TkA04G507170 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G507170

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 128151636-128155963 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1462 bp · TkA04G507170|TK1151|cDNA

AAAAAATACAAATATGAAACCAGACATTCCCTCTTCCCTTACGTTTATATAATTAGGATGATTTTACATTTGCTCTTCGAATTCATACTCCGTTCTGGAAATTTAAATTCCATAAACCCCCTGCAACCCATGAAAATTATAATCTTCCAACCCTACCCATTATATTCGTCAAGACTCAATCATTCTGATCCTCTGATGAAGGCCCGAAATTGATCGCTCATTTTAAAACTCATTCGTCACGAGTTTTACTTTGAAAACCC...

CDS

下载 CDS FASTA

2019 bp · TkA04G507170|TK1151|CDS

ATGAAGACTGTTTGTAACAAAAATCTCGATGTGTTCGATTTTAAAGATGAGTCTCCTGGAGTTGTTCTTAGGATTTCGAGTAAGCTAGAAAAAAGTCGAAGTTCTGCAATTGACAAGTATACATTTCTCGCAACCGCTGCTGCTGGAGAACATATTTCAGCAGAGAAGCTTAAATATGTTCCATCTTTAGGGATTGATGCTATCAACATTACTCACATGGCTACCACCCTAATAGAAGATTCTTCTCCTGTAATGGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

672 aa · TkA04G507170|TK1151|PROTEIN

MKTVCNKNLDVFDFKDESPGVVLRISSKLEKSRSSAIDKYTFLATAAAGEHISAEKLKYVPSLGIDAINITHMATTLIEDSSPVMAADLDDAFTVAEQSQPQITPELRTDVSESEVNMATTSASVIQNLFPSLPEFVASDDPSSRSKSHLKCSQKHDEAVEMDSDENQSLCERSSSSSDVAEYTGQDSEDITSVVFYPDYVVYLDSYYTDSLISFTSTSIKLEASTTDGNDNDRIFKFEWGIEDILDIRSHWHEQVEMAM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G507170`
TK1151 ID	TkA04G507170
OH-1004 ID	LXL04_030185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	61.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 64.583 / OH-1004 50.803 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G507170

位置 Chr04:128151636-128155963 (+)

描述 Similar to ULP2B: Probable ubiquitin-like-specific protease 2B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g09730`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	暂无已核实直接文献
`At4g33620`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	暂无已核实直接文献
`At1g10570`	蛋白酶，催化 SUMO 途径中的两个基本功能：将全长 SUMO 加工成成熟形式以及从目标蛋白中解离 SUMO。	SUMO-conjugating and SUMO-deconjugating enzymes from Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.085415 Small ubiquitin-like modifier proteases OVERLY TOLERANT TO SALT1 and -2 regulate salt stress responses in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.058669

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030185 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009561 megagametogenesis 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0016926 protein desumoylation 生物过程

GO:0048576 positive regulation of short-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0048578 positive regulation of long-day photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0055046 microgametogenesis 生物过程

GO:2000765 regulation of cytoplasmic translation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09730

ath:AT1G10570

ath:AT1G60220

ath:AT4G33620

spo:2542268

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.800

排名 1 · TkA04G507170 · TK1151

细胞质0.258

排名 2 · TkA04G507170 · TK1151

细胞膜0.051

排名 3 · TkA04G507170 · TK1151

内质网0.028

排名 4 · TkA04G507170 · TK1151

线粒体0.026

排名 5 · TkA04G507170 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25352PH_ULP193-312 aa

PF11873Mltc_N198-227 aa

PF02902Peptidase_C48368-559 aa

PF25352PH_ULP616-633 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G507170	`PF25352`	PH_ULP	193	312	7.7e-35	120.2
TkA04G507170	`PF11873`	Mltc_N	198	227	0.22	12.0
TkA04G507170	`PF02902`	Peptidase_C48	368	559	7.8e-31	108.3
TkA04G507170	`PF25352`	PH_ULP	616	633	7.7e-35	120.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L7S0`	拟南芥	sp\|Q8L7S0\|ULP2B_ARATH Probable ubiquitin-like-specific protease 2B	50.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0WKV8`	拟南芥	sp\|Q0WKV8\|ULP2A_ARATH Probable ubiquitin-like-specific protease 2A	45.100%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8RWN0`	拟南芥	sp\|Q8RWN0\|ULP1C_ARATH Ubiquitin-like-specific protease 1C	29.900%	Swiss-Prot	低置信

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