TkA07G410070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G410070

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 103552002-103559887 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4829 bp · TkA07G410070|TK1151|cDNA

AATTCCCATCTCTATAAATCCTCCATCTCCCCCTCCCTCCCCCTCTTCTTTCCCCACTTTGAAGCGCTTCACTGTGTGTTTTTAGGTGCATGTACACTCGGTACATGTAGAAAAATGGCAAAACCTCGTAAGCAAAAGAATGAAGAACAGAAAGCTGAGAATTCGGAAGCTGTGGTAAAACATCAGAAGCTATGCCTCTCAATCGACCTCGATAAGCGTCGAATCTACGGGTATACAGAGCTTGAAGTAATTGTACCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4248 bp · TkA07G410070|TK1151|CDS

AATTCCCATCTCTATAAATCCTCCATCTCCCCCTCCCTCCCCCTCTTCTTTCCCCACTTTGAAGCGCTTCACTGTGTGTTTTTAGGTGCATGTACACTCGGTACATGTAGAAAAATGGCAAAACCTCGTAAGCAAAAGAATGAAGAACAGAAAGCTGAGAATTCGGAAGCTGTGGTAAAACATCAGAAGCTATGCCTCTCAATCGACCTCGATAAGCGTCGAATCTACGGGTATACAGAGCTTGAAGTAATTGTACCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1415 aa · TkA07G410070|TK1151|PROTEIN

NSHLYKSSISPSLPLFFPHFEALHCVFLGACTLGTCRKMAKPRKQKNEEQKAENSEAVVKHQKLCLSIDLDKRRIYGYTELEVIVPENGIVGLHADNLMIENVLVDGGPARFEIFPHYQQMDSDDRWCSVSSANSAADAAGSVYVSCLERELVPNLLIMCSNEVIKQAPEQSEQTVHENGTQTQTQTPIESKQNVKLIHIDYWVEKIETGIHIDKDVMHTNNQIRRARCWFPCMDDSSQRCSFDLEFTVANNLVAASTGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G410070`
TK1151 ID	TkA07G410070
OH-1004 ID	LXL04_039887
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	69.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 4.382 / OH-1004 31.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G410070

位置 Chr07:103552002-103559887 (-)

描述 Similar to TMN1: Transmembrane 9 superfamily member 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73960`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039887 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0072657 protein localization to membrane 生物过程

GO:0000137 Golgi cis cisterna 细胞组分

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000421 autophagosome membrane 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005801 cis-Golgi network 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10950

hsa:10548

mmu:74140

pon:100173093

rno:361043

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.558

排名 1 · TkA07G410070 · TK1151

细胞质0.321

排名 2 · TkA07G410070 · TK1151

细胞膜0.136

排名 3 · TkA07G410070 · TK1151

内质网0.059

排名 4 · TkA07G410070 · TK1151

高尔基体0.053

排名 5 · TkA07G410070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10500SR-2540-55 aa

PF25316TAF2_3rd41-56 aa

PF17900Peptidase_M1_N60-110 aa

PF17900Peptidase_M1_N215-260 aa

PF01433Peptidase_M1331-508 aa

PF25316TAF2_3rd552-695 aa

PF13646HEAT_2697-760 aa

PF25577TPR_TAF2_C698-1026 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G410070	`PF10500`	SR-25	40	55	0.0097	16.2
TkA07G410070	`PF25316`	TAF2_3rd	41	56	2e-38	132.2
TkA07G410070	`PF17900`	Peptidase_M1_N	60	110	0.0071	17.2
TkA07G410070	`PF17900`	Peptidase_M1_N	215	260	0.0071	17.2
TkA07G410070	`PF01433`	Peptidase_M1	331	508	1.2e-07	32.3
TkA07G410070	`PF25316`	TAF2_3rd	552	695	2e-38	132.2
TkA07G410070	`PF13646`	HEAT_2	697	760	3.2e-05	24.8
TkA07G410070	`PF25577`	TPR_TAF2_C	698	1026	1.9e-42	146.1
TkA07G410070	`PF13646`	HEAT_2	807	830	3.2e-05	24.8
TkA07G410070	`PF13646`	HEAT_2	911	957	3.2e-05	24.8
TkA07G410070	`PF10500`	SR-25	1123	1153	0.0097	16.2
TkA07G410070	`PF25316`	TAF2_3rd	1132	1154	2e-38	132.2
TkA07G410070	`PF17900`	Peptidase_M1_N	1245	1282	0.0071	17.2
TkA07G410070	`PF25316`	TAF2_3rd	1259	1270	2e-38	132.2
TkA07G410070	`PF10500`	SR-25	1259	1371	0.0097	16.2
TkA07G410070	`PF25316`	TAF2_3rd	1297	1325	2e-38	132.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LPF0`	拟南芥	sp\|Q8LPF0\|TAF2_ARATH Transcription initiation factor TFIID subunit 2	58.300%	Swiss-Prot	高置信

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