TkA06G306100 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G306100

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 76875928-76876503 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

576 bp · TkA06G306100|TK1151|cDNA

GCTAGCTCAGGATTGGCCAAAGAGAAAGCCTGCATTACGCTTAAAGCATTAACCCTCTCCAAAGAAAACGCAAGAGCAATTTGTTTAAGAGGTGGGATTTCATCGCTATTAGATATTTGCCAGTCGGGCACTCCAAGCTCACAAGCATTCGCCGCCGGCGTACTCCGTAATATAACCATCTTCTCCGACTGCAGAGACGATTTCATCGAAGAACACGCAATTTCTGTACTTCTAACAGTCGCTAGCTCAGGAACCGCATT...

CDS

下载 CDS FASTA

576 bp · TkA06G306100|TK1151|CDS

GCTAGCTCAGGATTGGCCAAAGAGAAAGCCTGCATTACGCTTAAAGCATTAACCCTCTCCAAAGAAAACGCAAGAGCAATTTGTTTAAGAGGTGGGATTTCATCGCTATTAGATATTTGCCAGTCGGGCACTCCAAGCTCACAAGCATTCGCCGCCGGCGTACTCCGTAATATAACCATCTTCTCCGACTGCAGAGACGATTTCATCGAAGAACACGCAATTTCTGTACTTCTAACAGTCGCTAGCTCAGGAACCGCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

191 aa · TkA06G306100|TK1151|PROTEIN

ASSGLAKEKACITLKALTLSKENARAICLRGGISSLLDICQSGTPSSQAFAAGVLRNITIFSDCRDDFIEEHAISVLLTVASSGTALAQEHSISCLSNLVREDDDLKLLIARKGGIDSLKSFWDSTPVVRSLEVAVEFLSNLASDQRLVELITTNDFLNRLMVVLNCGVLGVRIHAAEAIYKRKPALRFKE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G306100`
TK1151 ID	TkA06G306100
OH-1004 ID	LXL04_031964
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.241 / OH-1004 32.609 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA06G306100`
位置	Chr06:76875928-76876503 (+)
描述	Similar to PUB10: U-box domain-containing protein 10
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031964` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程 GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031648 protein destabilization 生物过程 GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0048364 root development 生物过程 GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程 GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程 GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程 GO:0071562 nucleus-vacuole junction assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ago:AGOS_AEL048W ath:AT1G23030 ath:AT1G71020 ath:AT2G23140 ath:AT3G46510 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.589

排名 1 · TkA06G306100 · TK1151

细胞核0.389

排名 2 · TkA06G306100 · TK1151

细胞膜0.074

排名 3 · TkA06G306100 · TK1151

线粒体0.052

排名 4 · TkA06G306100 · TK1151

高尔基体0.048

排名 5 · TkA06G306100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24768ARM_ARMC510-149 aa

PF25571TPR_CCP1_N13-85 aa

PF00514Arm31-59 aa

PF25598ARM_PUB32-74 aa

PF00514Arm62-100 aa

PF25598ARM_PUB82-178 aa

PF00514Arm104-144 aa

PF25571TPR_CCP1_N131-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G306100	`PF24768`	ARM_ARMC5	10	149	1.5e-05	25.2
TkA06G306100	`PF25571`	TPR_CCP1_N	13	85	0.13	12.0
TkA06G306100	`PF00514`	Arm	31	59	1e-06	29.3
TkA06G306100	`PF25598`	ARM_PUB	32	74	0.00095	19.4
TkA06G306100	`PF00514`	Arm	62	100	1e-06	29.3
TkA06G306100	`PF25598`	ARM_PUB	82	178	0.00095	19.4
TkA06G306100	`PF00514`	Arm	104	144	1e-06	29.3
TkA06G306100	`PF25571`	TPR_CCP1_N	131	164	0.13	12.0
TkA06G306100	`PF00514`	Arm	147	156	1e-06	29.3
TkA06G306100	`PF00514`	Arm	160	179	1e-06	29.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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