TkA08G144530 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G144530

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37700176-37704064 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2188 bp · TkA08G144530|TK1151|cDNA

CTTTCTTATTATGTCGGTCTGAGTGACTGCGAGCTCAATTTGAGACTCCAAAGGTTAAAATATCGAACTAACTTCGTGCTTGGCTTCCAGCGGATTTTATAACTTTGATGCTGCAAGTATCCTTCTTTGCTTGATAAGAACCCTACGCGACGAGCTGAATCATGGATATGGAGAATGAAGACGACTATGAAGAATACATCCCCATTGCCAAACGAAGAGCAATGGAAGCCCAAAAGATCCTCCAAAGAAAAGGCCAAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1785 bp · TkA08G144530|TK1151|CDS

ATGGAAAAGTCAACCGTGGATATGGAGAATGAAGACGACTATGAAGAATACATCCCCATTGCCAAACGAAGAGCAATGGAAGCCCAAAAGATCCTCCAAAGAAAAGGCCAAGCTTCCACTCTCGAAGACGAAACCGAAAAATCCAAACAAGTGGAAACAAAACCGAGTCTACTCGTAAAAGCCTCCCAACTCAAACGCGATCAACCCGAAGTCACCCCAACAGAACACGCAGTCCAACAAGAAAAAGAAATGATGGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

594 aa · TkA08G144530|TK1151|PROTEIN

MEKSTVDMENEDDYEEYIPIAKRRAMEAQKILQRKGQASTLEDETEKSKQVETKPSLLVKASQLKRDQPEVTPTEHAVQQEKEMMENLSDRKTLMSVRELAKGITYSEPLPTGWKPPLPIRRMSQKASDGIRKQWHIIVDGDEIPPPIKNFKDMRFPDPVLKKLKEKGIVQPTPIQVQGLPVILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFVLPLIMMALQEEIMMPIAQGEGPFGLVICPSRELARQTFEVVEEFLVPLREQGFPEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G144530`
TK1151 ID	TkA08G144530
OH-1004 ID	LXL04_032045
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G144530

位置 Chr08:37700176-37704064 (-)

描述 Similar to RH35: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g51280`	DEAD盒依赖ATP的RNA解旋酶35。	暂无已核实直接文献
`At4g33370`	推测的 DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 43。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0150100`	DEAD-box ATP依赖性 RNA 解旋酶 35A。	暂无已核实直接文献
`Os06g0697200`	DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶35B。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0008283 cell population proliferation 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0032481 positive regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0035458 cellular response to interferon-beta 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0140896 cGAS/STING signaling pathway 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G33370

ath:AT5G51280

dosa:Os02g0150100

dosa:Os06g0697200

mmu:72935

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.813

排名 1 · TkA08G144530 · TK1151

细胞质0.250

排名 2 · TkA08G144530 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA08G144530 · TK1151

线粒体0.031

排名 4 · TkA08G144530 · TK1151

内质网0.027

排名 5 · TkA08G144530 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07517SecA_DEAD171-215 aa

PF00270DEAD173-352 aa

PF04851ResIII193-346 aa

PF00271Helicase_C327-343 aa

PF00271Helicase_C389-495 aa

PF22590Cas3-like_C_2404-493 aa

PF00270DEAD424-457 aa

PF04851ResIII494-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G144530	`PF07517`	SecA_DEAD	171	215	0.025	14.6
TkA08G144530	`PF00270`	DEAD	173	352	2.2e-41	142.1
TkA08G144530	`PF04851`	ResIII	193	346	2.4e-05	25.0
TkA08G144530	`PF00271`	Helicase_C	327	343	3e-32	111.8
TkA08G144530	`PF00271`	Helicase_C	389	495	3e-32	111.8
TkA08G144530	`PF22590`	Cas3-like_C_2	404	493	0.018	16.0
TkA08G144530	`PF00270`	DEAD	424	457	2.2e-41	142.1
TkA08G144530	`PF04851`	ResIII	494	527	2.4e-05	25.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LU46`	拟南芥	sp\|Q9LU46\|RH35_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35	84.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SZB4`	拟南芥	sp\|Q9SZB4\|RH43_ARATH Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 43	82.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q0E3X4`	水稻	sp\|Q0E3X4\|RH35A_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35A	77.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5Z6G5`	水稻	sp\|Q5Z6G5\|RH35B_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35B	72.900%	Swiss-Prot	高置信

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