTTCCGCCGAAGATGCTTCTCCAAGCGTTATGCTCTCGCAGTAGCGTTACCAATAATCAATCGTTGGTGTTAGATCGGTACCCTTTCGATTATTCACTAACGGATTCTTCACTACCTGTTCGCTCTGTCTCATCTTCGTCGGCGTCTATAAATCACAAAGAAGCGGAGAAGCGCCGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

247 aa · LXL04_000251|LXL04_000251|OH1004|PROTEIN

MHSDHYHPTPTTIPATTVDEHQSSRHHLPPKMLLQALCSRSSVTNNQSLVLDRYPFDYSLTDSSLPVRSVSSSSASINHKEAEKRRRERINFHLNRLRTLLPCNSKTDKASLLAKVVERLKELKQTTSEMEHRETLPGETDEITVISLNNNQSNGRIVIKASMCCDDRSDLLTDMIQTLKSLQLSPSRLEMVTVGGRIRNIVLMECDYRGDDCSELVHCLKEALSCLIKSNLGSIQSSKRRKMLVCT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000251`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000251

位置 Chr01:4740771-4741759 (-)

描述 Similar to BHLH107: Putative transcription factor bHLH107

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56770`	推测为转录因子 bHLH107。	暂无已核实直接文献
`At2g41130`	转录因子bHLH106。	暂无已核实直接文献
`At1g68810`	转录因子 bHLH30。	暂无已核实直接文献
`At3g25710`	胚胎中 MONOPTEROS 依赖性根起始所需的转录因子。	MONOPTEROS controls embryonic root initiation by regulating a mobile transcription factor.2010 · DOI: 10.1038/nature08836
`At2g40200`	转录因子 bHLH51。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000251 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009718 anthocyanin-containing compound biosynthetic process 生物过程

GO:0016036 cellular response to phosphate starvation 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G68810

ath:AT2G40200

ath:AT2G41130

ath:AT3G25710

ath:AT3G56770

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.976

排名 1 · LXL04_000251 · OH-1004

细胞质0.086

排名 2 · LXL04_000251 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 3 · LXL04_000251 · OH-1004

内质网0.016

排名 4 · LXL04_000251 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_000251 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH78-124 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000251	`PF00010.32`	HLH	78	124	2.2e-10	40.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LET0`	拟南芥	Putative transcription factor bHLH107	50.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80674`	拟南芥	Transcription factor bHLH106	53.896%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9S7Y1`	拟南芥	Transcription factor bHLH30	46.629%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LS08`	拟南芥	Transcription factor AIG1	48.630%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9XEF0`	拟南芥	Transcription factor bHLH51	45.588%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情