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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG056910
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 16207222-16208999 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1458 bp · TkAUNG056910|TK1151|cDNA

CCTGGACTTGATTAAAAAATGTCATAATTATATGAACCAAAAATATAATTTACTTAAATAATAAGAGAATGTATGTACGTGGACAAAGTTGGTTTTAAAAATAAGCCACGTAGGACCGAAGCAATAGATCACACCTCACTTGCCCGAATTTGATTAAAATAAAAATAAAAAAGAAATGTCTATTGAAAAACATGAAATAGTTAAATGTTCGATTTTGGTTAACCTGCTTGGAACTCCAATGTCGAAACCCTAAATTCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkAUNG056910|TK1151|CDS

ATGGTCAGTCTTGATCTTATTCATGTGCTTTTTTTCTTTTTCCTTTATTCGGTTCTAGAAGTACTCATCGCAACAATAATGGAAGACTACAGATTGATCGACACAGAAGAATATCTTGAAGATTTCGAAGATGAAGAGGAAGTCGAAGAGGGAGAGGAAGATGAAGAGGGGGAAGAATTGGGGGATTTGGTTCCGAGGGTGATACCTATCAGTTCAATTGAAGATGAGGATTATGAGGACGAAGACGAAGATGAAGATGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

337 aa · TkAUNG056910|TK1151|PROTEIN

MVSLDLIHVLFFFFLYSVLEVLIATIMEDYRLIDTEEYLEDFEDEEEVEEGEEDEEGEELGDLVPRVIPISSIEDEDYEDEDEDEDEDEDEDEDEDGDYWDEDEDLDEDYWDDDEDEELDEFIPVEITSHNVSTSISDGRSVQQAVAIADGLLHDLNDLEPREENSGNQENGESLNRGEIDGLFCPICFAAWTSGGSHQICCLPCGHIYGFSCINKWLQLRRSSGKCPQCKVFCTLKDVRVLYASRLCVADEELHKKVRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG056910
TK1151 IDTkAUNG056910
OH-1004 IDLXL04_005123
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG056910
位置ChrUn:16207222-16208999 (-)
描述Similar to RFWD3: E3 ubiquitin-protein ligase RFWD3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006974 DNA damage response 生物过程
GO:0010212 response to ionizing radiation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031297 replication fork processing 生物过程
GO:0031571 mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling 生物过程
GO:0036297 interstrand cross-link repair 生物过程
GO:2000001 regulation of DNA damage checkpoint 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
aml:100478259
hsa:55159
mmu:234736
xla:108714145
xla:108715474
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.725
排名 1 · TkAUNG056910 · TK1151
细胞质0.404
排名 2 · TkAUNG056910 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkAUNG056910 · TK1151
线粒体0.030
排名 4 · TkAUNG056910 · TK1151
内质网0.028
排名 5 · TkAUNG056910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15227zf-C3HC4_4183-188 aa
PF13920zf-C3HC4_3184-231 aa
PF11793FANCL_C184-233 aa
PF13639zf-RING_2185-231 aa
PF00097zf-C3HC4185-230 aa
PF13445zf-RING_UBOX185-228 aa
PF12861zf-ANAPC11185-237 aa
PF13923zf-C3HC4_2185-230 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG056910PF15227zf-C3HC4_41831880.03914.8
TkAUNG056910PF13920zf-C3HC4_31842310.04214.4
TkAUNG056910PF11793FANCL_C1842332.69.1
TkAUNG056910PF13639zf-RING_21852314.1e-0834.1
TkAUNG056910PF00097zf-C3HC41852300.0001422.4
TkAUNG056910PF13445zf-RING_UBOX1852280.0001922.1
TkAUNG056910PF12861zf-ANAPC111852370.0006520.4
TkAUNG056910PF13923zf-C3HC4_21852300.002818.1
TkAUNG056910PF14634zf-RING_51852310.03314.9
TkAUNG056910PF17123zf-RING_111852140.5310.7
TkAUNG056910PF14570zf-RING_41852311.59.4
TkAUNG056910PF29452FAR1_N1992340.7410.6
TkAUNG056910PF17120zf-RING_161992302.48.6
TkAUNG056910PF12678zf-rbx12002310.01616.2
TkAUNG056910PF15227zf-C3HC4_42022300.03914.8
TkAUNG056910PF03961FapA2523145.67.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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