TkA08G148640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G148640

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 38705998-38706801 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

721 bp · TkA08G148640|TK1151|cDNA

AGTCATTGGCTCGTTCCAACACCATCACCACAAACAAACACAACAATGGCTATGTCCCGTTTGATCACACACAGTCACCGATCACCACTAATAACCCGCCAATGGACCTCTCAACTCCTCCACCGTCTCACCATCACGACAACCACCGACCACCATGAAAAACCAGACACGAAAGAGATTTCCATCTCCGAATCTACCAGAAAACCCAAACTCTTTTCCCCACGGAGGTCACCTTGGTCGCAAAATAATGATCGGAACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

612 bp · TkA08G148640|TK1151|CDS

ATGGCTATGTCCCGTTTGATCACACACAGTCACCGATCACCACTAATAACCCGCCAATGGACCTCTCAACTCCTCCACCGTCTCACCATCACGACAACCACCGACCACCATGAAAAACCAGACACGAAAGAGATTTCCATCTCCGAATCTACCAGAAAACCCAAACTCTTTTCCCCACGGAGGTCACCTTGGTCGCAAAATAATGATCGGAACTTCCCCGGAGTCGGGCATGCGATCGTGGAAGCGGCGGCGAACATGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

203 aa · TkA08G148640|TK1151|PROTEIN

MAMSRLITHSHRSPLITRQWTSQLLHRLTITTTTDHHEKPDTKEISISESTRKPKLFSPRRSPWSQNNDRNFPGVGHAIVEAAANMNRLLKNFAPAHLIRRFKEKDESYSLKYQMPGLSKDDVKITVEDGMLFIRGERKEEEEDGDEEEYWAAARYGYYNTSLMLPEDAKVEEIRAEMKDGVLHVIIPKDDTKKKHVKEVKVG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G148640`
TK1151 ID	TkA08G148640
OH-1004 ID	LXL04_032080
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G148640

位置 Chr08:38705998-38706801 (-)

描述 Similar to HSP26.5: 26.5 kDa heat shock protein, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g52560`	26.5 kDa 热休克蛋白，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At4g27670`	热应激下幼苗和叶绿体发育所需的伴侣蛋白，可能是通过维持质体编码的 RNA 聚合酶依赖性转录来实现的。	Chloroplast small heat shock protein HSP21 interacts with plastid nucleoid protein pTAC5 and is essential for chloroplast development in Arabidopsis under heat stress.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.111229

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0201000`	23.6 kDa 线粒体热休克蛋白。	暂无已核实直接文献
`Os01g0136000`	16.9 kDa I 类热休克蛋白 3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0101031 protein folding chaperone complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G52560

ath:AT4G27670

osa:107278626

sly:544024

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.775

排名 1 · TkA08G148640 · TK1151

质体0.169

排名 2 · TkA08G148640 · TK1151

细胞质0.110

排名 3 · TkA08G148640 · TK1151

细胞核0.067

排名 4 · TkA08G148640 · TK1151

细胞膜0.025

排名 5 · TkA08G148640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00011HSP2028-47 aa

PF00011HSP20103-202 aa

PF17886ArsA_HSP20107-185 aa

PF27746Small_heat_shock_put108-188 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G148640	`PF00011`	HSP20	28	47	2.3e-24	86.1
TkA08G148640	`PF00011`	HSP20	103	202	2.3e-24	86.1
TkA08G148640	`PF17886`	ArsA_HSP20	107	185	0.001	19.3
TkA08G148640	`PF27746`	Small_heat_shock_put	108	188	5.9e-06	26.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSQ8`	拟南芥	sp\|Q9SSQ8\|HS26M_ARATH 26.5 kDa heat shock protein, mitochondrial	41.300%	Swiss-Prot	中等置信
`P31170`	拟南芥	sp\|P31170\|HS25P_ARATH Heat shock protein 21, chloroplastic	39.800%	Swiss-Prot	低置信
`B7EZJ7`	水稻	sp\|B7EZJ7\|HS23M_ORYSJ 23.6 kDa heat shock protein, mitochondrial	39.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q943E7`	水稻	sp\|Q943E7\|HS16C_ORYSJ 16.9 kDa class I heat shock protein 3	32.000%	Swiss-Prot	中等置信

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