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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG096660
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 27319210-27321369 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2058 bp · TkAUNG096660|TK1151|cDNA

TTTAAGATTCCGGGTCGGTGGAGTAAACCGGGTCAAGTCATTTTAGGTTTTGGGGAACGATCTTGAATTACACGAAGCTCCTTCCTTTTCCCTTTCTCGGTTCCTCCTGCTCAGAAACAAAGATGCCTCGACCTTCTCCGCCGTTAATGGCGGCTCATCTTCGGATCCTACTCCGCCGTCGTTACTTCTCCACATCATTATCACCCCTGACGCCGCTGCAATCAATCCACCATTCTCTCCACCCCCATAAACCCTCACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1569 bp · TkAUNG096660|TK1151|CDS

ATGCCTCGACCTTCTCCGCCGTTAATGGCGGCTCATCTTCGGATCCTACTCCGCCGTCGTTACTTCTCCACATCATTATCACCCCTGACGCCGCTGCAATCAATCCACCATTCTCTCCACCCCCATAAACCCTCACTCTCTAAACCCTACTCCCTTTGTACACCATTTTCACCTTTCTCTAAATTCTTCTCTTCCCAAACGGAAATCGAAACACCGGTTGAAGATTCACAAGACATTGCGAAATCTCTCTCGTATGAGCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

522 aa · TkAUNG096660|TK1151|PROTEIN

MPRPSPPLMAAHLRILLRRRYFSTSLSPLTPLQSIHHSLHPHKPSLSKPYSLCTPFSPFSKFFSSQTEIETPVEDSQDIAKSLSYELLKDPNDQPIPLPHRLDLSFSHITLTSDIILATLNLSPESGRTALDFHKWVSTRTDFKLTDETLAYFIDYFGRRKDFKAAHELLIASKGISGIKTFESSIDRLVRAGRPTQVVSFFDKMESDYAFVRNMDSLKFIVSKLCEHGYASYAEKMVTNLANEFFPDEFICDTLIKGWC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG096660
TK1151 IDTkAUNG096660
OH-1004 IDLXL04_030572
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG096660
位置ChrUn:27319210-27321369 (-)
描述Similar to PNM1: Pentatricopeptide repeat-containing protein PNM1, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g60960 RNA 结合蛋白，在线粒体和细胞核中发挥作用。
An Arabidopsis dual-localized pentatricopeptide repeat protein interacts with nuclear proteins involved in gene expression regulation.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081638

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030572 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006417 regulation of translation 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0005840 ribosome 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G20300
ath:AT3G53700
ath:AT5G60960
ath:AT5G61370
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.785
排名 1 · TkAUNG096660 · TK1151
质体0.100
排名 2 · TkAUNG096660 · TK1151
细胞核0.073
排名 3 · TkAUNG096660 · TK1151
细胞质0.033
排名 4 · TkAUNG096660 · TK1151
细胞膜0.011
排名 5 · TkAUNG096660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13762MNE1113-155 aa
PF29070MSC6_N142-170 aa
PF13041PPR_2153-170 aa
PF01535PPR154-170 aa
PF23742VBS_C3G9179-213 aa
PF13041PPR_2181-207 aa
PF01535PPR186-207 aa
PF26398Cap2_linker187-236 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG096660PF13762MNE11131550.1213.1
TkAUNG096660PF29070MSC6_N1421701.7e-0938.0
TkAUNG096660PF13041PPR_21531706.8e-38129.3
TkAUNG096660PF01535PPR1541709.7e-2379.5
TkAUNG096660PF23742VBS_C3G91792130.0007620.3
TkAUNG096660PF13041PPR_21812076.8e-38129.3
TkAUNG096660PF01535PPR1862079.7e-2379.5
TkAUNG096660PF26398Cap2_linker1872360.1512.4
TkAUNG096660PF12854PPR_11922061.4e-2279.8
TkAUNG096660PF12854PPR_12212381.4e-2279.8
TkAUNG096660PF01535PPR2232379.7e-2379.5
TkAUNG096660PF23276TPR_242363512.3e-0525.0
TkAUNG096660PF12854PPR_12452751.4e-2279.8
TkAUNG096660PF13041PPR_22472966.8e-38129.3
TkAUNG096660PF13812PPR_32522922e-1660.5
TkAUNG096660PF01535PPR2532799.7e-2379.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FME4拟南芥sp|Q9FME4|PP438_ARATH Small ribosomal subunit protein mL104 (rPPR9)54.700%Swiss-Prot高置信

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