TkA08G080650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G080650

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20731587-20735193 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1873 bp · TkA08G080650|TK1151|cDNA

CATTCCTTTAGTTATACCATATTTTAATTTGTATGTAGAATACAAAATAGGCATAATTTGTTTCTGTTAGAATACGATGCCTTTTGTAATTTTAAACGAATAATGCTGAAACTAAAACGCCGCCGTATAGGTAGTGGGGGTGAATACAATGCTTCGTGTTTTGCTCATGTGTAGTTCGCCGGCGTGACAGTTCGACCGAATAGTTGGTAGCCGGAACTTGCTCGTGTGTACTATTTCGATCAATCTCATTCTTTTTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1278 bp · TkA08G080650|TK1151|CDS

ATGAAAATGCAGAAAATCGTCTCGCAAAATCTTTCGTCGGAAGACGTTCCTGCTTCTATATCGTGGACTGAGACCTCCGACAGCGTATCTCGCCACTTCTTCTTTCTTCCCGACGGTCAATTCTCCGTGAAGGTGGTTGACGATTCAAGACCAGTAGTCCACAAAATGGCCGAATCCTTCGTCAACAAATTCTTCCCCTCTGGTTTCCCATACAGTGTCAACGACGGATACCTCCGGTACACACAATTTCGAGCACTGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

425 aa · TkA08G080650|TK1151|PROTEIN

MKMQKIVSQNLSSEDVPASISWTETSDSVSRHFFFLPDGQFSVKVVDDSRPVVHKMAESFVNKFFPSGFPYSVNDGYLRYTQFRALQHFSSAALSVLSTQSLLHAAGLRPTPAQATAVSWILKDGMQHVGKLICSNLGALMDSEPKSWRILADVLYDLGTGLEIFSPLCPQLFLQTAGLGNFAKGMAVVAARATRLPIYSSFAKEGNLSDLFAKGEAISTVFNVLGLGTGIQLVSTVCSSMQGKMVVGSLLSVIHVYSVS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G080650`
TK1151 ID	TkA08G080650
OH-1004 ID	LXL04_018745
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G080650

位置 Chr08:20731587-20735193 (+)

描述 Similar to RUS2: Protein root UVB sensitive 2, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g31190`	参与根 UV-B 传感通路并防止对极低注量率 UV-B 过敏。	ROOT UV-B SENSITIVE2 acts with ROOT UV-B SENSITIVE1 in a root ultraviolet B-sensing pathway.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.139253 Arabidopsis ROOT UVB SENSITIVE2/WEAK AUXIN RESPONSE1 is required for polar auxin transport.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.074195
`At1g13770`	蛋白根部 UVB 敏感 3。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018745 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009926 auxin polar transport 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0032502 developmental process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G31190

ath:AT3G45890

ath:AT5G49820

mmu:233913

rno:361654

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.709

排名 1 · TkA08G080650 · TK1151

过氧化物酶体0.185

排名 2 · TkA08G080650 · TK1151

细胞质0.068

排名 3 · TkA08G080650 · TK1151

质体0.053

排名 4 · TkA08G080650 · TK1151

细胞膜0.045

排名 5 · TkA08G080650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04884UVB_sens_prot54-286 aa

PF24160UVB_sens_C308-370 aa

PF24160UVB_sens_C380-416 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G080650	`PF04884`	UVB_sens_prot	54	286	1.2e-72	245.1
TkA08G080650	`PF24160`	UVB_sens_C	308	370	0.058	14.5
TkA08G080650	`PF24160`	UVB_sens_C	380	416	0.058	14.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SJX7`	拟南芥	sp\|Q9SJX7\|RUS2_ARATH Protein root UVB sensitive 2, chloroplastic	74.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q84JB8`	拟南芥	sp\|Q84JB8\|RUS3_ARATH Protein root UVB sensitive 3	26.100%	Swiss-Prot	低置信

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