TkA05G043780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G043780

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 11617716-11622217 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1624 bp · TkA05G043780|TK1151|cDNA

GGGGACAGATCAACATTCAAAGCGGAACCCCAACGTAATCGCCCGCCCGGTGACACCCTCCGAAATCGGAGAAGCAAAACCCTACGTGAAACCATGTATGGGGGAGACGAAGTATCGGCGATAGTTGTAGACTTGGGTTCGCATACATGTAAAGCTGGTTACGCTGGTGAAGATGCTCCCAAGGCTGTGTTTCCTTCTGTCATTGGAGCAATTGATCAAATGGAAGTTGATGAGACTGATAACCCAGAGAAGAATAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1389 bp · TkA05G043780|TK1151|CDS

GGGGACAGATCAACATTCAAAGCGGAACCCCAACGTAATCGCCCGCCCGGTGACACCCTCCGAAATCGGAGAAGCAAAACCCTACGTGAAACCATGTATGGGGGAGACGAAGTATCGGCGATAGTTGTAGACTTGGGTTCGCATACATGTAAAGCTGGTTACGCTGGTGAAGATGCTCCCAAGGCTGTGTTTCCTTCTGTCATTGGAGCAATTGATCAAATGGAAGTTGATGAGACTGATAACCCAGAGAAGAATAGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

462 aa · TkA05G043780|TK1151|PROTEIN

GDRSTFKAEPQRNRPPGDTLRNRRSKTLRETMYGGDEVSAIVVDLGSHTCKAGYAGEDAPKAVFPSVIGAIDQMEVDETDNPEKNSEPKSKGKRKLYVGSSAMGYRRDHMEVLPSIKDGIVTDWDIVESIWDHAFKECLLVDPKEHPMLLAEPSSNTQQQREKAAELMFEKYQAPALFLAKNAVLTSFASGRATSLVVDSGGGSTIVAPVHDGYVLQKAVSSSPIGGELLTDCLMKSLESKGVKIRPRYSFKRKEVRPGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G043780`
TK1151 ID	TkA05G043780
OH-1004 ID	LXL04_019336
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.145 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G043780

位置 Chr05:11617716-11622217 (-)

描述 Similar to ARP4: Actin-related protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g18450`	参与多个发育过程，包括植物器官的组织、开花时间、花药发育、花衰老和生育力，可能是通过调节染色质结构来实现的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2YR10`	参与若干发育过程，包括植物器官的组织、开花时间、花药发育、花的衰老和生育力，可能通过调控染色质结构实现。	暂无已核实直接文献
`Os08g0137200`	参与若干发育过程，包括植物器官的组织、开花时间、花药发育、花的衰老和生育力，可能通过调控染色质结构实现。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019336 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0006275 regulation of DNA replication 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0008284 positive regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18450

dosa:Os08g0137200

mmu:56456

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.696

排名 1 · TkA05G043780 · TK1151

细胞质0.418

排名 2 · TkA05G043780 · TK1151

细胞膜0.051

排名 3 · TkA05G043780 · TK1151

线粒体0.038

排名 4 · TkA05G043780 · TK1151

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · TkA05G043780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00022Actin35-462 aa

PF06723MreB_Mbl103-236 aa

PF02541Ppx-GppA183-234 aa

PF06723MreB_Mbl361-400 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G043780	`PF00022`	Actin	35	462	7.3e-160	532.8
TkA05G043780	`PF06723`	MreB_Mbl	103	236	1.8e-06	27.7
TkA05G043780	`PF02541`	Ppx-GppA	183	234	0.13	12.4
TkA05G043780	`PF06723`	MreB_Mbl	361	400	1.8e-06	27.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84M92`	拟南芥	sp\|Q84M92\|ARP4_ARATH Actin-related protein 4	76.900%	Swiss-Prot	高置信
`A2YR10`	水稻	sp\|A2YR10\|ARP4_ORYSI Actin-related protein 4	71.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ZJW9`	水稻	sp\|Q6ZJW9\|ARP4_ORYSJ Actin-related protein 4	71.900%	Swiss-Prot	高置信

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