TkA05G042850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA05G042850

当前版本: TK1151 染色体: Chr05 坐标: 11402048-11402579 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

318 bp · TkA05G042850|TK1151|cDNA

ATGGCTAATCCCGATTACAACTCTGGTAACAATAATGGAATCCATATCGAGAACACACACGATGTGAAGATATATAACTCCCTTATATCCAATGGTGGTGATTGTGTGTCAATTGGGGCAAGTAGTTATAATGTAGGCATAAAGAATATAACATGCGGTCAAATCCATAGGATAAGTACAAATGGACATGTTTTTGGCCTCTGGTGTTTTTTTAGGCATTTCATCGAACAGATGAAGTGCAAACTCATTAACAGTTCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

318 bp · TkA05G042850|TK1151|CDS

ATGGCTAATCCCGATTACAACTCTGGTAACAATAATGGAATCCATATCGAGAACACACACGATGTGAAGATATATAACTCCCTTATATCCAATGGTGGTGATTGTGTGTCAATTGGGGCAAGTAGTTATAATGTAGGCATAAAGAATATAACATGCGGTCAAATCCATAGGATAAGTACAAATGGACATGTTTTTGGCCTCTGGTGTTTTTTTAGGCATTTCATCGAACAGATGAAGTGCAAACTCATTAACAGTTCACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

105 aa · TkA05G042850|TK1151|PROTEIN

MANPDYNSGNNNGIHIENTHDVKIYNSLISNGGDCVSIGASSYNVGIKNITCGQIHRISTNGHVFGLWCFFRHFIEQMKCKLINSSHNHITSITTPRNRKLNCTN

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA05G042850`
TK1151 ID	TkA05G042850
OH-1004 ID	LXL04_019321
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 63.810 / OH-1004 94.366 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA05G042850

位置 Chr05:11402048-11402579 (+)

描述 Similar to At2g43860: Probable polygalacturonase At2g43860

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48100`	不参与豆荚破裂最后阶段的多聚半乳糖酸酶。	暂无已核实直接文献
`At2g41850`	多聚半乳糖醛酸酶参与荚果破碎最后阶段的细胞分离、花药开裂和花器官脱落。	Expression of polygalacturonases and evidence to support their role during cell separation processes in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1093/jxb/erm222 ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768
`At3g57510`	多聚半乳糖醛酸酶参与荚果破碎最后阶段的细胞分离和花药开裂。	ARABIDOPSIS DEHISCENCE ZONE POLYGALACTURONASE1 (ADPG1), ADPG2, and QUARTET2 are Polygalacturonases required for cell separation during reproductive development in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.063768

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_019321 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0009830 cell wall modification involved in abscission 生物过程

GO:0009831 plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009835 fruit ripening 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0010047 fruit dehiscence 生物过程

GO:0010227 floral organ abscission 生物过程

GO:0045490 pectin catabolic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G48100

ath:AT2G41850

ath:AT2G43860

sly:544051

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.980

排名 1 · TkA05G042850 · TK1151

细胞质0.013

排名 2 · TkA05G042850 · TK1151

细胞膜0.011

排名 3 · TkA05G042850 · TK1151

内质网0.005

排名 4 · TkA05G042850 · TK1151

线粒体0.004

排名 5 · TkA05G042850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00295Glyco_hydro_287-59 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA05G042850	`PF00295`	Glyco_hydro_28	7	59	5.2e-09	36.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q949Z1`	拟南芥	sp\|Q949Z1\|PGLR4_ARATH Polygalacturonase At1g48100	53.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q8RY29`	拟南芥	sp\|Q8RY29\|ADPG2_ARATH Polygalacturonase ADPG2	50.000%	Swiss-Prot	低置信
`O23147`	拟南芥	sp\|O23147\|ADPG1_ARATH Polygalacturonase ADPG1	46.200%	Swiss-Prot	低置信

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