TkA07G281390 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA07G281390

当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 70418752-70422758 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2195 bp · TkA07G281390|TK1151|cDNA

AAAAGACATTTCTGACGAAAACAAAATAATCCGCTAAAACATATAGCAGATGCGAGCGACGTCAAATTAATGGTCCATTTGCTCGTATCTTATGAGCCCTAACTTTACGCCAAATTCAAAATCCTTTCCTATTCTAGGTTTTCGATGTTCAGTTGGTTAGCTTTTGTATGCTAACATACAATTGCTTCACATAATTTCTTCCTAGGGTTTGGAGAAAACCCTAGATCGATTTCTTTTTTTCCCAGTAGTAATGGGTGCTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1533 bp · TkA07G281390|TK1151|CDS

ATGGGTGCTTTAACGGGTAATCGCAACAAGCGTGACGCAGAATTTCGATATTCATCACCATCCGGGGTCGATTATAATCCTCTTCACGTTGCGAAGAAACTCAAATCATCATCCTCGTCTTCGCCTCTCATTGCTCCAACGGAAACCTCAAGAAGGCTTAGACAATATCCTCCGCCAACCCCCATCGTCAGAGAAGTTCATGCTCCGTGTAGAATTTTTAGTGGATTTACTGGTAGCTCGAAAAGACTTATTGGCGGCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

510 aa · TkA07G281390|TK1151|PROTEIN

MGALTGNRNKRDAEFRYSSPSGVDYNPLHVAKKLKSSSSSSPLIAPTETSRRLRQYPPPTPIVREVHAPCRIFSGFTGSSKRLIGGYSGIVEQKSDFAGDNGRNDLDWKYNQAKKSAIGTCKFVVFEEEGEGEEEGEVEVIDVDNDETVKAVSRSSSVEEVEMVKDGIAHIHRSGEAQEIAAKYWELDQKTPSTSSEVVSELTNGKMLESLSMNRWSDAMDVDFGFPLHKKLLNQSAERDPKLRRIQFEIQLEEARRSRH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA07G281390`
TK1151 ID	TkA07G281390
OH-1004 ID	LXL04_029168
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA07G281390

位置 Chr07:70418752-70422758 (+)

描述 Similar to ESD4: Ubiquitin-like-specific protease ESD4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15880`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	A nuclear protease required for flowering-time regulation in Arabidopsis reduces the abundance of SMALL UBIQUITIN-RELATED MODIFIER conjugates.2003 · DOI: 10.1105/tpc.015487
`At4g00690`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	暂无已核实直接文献
`At3g06910`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029168 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0009911 positive regulation of flower development 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016485 protein processing 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0016926 protein desumoylation 生物过程

GO:0030111 regulation of Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0031397 negative regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0031648 protein destabilization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06910

ath:AT4G00690

ath:AT4G15880

hsa:59343

spo:2540734

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.887

排名 1 · TkA07G281390 · TK1151

细胞质0.184

排名 2 · TkA07G281390 · TK1151

细胞膜0.035

排名 3 · TkA07G281390 · TK1151

线粒体0.027

排名 4 · TkA07G281390 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA07G281390 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08640U3_assoc_6237-271 aa

PF13926DUF4211262-301 aa

PF18938aRib267-310 aa

PF02902Peptidase_C48323-504 aa

PF13926DUF4211409-460 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA07G281390	`PF08640`	U3_assoc_6	237	271	0.024	15.2
TkA07G281390	`PF13926`	DUF4211	262	301	0.13	13.2
TkA07G281390	`PF18938`	aRib	267	310	0.13	12.8
TkA07G281390	`PF02902`	Peptidase_C48	323	504	4.4e-43	148.4
TkA07G281390	`PF13926`	DUF4211	409	460	0.13	13.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F30`	拟南芥	sp\|Q94F30\|ESD4_ARATH Ubiquitin-like-specific protease ESD4	43.800%	Swiss-Prot	中等置信
`O65278`	拟南芥	sp\|O65278\|ULP1B_ARATH Putative ubiquitin-like-specific protease 1B	65.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q8GYL3`	拟南芥	sp\|Q8GYL3\|ULP1A_ARATH Ubiquitin-like-specific protease 1A	42.900%	Swiss-Prot	中等置信

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