RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G034610
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 8844406-8852221 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4114 bp · TkA08G034610|TK1151|cDNA

AAATGTATATAATTTTAATTAGATAAAAGAATTCACTAAAATATTCGGACACTTGAGGAAGTCAATTAAGCGATTTTTAGGAGAAACGGCGTAGTTAACTTTGACAGATGTTTTCAGTGTTTATGACTCTCTCTTCCTTCACTTTTTGAGCTTCCATCGCCATTAGTGATAAGCACGTCTGTCGTCTGTCACTCATCATTCTCCCCAACTTCCCTTTTTCTCTTCCATCTCTCATCTCTTTCTGCCCACGTTTTTCCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2895 bp · TkA08G034610|TK1151|CDS

ATGTCTGTATCTATGAGAGATTTGGATCCAGCCTTTCAAGGAGCTGGACAAAAAGCAGGAATTGAAGTGTGGCGAATTGAGAATTTCAAACCAGTGGCTGTTCCACAATCTTCTTACGGGAAGTTTTTTACAGGGGACTCCTATGTTATCTTGAAGACCATTGCTTTAAAAAGTGGTGCATTACGTCACGACATTCACTATTGGCTCGGTAAAGACACAAGTCAGGATGAAGCTGGAACAGCAGCCTTGAAGACAGTTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

964 aa · TkA08G034610|TK1151|PROTEIN

MSVSMRDLDPAFQGAGQKAGIEVWRIENFKPVAVPQSSYGKFFTGDSYVILKTIALKSGALRHDIHYWLGKDTSQDEAGTAALKTVELDAALGGRAVQYREVQGHETERFLSYFKPCIIPQEGGVASGFKHAEAEEHKIRMFTCQGKHVVHVKEVPFARSSLNHDDIFILDTANKIFQFNGSNSCIQERAKALEVVQHIKDTYHDGKCDIATVEDGKLMSDAETGEFWGFFGGFAPLPRKTATDDTKTSDALPTQLFCVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G034610
TK1151 IDTkA08G034610
OH-1004 IDLXL04_002956
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)60.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G034610
位置Chr08:8844406-8852221 (-)
描述Similar to VLN4: Villin-4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30160 结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但可封闭肌动蛋白丝正端并以钙依赖方式切断丝状结构。
Arabidopsis VILLIN4 is involved in root hair growth through regulating actin organization in a Ca2+-dependent manner.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03632.x
The universal bundling activity of AtVLN4 in diffusely growing cells.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16501

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os08g0240800 Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。 暂无已核实直接文献
Os06g0659300 Ca²⁺ 调节的肌动蛋白结合蛋白。 暂无已核实直接文献
Os04g0604000 Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。 暂无已核实直接文献
UniProt: B8ATT7 Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002956 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007015 actin filament organization 生物过程
GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程
GO:0048767 root hair elongation 生物过程
GO:0051014 actin filament severing 生物过程
GO:0051592 response to calcium ion 生物过程
GO:0051693 actin filament capping 生物过程
GO:0051764 actin crosslink formation 生物过程
GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0015629 actin cytoskeleton 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G30160
ath:AT5G57320
dosa:Os04g0604000
dosa:Os06g0659300
dosa:Os08g0240800
osa:4341731
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.733
排名 1 · TkA08G034610 · TK1151
细胞核0.200
排名 2 · TkA08G034610 · TK1151
细胞膜0.196
排名 3 · TkA08G034610 · TK1151
高尔基体0.075
排名 4 · TkA08G034610 · TK1151
内质网0.055
排名 5 · TkA08G034610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00626Gelsolin28-111 aa
PF25480DUF790433-113 aa
PF25466MPK1_gelsolin_C48-80 aa
PF00626Gelsolin149-217 aa
PF00626Gelsolin267-335 aa
PF25480DUF7904290-337 aa
PF25466MPK1_gelsolin_C291-318 aa
PF25480DUF7904395-486 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G034610PF00626Gelsolin281114.7e-64212.9
TkA08G034610PF25480DUF7904331131.3e-1351.3
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C48801.8e-0628.8
TkA08G034610PF00626Gelsolin1492174.7e-64212.9
TkA08G034610PF00626Gelsolin2673354.7e-64212.9
TkA08G034610PF25480DUF79042903371.3e-1351.3
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C2913181.8e-0628.8
TkA08G034610PF25480DUF79043954861.3e-1351.3
TkA08G034610PF00626Gelsolin4114794.7e-64212.9
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C4134651.8e-0628.8
TkA08G034610PF00626Gelsolin5365694.7e-64212.9
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C5545661.8e-0628.8
TkA08G034610PF25480DUF79045576051.3e-1351.3
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C5836031.8e-0628.8
TkA08G034610PF00626Gelsolin6387124.7e-64212.9
TkA08G034610PF25466MPK1_gelsolin_C6567141.8e-0628.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O65570拟南芥sp|O65570|VILI4_ARATH Villin-471.900%Swiss-Prot高置信
Q0J716水稻sp|Q0J716|VLN5_ORYSJ Villin-566.500%Swiss-Prot高置信
Q67U26水稻sp|Q67U26|VLN3_ORYSJ Villin-365.100%Swiss-Prot高置信
Q0JAD9水稻sp|Q0JAD9|VLN4_ORYSJ Villin-463.700%Swiss-Prot高置信
B8ATT7水稻sp|B8ATT7|VLN4_ORYSI Villin-463.700%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看