TkA05G044770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G044770

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 11845081-11848126 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

728 bp · TkA05G044770|TK1151|cDNA

ATGGGATTCCGATCTGTCTTCTTCGCTCGATCTGTCTCTTTCAACGACTGGTTCGAACTTTGCAGCCTCTTTCCTCTTTCATCTCGGATTTCAGATCTCAAGCTTCCGATTTTAAGCAGTTATAGTTCCGATTTGTTTGTGATTCTATTTGGATACAACGGATCACAGTTATGGGATGTTGTTTTCTCTGTTCAAGCAATAGTAGCAACCAATCTTGTTGATGAATACAGATCCATGCTTCATAAAGCACACGACTTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

576 bp · TkA05G044770|TK1151|CDS

ATGGGATTCCGATCTGTCTTCTTCGCTCGATCTGTCTCTTTCAACGACTGGTTCGAACTTTGCAGCCTCTTTCCTCTTTCATCTCGGATTTCAGATCTCAAGCTTCCGATTTTAAGCAGTTATAGTTCCGATTTGTTTGTGATTCTATTTGGATACAACGGATCACAGTTATGGGATGTTGTTTTCTCTGTTCAAGCAATAGTAGCAACCAATCTTGTTGATGAATACAGATCCATGCTTCATAAAGCACACGACTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

191 aa · TkA05G044770|TK1151|PROTEIN

MGFRSVFFARSVSFNDWFELCSLFPLSSRISDLKLPILSSYSSDLFVILFGYNGSQLWDVVFSVQAIVATNLVDEYRSMLHKAHDFIKNSQVKKNSSGNIQSWYRHISRGGWPFSTPDNGWPVSDCTAEALKTVLMLSQMPHDIVGEAIARECLYDAVYLLLTLQAAFNLLIDLNMAKLIKAFDRGSWKKD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G044770`
TK1151 ID	TkA05G044770
OH-1004 ID	LXL04_019343
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G044770

位置 Chr05:11845081-11848126 (+)

描述 Similar to CPR: Probable oxidosqualene cyclase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g07050`	将氧化角鲨烯转化为环木菠萝烯醇和 1% 帕克酚。	Allelic mutant series reveal distinct functions for Arabidopsis cycloartenol synthase 1 in cell viability and plastid biogenesis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0712190105 Isolation of an Arabidopsis thaliana gene encoding cycloartenol synthase by functional expression in a yeast mutant lacking lanosterol synthase by the use of a chromatographic screen.1993 · DOI: 10.1073/pnas.90.24.11628

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019343 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010686 tetracyclic triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0016104 triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0019745 pentacyclic triterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005811 lipid droplet 细胞组分

GO:0016871 cycloartenol synthase activity 分子功能

GO:0031559 oxidosqualene cyclase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G07050

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.345

排名 1 · TkA05G044770 · TK1151

细胞质0.285

排名 2 · TkA05G044770 · TK1151

线粒体0.174

排名 3 · TkA05G044770 · TK1151

细胞核0.136

排名 4 · TkA05G044770 · TK1151

内质网0.070

排名 5 · TkA05G044770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13243SQHop_cyclase_C55-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G044770	`PF13243`	SQHop_cyclase_C	55	151	8.4e-06	25.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P38605`	拟南芥	sp\|P38605\|CAS1_ARATH Cycloartenol synthase	60.700%	Swiss-Prot	中等置信

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