RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkAUNG056130
当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 15988691-15990778 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1395 bp · TkAUNG056130|TK1151|cDNA

CTGTCCCCAGTTTCCTAAGGTTATCAATTCCAACCTCTCCCTCTCCACCTTGGAAATCCATCATCAACTATTTATTTATAATGAGTGAGAAAGAAGTTAAAGAGCAGAAGGTCGTTGATGATAGTACGAGCACGAAGAAGGCTGACGATGTTCAGATTACCGTTGTCCTCAAAGTCGACTTGCATTGTGATGGTTGTGCCAAAAAGATCAAAAAATCCATACGCCACTTAGAAGGTGTGGAAACTGTGAAAGCTGATTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

864 bp · TkAUNG056130|TK1151|CDS

ATGAGTGAGAAAGAAGTTAAAGAGCAGAAGGTCGTTGATGATAGTACGAGCACGAAGAAGGCTGACGATGTTCAGATTACCGTTGTCCTCAAAGTCGACTTGCATTGTGATGGTTGTGCCAAAAAGATCAAAAAATCCATACGCCACTTAGAAGGTGTGGAAACTGTGAAAGCTGATTATGTTAGCAACAAATTGACGATAACTGGAAAAGTGGATGTTATGTATATTAAGGAACGGGTTGAATACAAAACCAAAAAGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

287 aa · TkAUNG056130|TK1151|PROTEIN

MSEKEVKEQKVVDDSTSTKKADDVQITVVLKVDLHCDGCAKKIKKSIRHLEGVETVKADYVSNKLTITGKVDVMYIKERVEYKTKKKVEIISPKPKKDEGGEKKVDDKQASIDQKPKEAQSTIVALKIPLHCDGCIHKIKRIISKIDGVESVKPENDKNLVTVKGTMNMKEVIPYLKEKLKRHVDLVPPKKEQNKSDDKKDEKINKVEGGGDKGGDKVEKGRNDSDDKKKNDVEKPKDSTEGGEKKKNDEVKVAPSGGDE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkAUNG056130
TK1151 IDTkAUNG056130
OH-1004 IDLXL04_005136
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)98.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 95.470 / OH-1004 71.728
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkAUNG056130
位置ChrUn:15988691-15990778 (-)
描述Similar to HIPP05: Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 5
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g36950 重金属结合蛋白（通过相似性预测）。 暂无已核实直接文献
At5g60800 重金属结合蛋白。
The zinc-binding nuclear protein HIPP3 acts as an upstream regulator of the salicylate-dependent plant immunity pathway and of flowering time in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1111/nph.13419
At2g28090 重金属结合蛋白。 暂无已核实直接文献
At5g03380 重金属结合蛋白。
Functional characterization of a heavy metal binding protein CdI19 from Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01412.x
At3g02960 重金属结合蛋白。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005136 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009910 negative regulation of flower development 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0005507 copper ion binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28090
ath:AT2G36950
ath:AT3G02960
ath:AT5G03380
ath:AT5G60800
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.487
排名 1 · TkAUNG056130 · TK1151
细胞膜0.401
排名 2 · TkAUNG056130 · TK1151
细胞核0.252
排名 3 · TkAUNG056130 · TK1151
内质网0.061
排名 4 · TkAUNG056130 · TK1151
高尔基体0.034
排名 5 · TkAUNG056130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04324Fer2_BFD7-46 aa
PF26539ACT_YhiD_C7-57 aa
PF12059DUF354021-62 aa
PF12242Eno-Rase_NADH_b28-57 aa
PF00403HMA30-80 aa
PF12059DUF354063-113 aa
PF12242Eno-Rase_NADH_b73-91 aa
PF12242Eno-Rase_NADH_b99-120 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkAUNG056130PF04324Fer2_BFD7460.02215.8
TkAUNG056130PF26539ACT_YhiD_C7570.3911.6
TkAUNG056130PF12059DUF354021620.004517.6
TkAUNG056130PF12242Eno-Rase_NADH_b28571.39.5
TkAUNG056130PF00403HMA30801.8e-2383.4
TkAUNG056130PF12059DUF3540631130.004517.6
TkAUNG056130PF12242Eno-Rase_NADH_b73911.39.5
TkAUNG056130PF12242Eno-Rase_NADH_b991201.39.5
TkAUNG056130PF04324Fer2_BFD1171440.02215.8
TkAUNG056130PF26539ACT_YhiD_C1211520.3911.6
TkAUNG056130PF00403HMA1281741.8e-2383.4
TkAUNG056130PF12242Eno-Rase_NADH_b1301571.39.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJL2拟南芥sp|Q9SJL2|HIP5_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 549.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FJH5拟南芥sp|Q9FJH5|HIP3_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 343.800%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUV1拟南芥sp|Q9ZUV1|HIP1_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 149.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LZF1拟南芥sp|Q9LZF1|HIP6_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 636.800%Swiss-Prot中等置信
Q9M8T7拟南芥sp|Q9M8T7|HIP8_ARATH Heavy metal-associated isoprenylated plant protein 837.800%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看