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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG086840
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 24714196-24714680 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

408 bp · TkAUNG086840|TK1151|cDNA

AAGCGCCTTTTCAACATGATAAACGACCTCCCAACCATCTTCGAATTCGTCTCCGTGTCCACCGCCAAGAAACAAGTCAAGGACAAGTCTTCCGTCTCCAACCACAGCTCCAGCAAGTCAAAGTCAAACTCCAAGGCGAAAGGGTCGGAGCTTAAGTTTTCGAAACCGAAAGAGGATGAGGACGAGGGTCTGGATGACGAAGAGGGGGAGGAACACGGGGACACGTTATGTGGGTCATGTGGTGAGAATTACGCGTCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

378 bp · TkAUNG086840|TK1151|CDS

ATGATAAACGACCTCCCAACCATCTTCGAATTCGTCTCCGTGTCCACCGCCAAGAAACAAGTCAAGGACAAGTCTTCCGTCTCCAACCACAGCTCCAGCAAGTCAAAGTCAAACTCCAAGGCGAAAGGGTCGGAGCTTAAGTTTTCGAAACCGAAAGAGGATGAGGACGAGGGTCTGGATGACGAAGAGGGGGAGGAACACGGGGACACGTTATGTGGGTCATGTGGTGAGAATTACGCGTCTGATGAGTTTAGGATTTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

125 aa · TkAUNG086840|TK1151|PROTEIN

MINDLPTIFEFVSVSTAKKQVKDKSSVSNHSSSKSKSNSKAKGSELKFSKPKEDEDEGLDDEEGEEHGDTLCGSCGENYASDEFRICCDICEKWFHGSCVKIMPARAEHIKQYKCLACTNKRARP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG086840
TK1151 IDTkAUNG086840
OH-1004 IDLXL04_003109
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)76.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 49.187
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG086840
位置ChrUn:24714196-24714680 (-)
描述Similar to AL5: PHD finger protein ALFIN-LIKE 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g20510 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At5g26210 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
At5g05610 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0887700 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
UniProt: A2WXR5 组蛋白结合组分，特异性识别在“赖氨酸-4”（H3K4）上三甲基化的 H3 尾（H3K4me3），标记几乎所有活跃基因的转录起始位点。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003109 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009414 response to water deprivation 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003712 transcription coregulator activity 分子功能
GO:0003714 transcription corepressor activity 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0042393 histone binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G42790
ath:AT5G20510
dosa:Os01g0887700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.937
排名 1 · TkAUNG086840 · TK1151
细胞质0.168
排名 2 · TkAUNG086840 · TK1151
细胞膜0.021
排名 3 · TkAUNG086840 · TK1151
线粒体0.019
排名 4 · TkAUNG086840 · TK1151
内质网0.010
排名 5 · TkAUNG086840 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22930PDXDC1-like_cen30-110 aa
PF30811PHD_UBR7-like65-78 aa
PF03107C1_265-100 aa
PF00130C1_170-106 aa
PF22908PHD_NSD71-115 aa
PF00628PHD72-118 aa
PF27108PHD_Pygo72-112 aa
PF31197PHD_JHD172-115 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG086840PF22930PDXDC1-like_cen301100.2812.0
TkAUNG086840PF30811PHD_UBR7-like65787.8e-0523.3
TkAUNG086840PF03107C1_2651000.7510.9
TkAUNG086840PF00130C1_1701064.77.8
TkAUNG086840PF22908PHD_NSD711150.3112.1
TkAUNG086840PF00628PHD721182.3e-0731.4
TkAUNG086840PF27108PHD_Pygo721120.002718.5
TkAUNG086840PF31197PHD_JHD1721150.01316.1
TkAUNG086840PF21257PHD_ash2p_like72870.3511.5
TkAUNG086840PF30811PHD_UBR7-like761217.8e-0523.3
TkAUNG086840PF21257PHD_ash2p_like861030.3511.5
TkAUNG086840PF23413zf_RING_Vps8_fungal901200.610.1
TkAUNG086840PF22908PHD_NSD1111210.3112.1
TkAUNG086840PF03107C1_21111200.7510.9
TkAUNG086840PF00130C1_11111194.77.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XEM9拟南芥sp|Q5XEM9|ALFL5_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 551.100%Swiss-Prot高置信
O81488拟南芥sp|O81488|ALFL4_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 463.800%Swiss-Prot高置信
Q9FFF5拟南芥sp|Q9FFF5|ALFL1_ARATH PHD finger protein ALFIN-LIKE 150.800%Swiss-Prot高置信
Q7F2Z1水稻sp|Q7F2Z1|ALFL6_ORYSJ PHD finger protein ALFIN-LIKE 664.300%Swiss-Prot高置信
A2WXR5水稻sp|A2WXR5|ALFL6_ORYSI PHD finger protein ALFIN-LIKE 663.600%Swiss-Prot高置信

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