RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA07G050860
当前版本: TK1151 染色体: Chr07 坐标: 13511529-13512753 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

553 bp · TkA07G050860|TK1151|cDNA

CCATAAAATCTCAAAACGGTGTATTTAATTCGATTACAGGTGTTAAGACATAATGGAATCAACAACGGAAATATCCAATCACAATGAAAACCCTCAAAACCCTCAAATAATTTACCGCTGTAAAAAATGTCGAAGAATTGTTGCTTCAAAAGACCAAATAATTCCACATGAGCCTGGAAATGGACAAAAATGCTTTAAATGGAAGAAAAGAACAGGGGATACAAATACAACAAACGAATGTTCTTCCATATTTGTAGAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · TkA07G050860|TK1151|CDS

ATGGAATCAACAACGGAAATATCCAATCACAATGAAAACCCTCAAAACCCTCAAATAATTTACCGCTGTAAAAAATGTCGAAGAATTGTTGCTTCAAAAGACCAAATAATTCCACATGAGCCTGGAAATGGACAAAAATGCTTTAAATGGAAGAAAAGAACAGGGGATACAAATACAACAAACGAATGTTCTTCCATATTTGTAGAGCCTATGAAATGGATGCAAGCAGTTGAAGATGGTAACGTGGAACAGAAGCTTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

127 aa · TkA07G050860|TK1151|PROTEIN

MESTTEISNHNENPQNPQIIYRCKKCRRIVASKDQIIPHEPGNGQKCFKWKKRTGDTNTTNECSSIFVEPMKWMQAVEDGNVEQKLQCIGCNARLGSFNWAGMQCNCGAWVNPAFQLHKSRVDECRV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA07G050860
TK1151 IDTkA07G050860
OH-1004 IDLXL04_027336
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)97.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA07G050860
位置Chr07:13511529-13512753 (+)
描述Similar to At4g18593: Probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g18593
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g18593 可能不活跃的双特异性蛋白磷酸酶样 At4g18593。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_027336 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程
GO:0016311 dephosphorylation 生物过程
GO:0023052 signaling 生物过程
GO:0036211 protein modification process 生物过程
GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程
GO:1903301 positive regulation of hexokinase activity 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity 分子功能
GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G18593
hsa:11266
mmu:80915
rno:64014
spo:2540146
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.542
排名 1 · TkA07G050860 · TK1151
细胞质0.463
排名 2 · TkA07G050860 · TK1151
细胞膜0.084
排名 3 · TkA07G050860 · TK1151
内质网0.058
排名 4 · TkA07G050860 · TK1151
高尔基体0.049
排名 5 · TkA07G050860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30462DUF861711-43 aa
PF23455DUF712919-35 aa
PF07754Ribosomal_aS2119-29 aa
PF03226Yippee-Mis1820-97 aa
PF24749DUF769520-34 aa
PF00130C1_121-30 aa
PF23455DUF712947-63 aa
PF00130C1_150-93 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA07G050860PF30462DUF861711430.05214.6
TkA07G050860PF23455DUF712919351.39.5
TkA07G050860PF07754Ribosomal_aS2119292.88.5
TkA07G050860PF03226Yippee-Mis1820970.004517.8
TkA07G050860PF24749DUF769520340.02315.0
TkA07G050860PF00130C1_121301.39.6
TkA07G050860PF23455DUF712947631.39.5
TkA07G050860PF00130C1_150931.39.6
TkA07G050860PF24749DUF769562680.02315.0
TkA07G050860PF00130C1_1801071.39.6
TkA07G050860PF30462DUF861782820.05214.6
TkA07G050860PF24749DUF7695851090.02315.0
TkA07G050860PF23455DUF7129881111.39.5
TkA07G050860PF07754Ribosomal_aS21881082.88.5
TkA07G050860PF30462DUF86171011120.05214.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q570P7拟南芥sp|Q570P7|DUSL1_ARATH Probable inactive dual specificity protein phosphatase-like At4g1859370.900%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看