TkA05G439740 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G439740

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 109830473-109839210 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5550 bp · TkA05G439740|TK1151|cDNA

ATGGAGGTTAGTCCAATCCTTCTACTATTCTCCGCTACAGTATTTTTATTCTTTTCAAGCTCTGCTGCAGTAGACACCATATCAGCAAATCAACGAATCAAAGACGGCGAAACCATCGTCTCCGATGGTAATATGTATGAACTCGGGTTTTTCACCCCCGGAAACTCCAAGAATCGCTACGTGGGGATTTGGTACAAGCAAATATCAACCTGCACGGTTGTGTGGGTCGCTAACAGAGAGACGCCAATCAACGATACATC...

CDS

下载 CDS FASTA

5550 bp · TkA05G439740|TK1151|CDS

ATGGAGGTTAGTCCAATCCTTCTACTATTCTCCGCTACAGTATTTTTATTCTTTTCAAGCTCTGCTGCAGTAGACACCATATCAGCAAATCAACGAATCAAAGACGGCGAAACCATCGTCTCCGATGGTAATATGTATGAACTCGGGTTTTTCACCCCCGGAAACTCCAAGAATCGCTACGTGGGGATTTGGTACAAGCAAATATCAACCTGCACGGTTGTGTGGGTCGCTAACAGAGAGACGCCAATCAACGATACATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1849 aa · TkA05G439740|TK1151|PROTEIN

MEVSPILLLFSATVFLFFSSSAAVDTISANQRIKDGETIVSDGNMYELGFFTPGNSKNRYVGIWYKQISTCTVVWVANRETPINDTSGEFTVTKEGNLLIHSHVWDESSTKESPIWESFDYPGNTLLTGMKLGMDLITGRERYLTSWKTPDDPSIGLYKAWVDTRGYPQVFESQGQVDYSRLGPWNGIGYRGFHVENTNPIYFVEFVVNEKEVYYRYKLNTSSLQRMVVMPDGIHCMKGFEPKVPKEWEAGDWSSGCQRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G439740`
TK1151 ID	TkA05G439740
OH-1004 ID	LXL04_016743
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	43.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 62.412 / OH-1004 88.912 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G439740

位置 Chr05:109830473-109839210 (+)

描述 Similar to RE1: Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27290`	G型凝集素 S-受体样丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 At4g27290。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g21380`	参与细胞扩张和分化的调节。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016743 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.519

排名 1 · TkA05G439740 · TK1151

细胞核0.280

排名 2 · TkA05G439740 · TK1151

内质网0.136

排名 3 · TkA05G439740 · TK1151

细胞膜0.098

排名 4 · TkA05G439740 · TK1151

线粒体0.052

排名 5 · TkA05G439740 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01453B_lectin72-107 aa

PF01453B_lectin107-148 aa

PF00954S_locus_glycop181-240 aa

PF05545FixQ342-367 aa

PF14244Retrotran_gag_3539-587 aa

PF14223Retrotran_gag_2569-743 aa

PF30379SLU7_N784-799 aa

PF22936Pol_BBD894-969 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G439740	`PF01453`	B_lectin	72	107	2e-20	73.9
TkA05G439740	`PF01453`	B_lectin	107	148	2e-20	73.9
TkA05G439740	`PF00954`	S_locus_glycop	181	240	0.00054	21.2
TkA05G439740	`PF05545`	FixQ	342	367	0.32	11.7
TkA05G439740	`PF14244`	Retrotran_gag_3	539	587	3.9e-15	56.1
TkA05G439740	`PF14223`	Retrotran_gag_2	569	743	7.9e-06	26.5
TkA05G439740	`PF30379`	SLU7_N	784	799	0.63	10.3
TkA05G439740	`PF22936`	Pol_BBD	894	969	4.3e-09	37.3
TkA05G439740	`PF13976`	gag_pre-integrs	1001	1066	4.2e-07	30.4
TkA05G439740	`PF00665`	rve	1084	1180	4.6e-12	46.8
TkA05G439740	`PF29688`	TnsB_C	1141	1193	0.0013	19.2
TkA05G439740	`PF11883`	DUF3403	1286	1300	0.0035	18.1
TkA05G439740	`PF07727`	RVT_2	1417	1525	2.9e-37	129.3
TkA05G439740	`PF08847`	Crr6	1439	1470	0.16	12.4
TkA05G439740	`PF07727`	RVT_2	1530	1570	2.9e-37	129.3
TkA05G439740	`PF30379`	SLU7_N	1591	1600	0.63	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94HW2`	拟南芥	sp\|Q94HW2\|POLR1_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	34.900%	Swiss-Prot	低置信
`O81832`	拟南芥	sp\|O81832\|Y4729_ARATH G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase At4g27290	42.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZT94`	拟南芥	sp\|Q9ZT94\|POLR2_ARATH Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	33.700%	Swiss-Prot	低置信
`O81905`	拟南芥	sp\|O81905\|SD18_ARATH Receptor-like serine/threonine-protein kinase SD1-8	32.300%	Swiss-Prot	低置信

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