TkA08G345090 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G345090

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 88466894-88472945 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4849 bp · TkA08G345090|TK1151|cDNA

CTCACACTTTCAAATTCAAATTTGAAAACCCTCACACCCCCATGGATTTCTTTTACAATTGATTCCACCACCTGACCACCATTAAACCCAATTCCCCACCTCCACATCTCATATCTCCGCCGCTTTCTCTTTCAACAGACACCATCTCTGTGTCTCTCTAAACACGAACAACCATGGTCACAGAAAAGCGCCAACCACTCCAGTCGAGCACCACAGACAACATACCACCAGCCACCAAACCCGCCGCTACCAAAGCCGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

3804 bp · TkA08G345090|TK1151|CDS

ATGGTCACAGAAAAGCGCCAACCACTCCAGTCGAGCACCACAGACAACATACCACCAGCCACCAAACCCGCCGCTACCAAAGCCGGGAGAACCATCGAAGAAACTTATCAGAAGAAGACTCAGCTTGAGCACATCCTTCTCCGGCCCGATACTTACATTGGATCCATCGAAAAACATGAACAGACGCTTTGGGTATGGGAAGAAGAGAAAATGGTTAAAAGATGTATATCGTACGTCCCTGGTCTCTACAAGATCTTTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1267 aa · TkA08G345090|TK1151|PROTEIN

MVTEKRQPLQSSTTDNIPPATKPAATKAGRTIEETYQKKTQLEHILLRPDTYIGSIEKHEQTLWVWEEEKMVKRCISYVPGLYKIFDEILVNAADNKQRDPKMDCVKVTIDPDQNLITVYNNGDGIPVEVHQEEGVYVPEMIFGHLLTSSNYDDSIKKTTGGRNGYGAKLANIFSTEFTIETADGKRNRRYKQVFSNNMGKKSEPAITKCKSGENWTMVSFKPDLSKFGMECLEPDVVALMKKRVVDLAGCLGKTVKVEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G345090`
TK1151 ID	TkA08G345090
OH-1004 ID	LXL04_034048
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.053 / OH-1004 83.223 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G345090

位置 Chr08:88466894-88472945 (+)

描述 Similar to TOP2: DNA topoisomerase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g23890`	通过 DNA 链的短暂断裂及随后的重新连接，控制 DNA 的拓扑状态。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034048 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000712 resolution of meiotic recombination intermediates 生物过程

GO:0000819 sister chromatid segregation 生物过程

GO:0006265 DNA topological change 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007076 mitotic chromosome condensation 生物过程

GO:0007143 female meiotic nuclear division 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

GO:0040016 embryonic cleavage 生物过程

GO:0042752 regulation of circadian rhythm 生物过程

GO:0045870 positive regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G23890

cge:100689304

mmu:21973

spo:2540541

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.486

排名 1 · TkA08G345090 · TK1151

细胞质0.454

排名 2 · TkA08G345090 · TK1151

线粒体0.057

排名 3 · TkA08G345090 · TK1151

内质网0.044

排名 4 · TkA08G345090 · TK1151

细胞膜0.040

排名 5 · TkA08G345090 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02518HATPase_c81-177 aa

PF00204DNA_gyraseB270-422 aa

PF08722Tn7_TnsA-like_N371-449 aa

PF01751Toprim451-550 aa

PF16898TOPRIM_C566-694 aa

PF01751Toprim631-650 aa

PF00521DNA_topoisoIV697-1165 aa

PF02518HATPase_c948-976 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G345090	`PF02518`	HATPase_c	81	177	5.6e-10	40.4
TkA08G345090	`PF00204`	DNA_gyraseB	270	422	4.6e-25	88.8
TkA08G345090	`PF08722`	Tn7_TnsA-like_N	371	449	0.015	16.6
TkA08G345090	`PF01751`	Toprim	451	550	2.6e-08	34.6
TkA08G345090	`PF16898`	TOPRIM_C	566	694	6.7e-49	166.0
TkA08G345090	`PF01751`	Toprim	631	650	2.6e-08	34.6
TkA08G345090	`PF00521`	DNA_topoisoIV	697	1165	3.4e-119	399.3
TkA08G345090	`PF02518`	HATPase_c	948	976	5.6e-10	40.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P30182`	拟南芥	sp\|P30182\|TOP2_ARATH DNA topoisomerase 2	64.600%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情