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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G213290
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 55811029-55811682 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

654 bp · TkA08G213290|TK1151|cDNA

ATGATTGTCGGTTTTGCTTCCCATGGGCATGCAATGAAGGCTCTAAGTTTTTTCAAAGAGATGATAGGAACAGGATTATACAAACCAGATGAGATTACATTCATTGGTGTACTATCGGCTTGTAGTCATGGAGGGTTACTCACTCAAGGAAGAAGCTACTTCAACGAGATGGAGACCACATTTGGGTTAAAACCAAGAGTGGAGCATTATGCTTGTATGATTGATTTACTTGGAAGAATTGGGCTTTTAAATGAAGCTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

654 bp · TkA08G213290|TK1151|CDS

ATGATTGTCGGTTTTGCTTCCCATGGGCATGCAATGAAGGCTCTAAGTTTTTTCAAAGAGATGATAGGAACAGGATTATACAAACCAGATGAGATTACATTCATTGGTGTACTATCGGCTTGTAGTCATGGAGGGTTACTCACTCAAGGAAGAAGCTACTTCAACGAGATGGAGACCACATTTGGGTTAAAACCAAGAGTGGAGCATTATGCTTGTATGATTGATTTACTTGGAAGAATTGGGCTTTTAAATGAAGCTTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

217 aa · TkA08G213290|TK1151|PROTEIN

MIVGFASHGHAMKALSFFKEMIGTGLYKPDEITFIGVLSACSHGGLLTQGRSYFNEMETTFGLKPRVEHYACMIDLLGRIGLLNEAYELITEMPMEADKVVWGAVLNACRMHGNVELGRLATEKLLKLDPNDSSVYMLMESLCASRRKWDDVKMIRSMMRENGVKKTPGCSSVEVEGVFHQFLVSDKSHPKSDHIYQVLGEITSLSRLEQFNKLLID

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G213290
TK1151 IDTkA08G213290
OH-1004 IDLXL04_032920
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)98.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 34.609
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G213290
位置Chr08:55811029-55811682 (+)
描述Similar to PCMP-E28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At5g48910 含五次肽重复序列的蛋白At5g48910。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献
At5g59200 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032920 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G13600
ath:AT2G22410
ath:AT2G29760
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.633
排名 1 · TkA08G213290 · TK1151
质体0.205
排名 2 · TkA08G213290 · TK1151
细胞核0.056
排名 3 · TkA08G213290 · TK1151
细胞质0.042
排名 4 · TkA08G213290 · TK1151
过氧化物酶体0.008
排名 5 · TkA08G213290 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR1-24 aa
PF13041PPR_21-42 aa
PF12854PPR_11-21 aa
PF29070MSC6_N7-91 aa
PF12854PPR_128-34 aa
PF01535PPR33-58 aa
PF13041PPR_252-58 aa
PF12854PPR_162-93 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G213290PF01535PPR1249.3e-1451.3
TkA08G213290PF13041PPR_21423.3e-1040.6
TkA08G213290PF12854PPR_11211.2e-0732.0
TkA08G213290PF29070MSC6_N7910.00317.5
TkA08G213290PF12854PPR_128341.2e-0732.0
TkA08G213290PF01535PPR33589.3e-1451.3
TkA08G213290PF13041PPR_252583.3e-1040.6
TkA08G213290PF12854PPR_162931.2e-0732.0
TkA08G213290PF13041PPR_267943.3e-1040.6
TkA08G213290PF01535PPR70949.3e-1451.3
TkA08G213290PF13428TPR_1473900.3312.5
TkA08G213290PF13041PPR_2981163.3e-1040.6
TkA08G213290PF01535PPR1001169.3e-1451.3
TkA08G213290PF13428TPR_141011380.3312.5
TkA08G213290PF20431E_motif1121741.8e-1764.0
TkA08G213290PF29070MSC6_N1271620.00317.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial55.300%Swiss-Prot高置信
Q9FI80拟南芥sp|Q9FI80|PP425_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4891045.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic46.300%Swiss-Prot中等置信
Q9LS72拟南芥sp|Q9LS72|PP261_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923047.500%Swiss-Prot中等置信
Q9FIF7拟南芥sp|Q9FIF7|PP435_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g59200, chloroplastic42.900%Swiss-Prot中等置信

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