RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA05G291660
当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 72023648-72031462 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4762 bp · TkA05G291660|TK1151|cDNA

CATAGGATATGGAATCTTTGATAGGGATGTTTGTATCATTATAATACGCACATAAGTTAATTTTCTCTATATATATAGCAGAAGAAGGATCAAGACAATTCAAGTAATCACTGTATTGCATCAGCCAACCTCCACTCACCAACCCCCTCCGTCTGAAGAATCGACACGTGAGTCGCTCACCTTTACAGATCCGCATTTCTTAAACTCATCCAATCTTGGATATACATTACCCACTCAATATTTCCACCTCCCTTGTATTT...

CDS

下载 CDS FASTA

4362 bp · TkA05G291660|TK1151|CDS

ATGTGGGGTTTTTGTTCTTCAATCGATTTTAGTTTTAGTTTCGAGGTTTTCGAATCTGCGTCAATGGCGGCTATTTTGAATATAGGCAATGTGTGCTTCTTCTTGTGGTTATTCATCTGGGGTTTCGCAGCTATTTTAAAGCAGAGACGAGGCGAAACAACAACATTCCCGATGAATTCCTCACGCTCTTCGATGATTACAGTCGTCTCCACCTTCCCAATCATGATTTCTCATATCGGTTTCTGTGTGTACAAGTTCAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1453 aa · TkA05G291660|TK1151|PROTEIN

MWGFCSSIDFSFSFEVFESASMAAILNIGNVCFFLWLFIWGFAAILKQRRGETTTFPMNSSRSSMITVVSTFPIMISHIGFCVYKFIKHDVVPLDSIVLALTWCLASVVTVYSFFHRRKWPLVLVLFWCLSTIHYFVSVAFILINYFTSKDMHILLSTSNLIHMTTLPFSIILLFNGVTFCCIANKHKELEIDEPLLQQTSERSTSAFTNSGIWNRVTFNWLNPLFELGRIQKLEFHHVPSIPESETAEEAAYLLEESLH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA05G291660
TK1151 IDTkA05G291660
OH-1004 IDLXL04_020693
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA05G291660
位置Chr05:72023648-72031462 (-)
描述Similar to ABCC3: ABC transporter C family member 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g13080 谷胱甘肽 S-结合物泵。
An ABC-transporter of Arabidopsis thaliana has both glutathione-conjugate and chlorophyll catabolite transport activity.1998 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.1998.00076.x
At1g04120 谷胱甘肽 S-结合物泵。
The Arabidopsis thaliana ABC transporter AtMRP5 controls root development and stomata movement.2001 · DOI: 10.1093/emboj/20.8.1875
The plant multidrug resistance ABC transporter AtMRP5 is involved in guard cell hormonal signalling and water use.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.016012.x
Binding of sulfonylurea by AtMRP5, an Arabidopsis multidrug resistance-related protein that functions in salt tolerance.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.027045
The Arabidopsis ATP-binding cassette protein AtMRP5/AtABCC5 is a high affinity inositol hexakisphosphate transporter involved in guard cell signaling and phytate storage.2009 · DOI: 10.1074/jbc.m109.030247
At3g13090 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献
At3g13100 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献
At3g60160 谷胱甘肽 S-结合物泵。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020693 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009624 response to nematode 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程
GO:0051707 response to other organism 生物过程
GO:0055085 transmembrane transport 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分
GO:0009506 plasmodesma 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016020 membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G04120
ath:AT3G13080
ath:AT3G13090
ath:AT3G13100
ath:AT3G60160
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.353
排名 1 · TkA05G291660 · TK1151
溶酶体／液泡0.321
排名 2 · TkA05G291660 · TK1151
细胞质0.169
排名 3 · TkA05G291660 · TK1151
内质网0.158
排名 4 · TkA05G291660 · TK1151
高尔基体0.102
排名 5 · TkA05G291660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664ABC_membrane283-550 aa
PF02463SMC_N569-791 aa
PF13481AAA_25601-645 aa
PF13555AAA_29619-642 aa
PF00005ABC_tran620-750 aa
PF12775AAA_7622-649 aa
PF00006ATP-synt_ab622-647 aa
PF03193RsgA_GTPase626-648 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA05G291660PF00664ABC_membrane2835501.8e-49169.6
TkA05G291660PF02463SMC_N5697913.7e-0937.0
TkA05G291660PF13481AAA_256016450.02415.0
TkA05G291660PF13555AAA_296196429e-0626.1
TkA05G291660PF00005ABC_tran6207502e-45155.5
TkA05G291660PF12775AAA_76226490.1212.7
TkA05G291660PF00006ATP-synt_ab6226470.2711.6
TkA05G291660PF03193RsgA_GTPase6266480.0009319.8
TkA05G291660PF03308MeaB6266591.28.8
TkA05G291660PF01926MMR_HSR16276531.8e-0525.6
TkA05G291660PF05673DUF8156276480.1511.9
TkA05G291660PF10662PduV-EutP6276440.311.6
TkA05G291660PF13401AAA_226286730.0001522.8
TkA05G291660PF00931NB-ARC6286540.0009119.5
TkA05G291660PF00350Dynamin_N6286480.002818.4
TkA05G291660PF13191AAA_166286580.004218.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LK64拟南芥sp|Q9LK64|AB3C_ARATH ABC transporter C family member 350.700%Swiss-Prot高置信
Q7GB25拟南芥sp|Q7GB25|AB5C_ARATH ABC transporter C family member 547.000%Swiss-Prot中等置信
Q8VZZ4拟南芥sp|Q8VZZ4|AB6C_ARATH ABC transporter C family member 647.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LK62拟南芥sp|Q9LK62|AB7C_ARATH ABC transporter C family member 745.600%Swiss-Prot中等置信
Q9M1C7拟南芥sp|Q9M1C7|AB9C_ARATH ABC transporter C family member 947.100%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看