TkA06G425250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G425250

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 105172778-105174224 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1336 bp · TkA06G425250|TK1151|cDNA

CTGAATATAGCCGTTGCCCTATAATCTCCAACGGCTATCTCGCTAATAAATCCCCAATTTCAAACTTTCACTTCAAAAACCCAATCTTTCATCTGAAATCGAAAACACACAAACACCCACTTTCCATCTTTGTCGCATCAAACCCTGATTCTTACTATTTTCTAATCTCTTCTCTCCACCAATCTCACAAAAATGAATGATTTGATGACAAAATCCTTCACTAGCTACGTAGATCTGAAGAAATCATCGATGAAGGACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

954 bp · TkA06G425250|TK1151|CDS

ATGAATGATTTGATGACAAAATCCTTCACTAGCTACGTAGATCTGAAGAAATCATCGATGAAGGACATAGATCTGGAAGCTGGTCCAGAGCACGATCTCCAGATGCACACCATACAGCAACCAGATCACAACCTCACCTCCTTCCTCCATGAAGCCGAGCTCGTGAAACAAGAAATGAACTCAATCCGCGAAACTCTAGCTCAACTGCAATCAGCGAATCAGGAATCCAAAACGCTTCACAATCCAGATGCGTTGAAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

317 aa · TkA06G425250|TK1151|PROTEIN

MNDLMTKSFTSYVDLKKSSMKDIDLEAGPEHDLQMHTIQQPDHNLTSFLHEAELVKQEMNSIRETLAQLQSANQESKTLHNPDALKSIRRQINGDIVTVLKKAKTIKSRLEEMDRANAESRRLSGCKQGTPVDRTRTAVANGLRKKLKELVMDFQGLRQRMMTEYKETVGRRYFTVTGEQPNEEVIEKIISSGTDGQGGEEFLSRAIQEHGRGKVLETVVEIQDRHDAAKEIETSLLELHQVFLDMAVMVEAQGEKMDDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G425250`
TK1151 ID	TkA06G425250
OH-1004 ID	LXL04_022947
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G425250

位置 Chr06:105172778-105174224 (-)

描述 Similar to KN: Syntaxin-related protein KNOLLE

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08560`	参与细胞分裂。	暂无已核实直接文献
`At1g61290`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g11250`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g03330`	囊泡运输蛋白，在分泌途径中发挥作用（可能）。	Syntaxin of plant proteins SYP123 and SYP132 mediate root hair tip growth in Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu048

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0736500`	在分泌途径中起作用的囊泡运输蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_022947 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006906 vesicle fusion 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0048278 vesicle docking 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0061025 membrane fusion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009524 phragmoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08560

ath:AT1G11250

ath:AT1G61290

ath:AT4G03330

osa:107276918

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.635

排名 1 · TkA06G425250 · TK1151

细胞质0.256

排名 2 · TkA06G425250 · TK1151

溶酶体／液泡0.125

排名 3 · TkA06G425250 · TK1151

高尔基体0.107

排名 4 · TkA06G425250 · TK1151

内质网0.096

排名 5 · TkA06G425250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27017GOSR1_N28-75 aa

PF07565Band_3_cyto31-146 aa

PF27575Map3k7cl35-81 aa

PF00804Syntaxin42-195 aa

PF06419COG6_N46-81 aa

PF26206PTX3_N53-122 aa

PF08581Tup_N55-81 aa

PF00831Ribosomal_L2956-92 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G425250	`PF27017`	GOSR1_N	28	75	1.7	9.5
TkA06G425250	`PF07565`	Band_3_cyto	31	146	2.0	8.7
TkA06G425250	`PF27575`	Map3k7cl	35	81	2.7	9.1
TkA06G425250	`PF00804`	Syntaxin	42	195	1e-49	169.1
TkA06G425250	`PF06419`	COG6_N	46	81	0.72	10.7
TkA06G425250	`PF26206`	PTX3_N	53	122	0.21	13.3
TkA06G425250	`PF08581`	Tup_N	55	81	5.4	8.1
TkA06G425250	`PF00831`	Ribosomal_L29	56	92	0.17	12.6
TkA06G425250	`PF28690`	SPACA6_N	57	107	1.0	10.8
TkA06G425250	`PF00482`	T2SSF	58	72	0.0064	17.2
TkA06G425250	`PF05739`	SNARE	60	63	2.6e-25	88.8
TkA06G425250	`PF00482`	T2SSF	83	103	0.0064	17.2
TkA06G425250	`PF27017`	GOSR1_N	88	119	1.7	9.5
TkA06G425250	`PF05739`	SNARE	92	122	2.6e-25	88.8
TkA06G425250	`PF23024`	AMP-dom_DIP2-like	92	119	0.1	13.3
TkA06G425250	`PF27575`	Map3k7cl	92	123	2.7	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42374`	拟南芥	sp\|Q42374\|SY111_ARATH Syntaxin-related protein KNOLLE	69.000%	Swiss-Prot	高置信
`O64791`	拟南芥	sp\|O64791\|SY124_ARATH Syntaxin-124	49.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SXB0`	拟南芥	sp\|Q9SXB0\|SY125_ARATH Syntaxin-125	47.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZQZ8`	拟南芥	sp\|Q9ZQZ8\|SY123_ARATH Syntaxin-123	47.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q84R43`	水稻	sp\|Q84R43\|SY111_ORYSJ Syntaxin-111	60.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情