TkA06G011860 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA06G011860

当前版本: TK1151 染色体: Chr06 坐标: 3116289-3118928 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2138 bp · TkA06G011860|TK1151|cDNA

GCTTTCTGACAAAAATCGGAAGTATATATAATAATATTATTATTATCTTTTTAAAAAAAATAATACTTCCAACTTCTCCCCATGTCTATATAAATACTTGTCTTCCTCCTCGTTGGGTTCTCAAATACATTCCAGCATTTGCTTCTCTCACACACATTCATCTCCCTAATTCTCTCTCACTCAATTCAAACCATGTGGTCTCTCTCCATTGCCGCCATGGTTGTGGTGGCGGTTTCTCATTGGCTCTACAGATGGTGGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · TkA06G011860|TK1151|CDS

ATGTATAAGTATCTTAAGAACATGGTGTTATATTTATTTGGCCCTGAAAGTCTTAAAAAGATGCTTCATGAAGTTGAACACGTGGCAACTTTAAATTTCGAAAAATGGGCTGGCCAGGACGAGGTGGACTTAAAAGAAGCAACCGCAAATATGATATTTGATCTGACTGCAAAAAAGTTGATAAGTTATGACCCGGAGACGTCGTCTGAGAATCTGAGGGAGAGTTTTGTAGCATTTATACAGGGATTAATTTCTTTCCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

363 aa · TkA06G011860|TK1151|PROTEIN

MYKYLKNMVLYLFGPESLKKMLHEVEHVATLNFEKWAGQDEVDLKEATANMIFDLTAKKLISYDPETSSENLRESFVAFIQGLISFPLDIPGTAYHKCLEGRKKAMRMLKNMLQERRSKPRKVKSDFFDYVLEELERGDTILTEAIALDLMFVLLFASFETTSLAITVAVKLLKENPRVLQTLTEEHESILRNRENTERGLTWKEYKSMTYTFQVINETVRLANIVPGVFRKALKDIKFKDYTIPAGWAVMVCPPAVHLN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA06G011860`
TK1151 ID	TkA06G011860
OH-1004 ID	LXL04_026480
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 75.153 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA06G011860

位置 Chr06:3116289-3118928 (-)

描述 Similar to CYP87A3: Cytochrome P450 87A3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g48000`	将硫磺醇酸羟基化为硫磺二醇。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0570000`	细胞色素P450 87A3。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_026480 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006694 steroid biosynthetic process 生物过程

GO:0008203 cholesterol metabolic process 生物过程

GO:0010268 brassinosteroid homeostasis 生物过程

GO:0016125 sterol metabolic process 生物过程

GO:0016132 brassinosteroid biosynthetic process 生物过程

GO:0016135 saponin biosynthetic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0080003 thalianol metabolic process 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0030659 cytoplasmic vesicle membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:AEM42986

ag:AHF22090

ath:AT5G48000

dosa:Os04g0570000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.902

排名 1 · TkA06G011860 · TK1151

细胞质0.056

排名 2 · TkA06G011860 · TK1151

细胞核0.036

排名 3 · TkA06G011860 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA06G011860 · TK1151

线粒体0.030

排名 5 · TkA06G011860 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF30757CCDC12522-34 aa

PF00067p45030-330 aa

PF25744T4_Y13H93-104 aa

PF30757CCDC12594-123 aa

PF25744T4_Y13H156-179 aa

PF30757CCDC125169-210 aa

PF25744T4_Y13H249-262 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA06G011860	`PF30757`	CCDC125	22	34	0.063	14.0
TkA06G011860	`PF00067`	p450	30	330	2.3e-56	192.2
TkA06G011860	`PF25744`	T4_Y13H	93	104	0.28	11.8
TkA06G011860	`PF30757`	CCDC125	94	123	0.063	14.0
TkA06G011860	`PF25744`	T4_Y13H	156	179	0.28	11.8
TkA06G011860	`PF30757`	CCDC125	169	210	0.063	14.0
TkA06G011860	`PF25744`	T4_Y13H	249	262	0.28	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7D5`	拟南芥	sp\|Q8L7D5\|THAH_ARATH Cytochrome P450 708A2	39.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q7XU38`	水稻	sp\|Q7XU38\|C87A3_ORYSJ Cytochrome P450 87A3	63.100%	Swiss-Prot	高置信

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