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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G143580
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37424423-37428770 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2524 bp · TkA08G143580|TK1151|cDNA

CTCTAATTCTTTTTTGGAGAGTTTCCTTATTGAGACGATGTATGGCTCTTTGCTAGTACCTGGTCTGCCTTACTAAAAAAACTATTACTAGGTCACTCTAAAAAGAATAACACCTTGGAACATCACTAGAAATCACGTAGCTCTCTTCCAAATGAAGAGGCTAGTTTTTGAGCTCGTTTTGATGTTTAGCGAATTGAAACTTATAATTGTTCGATAAAATGCCTGAATGGGGTTCTTCTACCGTAATGCCCTTATAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1770 bp · TkA08G143580|TK1151|CDS

ATGGAAATGGAGAATGAAGACGACTATGAAGAATACATCCCCATTGCCAAACGAAGAGCAATGGAAGCCCAAAAGATCCTCCAAAGAAAAGGCCAAGCTTCCACTCTCGAAGACGAATCCGAAAAATCCAAACAAGTGGAAACAAAACCGAGTCTACTCGTAAAAGCCTCCCAACTCAAACGCGATCAACCCGAAGTCACCCCCACAGAACACGCAGTCCAACAAGAAAAAGAAATGATGGAAAATCTCTCAGACCGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

589 aa · TkA08G143580|TK1151|PROTEIN

MEMENEDDYEEYIPIAKRRAMEAQKILQRKGQASTLEDESEKSKQVETKPSLLVKASQLKRDQPEVTPTEHAVQQEKEMMENLSDRKTLMSVRELAKGITYSEPLPTGWKPPLPIRRMSQKASDGIRKQWHIIVDGDEIPPPIKNFKDMRFPDPVLKKLKEKGIVQPTPIQVQGLPVILSGRDMIGIAFTGSGKTLVFVLPLIMMALQEEIMMPIAQGEGPFGLVICPSRELARQTFEVVEEFLVPLREQGFPEIRPLLC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G143580
TK1151 IDTkA08G143580
OH-1004 IDLXL04_032045
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.158
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G143580
位置Chr08:37424423-37428770 (-)
描述Similar to RH35: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g51280 DEAD盒依赖ATP的RNA解旋酶35。 暂无已核实直接文献
At4g33370 推测的 DEAD-box ATP 依赖性 RNA 解旋酶 43。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os02g0150100 DEAD-box ATP依赖性 RNA 解旋酶 35A。 暂无已核实直接文献
Os06g0697200 DEAD-box ATP依赖性RNA解旋酶35B。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032045 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程
GO:0008283 cell population proliferation 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0032481 positive regulation of type I interferon production 生物过程
GO:0035458 cellular response to interferon-beta 生物过程
GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程
GO:0051607 defense response to virus 生物过程
GO:0140896 cGAS/STING signaling pathway 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G33370
ath:AT5G51280
dosa:Os02g0150100
dosa:Os06g0697200
mmu:72935
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.810
排名 1 · TkA08G143580 · TK1151
细胞质0.256
排名 2 · TkA08G143580 · TK1151
细胞膜0.032
排名 3 · TkA08G143580 · TK1151
线粒体0.031
排名 4 · TkA08G143580 · TK1151
内质网0.028
排名 5 · TkA08G143580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15391DUF461414-106 aa
PF07517SecA_DEAD166-210 aa
PF00270DEAD168-347 aa
PF04851ResIII188-341 aa
PF15391DUF4614296-312 aa
PF00271Helicase_C322-338 aa
PF00271Helicase_C384-490 aa
PF22590Cas3-like_C_2399-488 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G143580PF15391DUF4614141060.1612.7
TkA08G143580PF07517SecA_DEAD1662100.02514.6
TkA08G143580PF00270DEAD1683472.1e-41142.1
TkA08G143580PF04851ResIII1883412.4e-0525.0
TkA08G143580PF15391DUF46142963120.1612.7
TkA08G143580PF00271Helicase_C3223383.1e-32111.8
TkA08G143580PF00271Helicase_C3844903.1e-32111.8
TkA08G143580PF22590Cas3-like_C_23994880.01816.0
TkA08G143580PF00270DEAD4194522.1e-41142.1
TkA08G143580PF04851ResIII4895222.4e-0525.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LU46拟南芥sp|Q9LU46|RH35_ARATH DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 3584.300%Swiss-Prot高置信
Q9SZB4拟南芥sp|Q9SZB4|RH43_ARATH Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 4382.800%Swiss-Prot高置信
Q0E3X4水稻sp|Q0E3X4|RH35A_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35A77.100%Swiss-Prot高置信
Q5Z6G5水稻sp|Q5Z6G5|RH35B_ORYSJ DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 35B73.100%Swiss-Prot高置信

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