TkAUNG003650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkAUNG003650

当前版本: TK1151 染色体: ChrUn 坐标: 1123224-1125943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1665 bp · TkAUNG003650|TK1151|cDNA

ATTCTCGATGGACCGTAGTCTTTTCTGCTACATATGTCTTGGTCTCCCACCTTGTTTTCTCTCGCCTTTGCCACACCTTTGTTTTTACCCGCCATCCTCGCCATTGCTGCCTCCTTCAACTCTAATTCTAATCTGTTTCATATTGTTTAACGATGTCTGTCCTAAAACAGTTCGAACACCTCAAAATACAACTAGAAGCTATAGAATCAGCAACCAACAAATTTGCTGAAGAGAGTTGCATCGGAAAAGGAGGCTTTGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1239 bp · TkAUNG003650|TK1151|CDS

ATGCTTTCAGTTTACAGCCATGAAAATATCGTCTCCCTCTTAGGGTTTTGTGATGAGAAAGACGAGAAGATCCTCGTGTACGAGTATTCATCCCGGGGAAGTCTCGACTTACATCTGGACAACAAGGATCTTACATGGGTTCGACGCCTTACGATTTGTATTGGGGCGGCTCGTGGACTAGCATATCTTCATAATCCTGCAGGTACTCAACAAAGAGTATTGCATAGAGATATTAAAAGTTCCAACATTCTCTTGGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

412 aa · TkAUNG003650|TK1151|PROTEIN

MLSVYSHENIVSLLGFCDEKDEKILVYEYSSRGSLDLHLDNKDLTWVRRLTICIGAARGLAYLHNPAGTQQRVLHRDIKSSNILLDENWNARISDLGLSKFGPANQNYTFLITNNRAGTIGYCDPQYVESGILTKESDVYSFGVVLFEVLCGRLCFRSNDKTQCFTQVARKHYKQKSLNEFIWGNIKDQIHPTSLEVFAAIAFQCLKNDSRKRPLMESVVSELETALEYQANMDRFVDQGSLDDNVYGDMDSRDAISQSM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkAUNG003650`
TK1151 ID	TkAUNG003650
OH-1004 ID	LXL04_015587
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.515 / OH-1004 65.102 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkAUNG003650

位置 ChrUn:1123224-1125943 (+)

描述 Similar to LUG: Transcriptional corepressor LEUNIG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32551`	花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。	The rotunda2 mutants identify a role for the LEUNIG gene in vegetative leaf morphogenesis.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh165
`At5g39000`	推测的受体样蛋白激酶At5g39000。	暂无已核实直接文献
`At5g38990`	可能的受体样蛋白激酶At5g38990。	暂无已核实直接文献
`At2g32700`	可能作为转录共抑制复合体的亚基，抑制非生物胁迫相关基因的表达。	The Arabidopsis transcription factor LUH/MUM1 is required for extrusion of seed coat mucilage.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.172023
`At5g28680`	类受体蛋白激酶，通过在适当时间引导花粉管破裂来释放精细胞，从而控制花粉管行为。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015587 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G32700

ath:AT3G46290

ath:AT4G32551

ath:AT5G38990

ath:AT5G39000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.561

排名 1 · TkAUNG003650 · TK1151

细胞核0.322

排名 2 · TkAUNG003650 · TK1151

细胞膜0.214

排名 3 · TkAUNG003650 · TK1151

溶酶体／液泡0.064

排名 4 · TkAUNG003650 · TK1151

高尔基体0.058

排名 5 · TkAUNG003650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr1-223 aa

PF00069Pkinase2-221 aa

PF23389Beta-prop_WDR19_1st13-67 aa

PF23410Beta-prop_VPS851-75 aa

PF08984DUF1858190-210 aa

PF25391WD40_Gbeta250-406 aa

PF23098Beta-prop_NOL10_N250-353 aa

PF24807WD40_CDC20-Fz252-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkAUNG003650	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	1	223	1.6e-32	113.6
TkAUNG003650	`PF00069`	Pkinase	2	221	2.2e-34	119.8
TkAUNG003650	`PF23389`	Beta-prop_WDR19_1st	13	67	0.001	18.9
TkAUNG003650	`PF23410`	Beta-prop_VPS8	51	75	0.00034	20.5
TkAUNG003650	`PF08984`	DUF1858	190	210	0.096	13.5
TkAUNG003650	`PF25391`	WD40_Gbeta	250	406	5.2e-14	52.7
TkAUNG003650	`PF23098`	Beta-prop_NOL10_N	250	353	8e-06	25.9
TkAUNG003650	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	252	336	5.6e-21	75.8
TkAUNG003650	`PF24805`	EIF3I	257	352	7.9e-12	45.7
TkAUNG003650	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	258	349	3.9e-10	40.4
TkAUNG003650	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	259	332	6.7e-30	104.7
TkAUNG003650	`PF23414`	Beta-prop_EML_2	260	399	3.8e-19	69.8
TkAUNG003650	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	260	351	9.8e-11	41.9
TkAUNG003650	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	261	352	2.4e-32	113.1
TkAUNG003650	`PF24782`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	262	406	1.1e-11	45.0
TkAUNG003650	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	263	308	1.8e-16	60.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FUY2`	拟南芥	sp\|Q9FUY2\|LEUNG_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG	66.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FID8`	拟南芥	sp\|Q9FID8\|Y5900_ARATH Putative receptor-like protein kinase At5g39000	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FID9`	拟南芥	sp\|Q9FID9\|Y5389_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g38990	44.900%	Swiss-Prot	中等置信
`O48847`	拟南芥	sp\|O48847\|LUH_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG	48.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q3E8W4`	拟南芥	sp\|Q3E8W4\|ANX2_ARATH Receptor-like protein kinase ANXUR2	47.300%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情