TkA08G142760 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G142760

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37194210-37199588 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3180 bp · TkA08G142760|TK1151|cDNA

ATGGGTGTGGATTTAGATTCTCTTGTTGCTGAATCCCGATTCAAGAAAAGAAAAGTAACATTAGGTTGCAATAACTGTTCTTCACCTTCCTCAATCTCTCACAATATTCAAACTTTCTTACCCACCCTTCGAGCTTCTGATTATTTTACCGAACCTTCATTGACCGAATTGACCAAGAGAGAACTCATGGACCCCGGTCATTCCCAAAGGGTTCAAAACTTTACAGTTGGTAGATACGGTTATGGAAAAGTCAAATTTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3180 bp · TkA08G142760|TK1151|CDS

ATGGGTGTGGATTTAGATTCTCTTGTTGCTGAATCCCGATTCAAGAAAAGAAAAGTAACATTAGGTTGCAATAACTGTTCTTCACCTTCCTCAATCTCTCACAATATTCAAACTTTCTTACCCACCCTTCGAGCTTCTGATTATTTTACCGAACCTTCATTGACCGAATTGACCAAGAGAGAACTCATGGACCCCGGTCATTCCCAAAGGGTTCAAAACTTTACAGTTGGTAGATACGGTTATGGAAAAGTCAAATTTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1059 aa · TkA08G142760|TK1151|PROTEIN

MGVDLDSLVAESRFKKRKVTLGCNNCSSPSSISHNIQTFLPTLRASDYFTEPSLTELTKRELMDPGHSQRVQNFTVGRYGYGKVKFFGETDVRWLDLDQIIKFKRHEIIVYEDETCKPVIGQGLNKPAEVTLLLQIKSLKSQVLEKLKVSAERQGAEFISFNSDKKEWKFTVQHFSRFGLSDNEEEDIAMDDANSDSDSEVQEPIPMLDSDGSDPHLLSHSLPSHLGLDPIRMKEMQMVMFPNEEEYEDQEQEQELNESF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G142760`
TK1151 ID	TkA08G142760
OH-1004 ID	LXL04_032028
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G142760

位置 Chr08:37194210-37199588 (-)

描述 Similar to NUP96: Nuclear pore complex protein NUP96

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80680`	有助于成熟 mRNA 从细胞核转移到细胞质。	A putative nucleoporin 96 Is required for both basal defense and constitutive resistance responses mediated by suppressor of npr1-1,constitutive 1.2005 · DOI: 10.1105/tpc.104.029926 The Arabidopsis SUPPRESSOR OF AUXIN RESISTANCE proteins are nucleoporins with an important role in hormone signaling and development.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041566 MOS11: a new component in the mRNA export pathway.2010 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1001250 Putative members of the Arabidopsis Nup107-160 nuclear pore sub-complex contribute to pathogen defense.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.04928.x
`At1g10390`	核孔复合体蛋白NUP98A。	暂无已核实直接文献
`At1g59660`	核孔复合体蛋白 NUP98B。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032028 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000973 post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery 生物过程

GO:0002758 innate immune response-activating signaling pathway 生物过程

GO:0006405 RNA export from nucleus 生物过程

GO:0006406 mRNA export from nucleus 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006999 nuclear pore organization 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034398 telomere tethering at nuclear periphery 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10390

ath:AT1G80680

hsa:4928

mmu:269966

rno:81738

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.830

排名 1 · TkA08G142760 · TK1151

细胞质0.217

排名 2 · TkA08G142760 · TK1151

细胞膜0.032

排名 3 · TkA08G142760 · TK1151

线粒体0.030

排名 4 · TkA08G142760 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA08G142760 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05137PilN35-76 aa

PF04096Nucleoporin246-180 aa

PF05137PilN441-462 aa

PF12110Nup96528-812 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G142760	`PF05137`	PilN	35	76	0.002	18.8
TkA08G142760	`PF04096`	Nucleoporin2	46	180	1.6e-37	129.6
TkA08G142760	`PF05137`	PilN	441	462	0.002	18.8
TkA08G142760	`PF12110`	Nup96	528	812	4.3e-72	243.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LLD0`	拟南芥	sp\|Q8LLD0\|NUP96_ARATH Nuclear pore complex protein NUP96	54.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q8RY25`	拟南芥	sp\|Q8RY25\|NU98A_ARATH Nuclear pore complex protein NUP98A	53.000%	Swiss-Prot	低置信
`F4ID16`	拟南芥	sp\|F4ID16\|NU98B_ARATH Nuclear pore complex protein NUP98B	45.100%	Swiss-Prot	低置信

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