TkA04G511190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G511190

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 129092518-129104035 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1980 bp · TkA04G511190|TK1151|cDNA

ATGGTGGAGCTTAAAGTTCCATCGGAGGAAGATTTCCTACACGGCACCGTTTCATCCAACAGACGGCGTGCCCATAACAAAAACGCCAGGCAGCTGACATGGGTTCTATTCCTCAAGGCCCATCGTGCCGCCGGTTGTATTACCTCCATCGCCTCCACCACATTCTCCCTTACTTACGCTGTCCGCCGCCGTGTAACATCCGGTCGGACAGATAAAGAAACTGATGCTGGAATCGCTGTTAGAACATCCACGCGTTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1980 bp · TkA04G511190|TK1151|CDS

ATGGTGGAGCTTAAAGTTCCATCGGAGGAAGATTTCCTACACGGCACCGTTTCATCCAACAGACGGCGTGCCCATAACAAAAACGCCAGGCAGCTGACATGGGTTCTATTCCTCAAGGCCCATCGTGCCGCCGGTTGTATTACCTCCATCGCCTCCACCACATTCTCCCTTACTTACGCTGTCCGCCGCCGTGTAACATCCGGTCGGACAGATAAAGAAACTGATGCTGGAATCGCTGTTAGAACATCCACGCGTTTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

659 aa · TkA04G511190|TK1151|PROTEIN

MVELKVPSEEDFLHGTVSSNRRRAHNKNARQLTWVLFLKAHRAAGCITSIASTTFSLTYAVRRRVTSGRTDKETDAGIAVRTSTRFYACIKACLLLSVLLLGFEIAAYFKGWQFGLPDLHLQYGFFDWIYSKWVLIRVEFLAPPLQILANSCVYLFLVQSLDRFILCLGCLLIRVMKMKPVAKQAVHDLESGLGDGFFPMVLVQIPMCNEKEVYQQSIGAVCSLTWPKSKILIQVLDDSDDPTTQLLIKDEVRKWKRDGA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G511190`
TK1151 ID	TkA04G511190
OH-1004 ID	LXL04_030270
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	74.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 95.595 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G511190

位置 Chr04:129092518-129104035 (+)

描述 Similar to CSLC12: Probable xyloglucan glycosyltransferase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g07960`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0510800`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YHR9`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`Os07g0124750`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献
`Os01g0766900`	可能的β-1,4-葡聚糖合酶，更可能参与木葡聚糖骨架而非纤维素的合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030270 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0099402 plant organ development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016757 glycosyltransferase activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G07960

ath:AT4G31590

dosa:Os05g0510800

osa:107275797

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.395

排名 1 · TkA04G511190 · TK1151

高尔基体0.264

排名 2 · TkA04G511190 · TK1151

细胞膜0.167

排名 3 · TkA04G511190 · TK1151

细胞质0.121

排名 4 · TkA04G511190 · TK1151

细胞核0.108

排名 5 · TkA04G511190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13506Glyco_transf_21196-443 aa

PF13641Glyco_tranf_2_3199-432 aa

PF00535Glycos_transf_2204-342 aa

PF13632Glyco_trans_2_3248-262 aa

PF03142Chitin_synth_2281-382 aa

PF13632Glyco_trans_2_3293-486 aa

PF16370MetallophosC347-405 aa

PF03142Chitin_synth_2403-527 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G511190	`PF13506`	Glyco_transf_21	196	443	3.1e-14	53.3
TkA04G511190	`PF13641`	Glyco_tranf_2_3	199	432	2.7e-14	54.2
TkA04G511190	`PF00535`	Glycos_transf_2	204	342	1.3e-10	42.2
TkA04G511190	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	248	262	2e-19	70.9
TkA04G511190	`PF03142`	Chitin_synth_2	281	382	8.6e-07	28.7
TkA04G511190	`PF13632`	Glyco_trans_2_3	293	486	2e-19	70.9
TkA04G511190	`PF16370`	MetallophosC	347	405	0.34	11.6
TkA04G511190	`PF03142`	Chitin_synth_2	403	527	8.6e-07	28.7
TkA04G511190	`PF12578`	3-PAP	418	456	0.21	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZQB9`	拟南芥	sp\|Q9ZQB9\|CSLCC_ARATH Probable xyloglucan glycosyltransferase 12	74.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q6L538`	水稻	sp\|Q6L538\|CSLC7_ORYSJ Probable xyloglucan glycosyltransferase 7	70.100%	Swiss-Prot	高置信
`A2YHR9`	水稻	sp\|A2YHR9\|CSLCA_ORYSI Putative xyloglucan glycosyltransferase 10	69.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q84Z01`	水稻	sp\|Q84Z01\|CSLCA_ORYSJ Putative xyloglucan glycosyltransferase 10	69.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LIY0`	水稻	sp\|Q8LIY0\|CSLC1_ORYSJ Probable xyloglucan glycosyltransferase 1	68.000%	Swiss-Prot	高置信

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