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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G476020
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 117954076-117956135 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1490 bp · TkA06G476020|TK1151|cDNA

CCCTAGGATCTCTCTCTCTTAAAATTCAAGATTGCAAACTAACGAAAAATTGGAAAAGGAAGTGAAAGACCTAAGAAGAAAAGCACCTCTCTTTCCCTTTCCCTTTCCCTTTCCCTCCCCCTTCTCATCTTCGTGTTGAACCCGAAACAGGGGAGGAAAAAACGGATTTCGAACAAAAAGAGGCAAAAACCCTGACGAATTTCATGAAAAATTGATCATTTCCTCTGTAGATTTTGTTTCTTTTTCTTTAATTTGGAACC...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkA06G476020|TK1151|CDS

ATGGAATACGATAGCATTGAATGCGTTTCAACCTCCGATGGATTGGGCACCAAAGAGATCCCACATCATCACCATTTCACGTCATCCAAAACTCACAACGTCAATGTTATTCCTTCAAAGCTTCATCCCACCAGTGTCCATGAACTCCTTGAATGCCCCGTATGTACAAACTCAATGTACCCTCCGATTCACCAGTGTCACAATGGGCACACGCTTTGTTCGACATGTAAAACACTTGTGAACAACAAGTGTCCAACTTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

314 aa · TkA06G476020|TK1151|PROTEIN

MEYDSIECVSTSDGLGTKEIPHHHHFTSSKTHNVNVIPSKLHPTSVHELLECPVCTNSMYPPIHQCHNGHTLCSTCKTLVNNKCPTCRQELGDIRCLALEKVAESLEFPCKYFQLGCPEIFPYYTKLKHELICNLRPYSCPYAGSECSVVGDIPFLVTHLRDDHKVDMHSGCTFNHRYVKSNPREVENATWMLTVFNCFGQYFCLHFEAFQLSMAPVYMAFVRFMGDEQDARNYSYSLEVGGNGRKLIWEGTPRSIRDGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G476020
TK1151 IDTkA06G476020
OH-1004 IDLXL04_022568
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.408 / OH-1004 93.072
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G476020
位置Chr06:117954076-117956135 (-)
描述Similar to SINAT4: E3 ubiquitin-protein ligase SINAT4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g61790 E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267
At4g27880 E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267
At5g53360 E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。
SINAT5 promotes ubiquitin-related degradation of NAC1 to attenuate auxin signals.2002 · DOI: 10.1038/nature00998
SINAT E3 ligases regulate the stability of the ESCRT component FREE1 in response to iron deficiency in plants.2020 · DOI: 10.1111/jipb.13005
At3g58040 E3 泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
TRAF Family Proteins Regulate Autophagy Dynamics by Modulating AUTOPHAGY PROTEIN6 Stability in Arabidopsis.2017 · DOI: 10.1105/tpc.17.00056
SINAT E3 Ubiquitin Ligases Mediate FREE1 and VPS23A Degradation to Modulate Abscisic Acid Signaling.2020 · DOI: 10.1105/tpc.20.00267

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0356414 E3泛素蛋白连接酶，介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解。
The SINA E3 ligase OsDIS1 negatively regulates drought response in rice.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.180893
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022568 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0080148 negative regulation of response to water deprivation 生物过程
GO:2000785 regulation of autophagosome assembly 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005771 multivesicular body 细胞组分
GO:0005776 autophagosome 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0012505 endomembrane system 细胞组分
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G58040
ath:AT3G61790
ath:AT4G27880
ath:AT5G53360
dosa:Os03g0356414
osa:9266295
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583
排名 1 · TkA06G476020 · TK1151
细胞核0.431
排名 2 · TkA06G476020 · TK1151
细胞膜0.092
排名 3 · TkA06G476020 · TK1151
内质网0.063
排名 4 · TkA06G476020 · TK1151
线粒体0.058
排名 5 · TkA06G476020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24451DUF756742-84 aa
PF16866PHD_442-87 aa
PF21361Sina_ZnF46-69 aa
PF03966Trm112p46-57 aa
PF13923zf-C3HC4_251-87 aa
PF12773DZR51-67 aa
PF13639zf-RING_251-88 aa
PF21362Sina_RING52-87 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G476020PF24451DUF756742840.0614.0
TkA06G476020PF16866PHD_442870.3811.5
TkA06G476020PF21361Sina_ZnF46693.8e-29101.6
TkA06G476020PF03966Trm112p46571.49.6
TkA06G476020PF13923zf-C3HC4_251870.1312.8
TkA06G476020PF12773DZR51672.19.3
TkA06G476020PF13639zf-RING_251888.87.4
TkA06G476020PF21362Sina_RING52873.4e-1350.2
TkA06G476020PF12773DZR52902.19.3
TkA06G476020PF14570zf-RING_463900.8710.1
TkA06G476020PF03966Trm112p831341.49.6
TkA06G476020PF21361Sina_ZnF1011763.8e-29101.6
TkA06G476020PF13639zf-RING_21031138.87.4
TkA06G476020PF06905FAIM11632500.06913.6
TkA06G476020PF03145Sina_TRAF1962933.4e-36124.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q84JL3拟南芥sp|Q84JL3|SINA3_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT378.200%Swiss-Prot高置信
Q9STN8拟南芥sp|Q9STN8|SINA4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT475.800%Swiss-Prot高置信
Q8S3N1拟南芥sp|Q8S3N1|SINA5_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT578.100%Swiss-Prot高置信
Q9M2P4拟南芥sp|Q9M2P4|SINA2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase SINAT280.700%Swiss-Prot高置信
Q10L91水稻sp|Q10L91|DIS1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase DIS180.200%Swiss-Prot高置信

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