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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G142280
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37109046-37115156 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2199 bp · TkA08G142280|TK1151|cDNA

CTCGCTTCTACCTGTCACTCTCTGTAGTCTCTCGAGTCTGCAGTCTGCATATCGTCTTCCCCCGAGTCACACACACACACACAAAAGCGAAACGGACAAATTGAAGCTAAATTCTTCCGTACGAGCTGTTAGGGTTTTTCTTCATCTTCACCGATCGGTCTACGGCGTTTGTCTCTGATCACTGGCCGACGGAAGCAGCTGGTTCCGCTTACCAAGTAGTGCATTTCGTTTTCACGTAGTTTCTGTCGAGGTTAAATGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1944 bp · TkA08G142280|TK1151|CDS

ATGGATCCCAGCTCCGGTGAAGAGTCTGAGTTCAGTGATTCCGAGTATGCTGATTACAAAGACAAACCACTAGAACAACTGAGAAACGGAACCTTAAAGGTCAAATTCCCCAACGGCATACTTAGGTGTCCATTCTGTGCTGGAAAGAAAAAACAGAACTTCAAATACAAAGATCTGTATCAGCATGCCTCGGGAGTAGGCAAGGGATCTTCAAACAGAAACGCCAAACAGAAAGCCAATCATCTCGCCCTAGCAATCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

648 aa · TkA08G142280|TK1151|PROTEIN

MDPSSGEESEFSDSEYADYKDKPLEQLRNGTLKVKFPNGILRCPFCAGKKKQNFKYKDLYQHASGVGKGSSNRNAKQKANHLALAIYLENDLAHESEQPLKVAAPTPVAPVSEKTELYCWPWTGIVVNIVKDPDNEQDVENTEYWMKRFSKYKPEQVEISWDNQTKVAQALVRFNNDWTGFKNAMEFEKAFEVSHHSKREWFASEKSSGSSIYAWLARSNDFESQGAIGDFLRKNRELKTISDLVQEAVQTRNKPVVELA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G142280
TK1151 IDTkA08G142280
OH-1004 IDLXL04_032023
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.685 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G142280
位置Chr08:37109046-37115156 (-)
描述Similar to FDM1: Factor of DNA methylation 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g15910 与 IDN2 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At4g00380 与 IDN2 和 FDM1/IDNL1 形成复合物，这是 RNA 指导的 DNA 甲基化 所需的，并且在 RdDM 途径的下游步骤发挥作用。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
At1g80790 与 FDM3 和 FDM4 联合作用，实现 RNA 指导的 DNA 甲基化。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034
At3g48670 与 FDM1/IDNL1 和 FDM2/IDNL2 形成复合物，该复合物对 RNA 定向 DNA 甲基化（RdDM）是必需的，并在 RdDM 通路的下游步骤以及小干扰 RNA（siRNA）形成的下游发挥功能。
IDN1 and IDN2 are required for de novo DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1038/nsmb.1690
An SGS3-like protein functions in RNA-directed DNA methylation and transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04130.x
IDN2 and its paralogs form a complex required for RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002693
INVOLVED IN DE NOVO 2-containing complex involved in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1206638109
IDN2 has a role downstream of siRNA formation in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.4161/epi.21237
A SWI/SNF chromatin-remodeling complex acts in noncoding RNA-mediated transcriptional silencing.2013 · DOI: 10.1016/j.molcel.2012.11.011
RNA-directed DNA methylation requires stepwise binding of silencing factors to long non-coding RNA.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12563
Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
At3g12550 与 FDM4 和 FDM5 关联，参与 RNA 导向的 DNA 甲基化 (RdDM)。
A subgroup of SGS3-like proteins act redundantly in RNA-directed DNA methylation.2012 · DOI: 10.1093/nar/gks034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032023 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0010569 regulation of double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程
GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0003677 DNA binding 分子功能
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003725 double-stranded RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15910
ath:AT1G80790
ath:AT3G12550
ath:AT3G48670
ath:AT4G00380
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540
排名 1 · TkA08G142280 · TK1151
细胞核0.469
排名 2 · TkA08G142280 · TK1151
细胞膜0.078
排名 3 · TkA08G142280 · TK1151
内质网0.038
排名 4 · TkA08G142280 · TK1151
溶酶体／液泡0.021
排名 5 · TkA08G142280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03470zf-XS43-85 aa
PF03468XS116-223 aa
PF03469XH148-193 aa
PF10234Cluap1207-287 aa
PF03469XH297-322 aa
PF10234Cluap1301-357 aa
PF03469XH312-392 aa
PF10234Cluap1355-430 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G142280PF03470zf-XS43851.3e-2074.1
TkA08G142280PF03468XS1162231.1e-30106.9
TkA08G142280PF03469XH1481931.3e-55187.6
TkA08G142280PF10234Cluap12072870.0215.0
TkA08G142280PF03469XH2973221.3e-55187.6
TkA08G142280PF10234Cluap13013570.0215.0
TkA08G142280PF03469XH3123921.3e-55187.6
TkA08G142280PF10234Cluap13554300.0215.0
TkA08G142280PF03468XS3803801.1e-30106.9
TkA08G142280PF03469XH4104531.3e-55187.6
TkA08G142280PF03468XS4334521.1e-30106.9
TkA08G142280PF10234Cluap14374850.0215.0
TkA08G142280PF03469XH5026321.3e-55187.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9S9P3拟南芥sp|Q9S9P3|FDM1_ARATH Factor of DNA methylation 151.300%Swiss-Prot高置信
F4JH53拟南芥sp|F4JH53|FDM2_ARATH Factor of DNA methylation 249.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SAI1拟南芥sp|Q9SAI1|FDM5_ARATH Factor of DNA methylation 545.900%Swiss-Prot中等置信
Q8VZ79拟南芥sp|Q8VZ79|IDN2_ARATH Protein INVOLVED IN DE NOVO 236.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LHB1拟南芥sp|Q9LHB1|FDM3_ARATH Factor of DNA methylation 334.000%Swiss-Prot中等置信

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