TkA05G056250 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G056250

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 14957874-14959111 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1156 bp · TkA05G056250|TK1151|cDNA

TTTTTCTTATATCTATCAAAACCATGTCTTCCGCAAAGACTTGTTTGCTTTTAATCTTCTTCTCGGCTACTTTGGTTTCACACACTACATCTCGGTTGCTCCCTGAAACTTCAAGCTATGAGAGCCACGAACAATGGATGGCTCGTTATGGACGCGTGTACAAGGATGCTGATGAGAAAGAACAACGCTCAAAGATTTTTCAAGAGAATGTTCGGTACATAGAGTCATCCAACAGTGTGATGAACAAAGGTTACACACTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1014 bp · TkA05G056250|TK1151|CDS

ATGTCTTCCGCAAAGACTTGTTTGCTTTTAATCTTCTTCTCGGCTACTTTGGTTTCACACACTACATCTCGGTTGCTCCCTGAAACTTCAAGCTATGAGAGCCACGAACAATGGATGGCTCGTTATGGACGCGTGTACAAGGATGCTGATGAGAAAGAACAACGCTCAAAGATTTTTCAAGAGAATGTTCGGTACATAGAGTCATCCAACAGTGTGATGAACAAAGGTTACACACTTGCAGTCAATGCGTTTGCAGACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

337 aa · TkA05G056250|TK1151|PROTEIN

MSSAKTCLLLIFFSATLVSHTTSRLLPETSSYESHEQWMARYGRVYKDADEKEQRSKIFQENVRYIESSNSVMNKGYTLAVNAFADLTNEEFTSTRNRFKAHACSSSTSAFRYENVTAVPSSIDWRKKGAVTPIKDQGQCGCCWAFSAVAAMEGITQLKTGKLVSLSEQELVDCDTSGQDQGCEGGLMDDAFDFILNNKGLTTESNYPYKGVDGTCNSNQESNHAAAITGHEDVPANSETALLKAVASQPISVAIDASGS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G056250`
TK1151 ID	TkA05G056250
OH-1004 ID	LXL04_019493
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G056250

位置 Chr05:14957874-14959111 (-)

描述 Similar to OsI_14861: Senescence-specific cysteine protease SAG39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g45890`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	Identification of a promoter region responsible for the senescence-specific expression of SAG12.1999 · DOI: 10.1023/a:1006342412688 HDA6 is required for jasmonate response, senescence and flowering in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/jxb/erm300 Natural developmental variations in leaf and plant senescence in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1438-8677.2008.00108.x Epigenetic programming via histone methylation at WRKY53 controls leaf senescence in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03782.x Nitric oxide is involved in cadmium-induced programmed cell death in Arabidopsis suspension cultures.2009 · DOI: 10.1104/pp.108.133397

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XQE8`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	暂无已核实直接文献
`Os04g0206300`	半胱氨酸蛋白酶，可能在细胞凋亡、重金属解毒及超敏反应期间参与发育性衰老相关的细胞死亡。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019493 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009749 response to glucose 生物过程

GO:0009750 response to fructose 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G45890

ath:AT5G50260

osa:107276017

rcu:8278243

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.583

排名 1 · TkA05G056250 · TK1151

细胞外0.241

排名 2 · TkA05G056250 · TK1151

细胞质0.201

排名 3 · TkA05G056250 · TK1151

内质网0.112

排名 4 · TkA05G056250 · TK1151

细胞膜0.096

排名 5 · TkA05G056250 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08246Inhibitor_I2935-92 aa

PF00112Peptidase_C1119-336 aa

PF03051Peptidase_C1_2132-153 aa

PF18978DUF5714132-184 aa

PF18978DUF5714270-283 aa

PF03051Peptidase_C1_2277-317 aa

PF18978DUF5714315-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G056250	`PF08246`	Inhibitor_I29	35	92	7.1e-19	68.6
TkA05G056250	`PF00112`	Peptidase_C1	119	336	2.7e-85	286.6
TkA05G056250	`PF03051`	Peptidase_C1_2	132	153	3.6e-05	23.5
TkA05G056250	`PF18978`	DUF5714	132	184	0.14	12.4
TkA05G056250	`PF18978`	DUF5714	270	283	0.14	12.4
TkA05G056250	`PF03051`	Peptidase_C1_2	277	317	3.6e-05	23.5
TkA05G056250	`PF18978`	DUF5714	315	328	0.14	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJ47`	拟南芥	sp\|Q9FJ47\|SAG12_ARATH Senescence-specific cysteine protease SAG12	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`A2XQE8`	水稻	sp\|A2XQE8\|SAG39_ORYSI Senescence-specific cysteine protease SAG39	62.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XWK5`	水稻	sp\|Q7XWK5\|SAG39_ORYSJ Senescence-specific cysteine protease SAG39	62.400%	Swiss-Prot	高置信

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