RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA06G031880
当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 8658842-8664022 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3325 bp · TkA06G031880|TK1151|cDNA

CCTCATAGAATTCCTCAGCTGTCCTCCCTGTCCACAGATGTTCACAGAAACAAGCCCTAATTTCCCTCCTTTCTGTCTCAAAAGCAATGAATAAGCTCTCTCTAGAATGCTGTCATAGTTTCTTTCAGTAAAAAGGAACTGTTTTGGTTCATCGATGCAAAATTGTGCTAGATTTCTAGGGTTTTAAGGTCATTGAAAAATCCCTTCAAAGTTGTAGCATTTTCTACTTCAACTTCTGTAGGGTTTGGGTCTTTTGTGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2625 bp · TkA06G031880|TK1151|CDS

ATGGTGACGACAGATGTTGAGCTGCAGCTAACGCAACAGCTCAAGGAGGCAGGGAAGCAGCTTTCACTGCCCCCGACTTCCGATGATGAACTTCTCCATGTTCTTGATCAAACGGAAAAACTTCTATCAATGGTGGATCAATCACCCAATGATTTAATGAAAGAAGTACTAAATCCATTAACGAAAGTCTTGGTTGATAAAAGTCTTCTAGAACATTCAAACATTGATGTGAAAGTTGCAGTTGCTTCATGCCTCAGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

874 aa · TkA06G031880|TK1151|PROTEIN

MVTTDVELQLTQQLKEAGKQLSLPPTSDDELLHVLDQTEKLLSMVDQSPNDLMKEVLNPLTKVLVDKSLLEHSNIDVKVAVASCLSEMTRITAPEAPYGDEELKDVFQLIVSTFEDLSDKSSKSYGKRISILETVCKVRSCVIMLDLECEELIVEMFDHFLKSIREHHPEIVFSSMVDIMYLIFEESEDISVNMLKPLLFSIKNDNERVVPVARKLGEKVLQKTRDILKPFLIKTISILGDSLDNYSPVLAAICEGTAVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA06G031880
TK1151 IDTkA06G031880
OH-1004 IDLXL04_026012
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)96.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.886 / OH-1004 99.884
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA06G031880
位置Chr06:8658842-8664022 (-)
描述Similar to PDS5A: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g31880 Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。
Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
At1g80810 Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。 暂无已核实直接文献
At1g15940 Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。
Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
At5g47690 Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。
Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
At1g77600 Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。
Leaf phenomics: a systematic reverse genetic screen for Arabidopsis leaf mutants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12595
Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026012 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006310 DNA recombination 生物过程
GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程
GO:0009556 microsporogenesis 生物过程
GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程
GO:0035825 homologous recombination 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005874 microtubule 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15940
ath:AT1G80810
ath:AT4G31880
ath:AT5G47690
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.960
排名 1 · TkA06G031880 · TK1151
细胞质0.118
排名 2 · TkA06G031880 · TK1151
细胞膜0.020
排名 3 · TkA06G031880 · TK1151
线粒体0.014
排名 4 · TkA06G031880 · TK1151
内质网0.009
排名 5 · TkA06G031880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168PDS529-233 aa
PF06847Arc_PepC_II284-326 aa
PF22038PRC2_EED_ins434-471 aa
PF22038PRC2_EED_ins582-619 aa
PF09465LBR_tudor738-782 aa
PF21743PTM_DIR17_Tudor739-781 aa
PF06847Arc_PepC_II780-828 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA06G031880PF20168PDS5292331.1e-51176.4
TkA06G031880PF06847Arc_PepC_II2843262.19.7
TkA06G031880PF22038PRC2_EED_ins4344710.3311.7
TkA06G031880PF22038PRC2_EED_ins5826190.3311.7
TkA06G031880PF09465LBR_tudor7387820.1312.8
TkA06G031880PF21743PTM_DIR17_Tudor7397810.0002321.6
TkA06G031880PF06847Arc_PepC_II7808282.19.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GUP3拟南芥sp|Q8GUP3|PDS5C_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog C55.700%Swiss-Prot低置信
A8MRD9拟南芥sp|A8MRD9|PDS5D_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog D47.000%Swiss-Prot低置信
Q9S9P0拟南芥sp|Q9S9P0|PDS5E_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog E45.000%Swiss-Prot低置信
B6EUB3拟南芥sp|B6EUB3|PDS5A_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A46.700%Swiss-Prot低置信
F4I735拟南芥sp|F4I735|PDS5B_ARATH Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B29.700%Swiss-Prot低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看