RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G462540
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 116742959-116746422 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1852 bp · TkA04G462540|TK1151|cDNA

CACGCAAAACCCTTTCTGTCACTGTATGCGAACCGGAAAGAAATTCGTTCCCTAAATTAGTTTTGAGTCATATTGATTGTCACAAAGGTCTCTGAAATCTCTCTGGATAAGTTCTCCAATGGCTACAAGAAAGCTGGTGCGAGATTTGTTTCTCTCTAAGCAGCCGCTTTATAGACAAAGTTTAGCTTACAAACAGGTTTGTACATCAGCATCGAGGTTAAGGTTACGTGGAGCCGCAAATGTGAACCCTGCATATCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

1449 bp · TkA04G462540|TK1151|CDS

ATGGCTACAAGAAAGCTGGTGCGAGATTTGTTTCTCTCTAAGCAGCCGCTTTATAGACAAAGTTTAGCTTACAAACAGGTTTGTACATCAGCATCGAGGTTAAGGTTACGTGGAGCCGCAAATGTGAACCCTGCATATCGTGAATTCAGCGTGTTTAACGAGTTTTCGAAGAAGATTAAAGGCGAAGTGAACAGAAACCAGGACTTCCAACAAACGGTCAAAGAGTTGAAGGAGAAAACCGAAGAGCTCAAAGGAGTGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

482 aa · TkA04G462540|TK1151|PROTEIN

MATRKLVRDLFLSKQPLYRQSLAYKQVCTSASRLRLRGAANVNPAYREFSVFNEFSKKIKGEVNRNQDFQQTVKELKEKTEELKGVKEDLKVRTKQTTEQLYKRVDGAWTEAEATAKKVSENLKEKVSAAKEEVKETLGIGKQESTESSSSSGNEGSKDDKESGEKEDKKEESGYGEAAGSIFSKVRSGVSSSFQKAKDAKVLDLAKKGYDIVKDELSGSPSKRKRAKAASAASSQANVETSSRTDVAVVPVKQSKFNKK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G462540
TK1151 IDTkA04G462540
OH-1004 IDLXL04_038753
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G462540
位置Chr04:116742959-116746422 (-)
描述Similar to TIM44-2: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g36070 PAM复合物的必需组分，该复合物在依赖ATP的情况下，将含转运肽的蛋白从内膜转运到线粒体基质中所必需。 暂无已核实直接文献
At2g20510 PAM复合物的必需组分，该复合物在依赖ATP的情况下，将含转运肽的蛋白从内膜转运到线粒体基质中所必需。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038753 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006626 protein targeting to mitochondrion 生物过程
GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程
GO:0030150 protein import into mitochondrial matrix 生物过程
GO:1905242 response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine 生物过程
GO:0001650 fibrillar center 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分
GO:0005744 TIM23 mitochondrial import inner membrane translocase complex 细胞组分
GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分
GO:0005524 ATP binding 分子功能
GO:0015462 ABC-type protein transporter activity 分子功能
GO:0019899 enzyme binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20510
ath:AT2G36070
hsa:10469
mmu:21856
rno:29635
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.921
排名 1 · TkA04G462540 · TK1151
细胞质0.082
排名 2 · TkA04G462540 · TK1151
细胞核0.064
排名 3 · TkA04G462540 · TK1151
细胞膜0.028
排名 4 · TkA04G462540 · TK1151
内质网0.017
排名 5 · TkA04G462540 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07464ApoLp-III51-137 aa
PF28175T4SS_LegC2C753-139 aa
PF01496V_ATPase_I53-172 aa
PF08826DMPK_coil55-84 aa
PF10828DUF257056-126 aa
PF16331TolA_bind_tri58-116 aa
PF08702Fib_alpha64-137 aa
PF25366RUFY465-126 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G462540PF07464ApoLp-III511370.1413.0
TkA04G462540PF28175T4SS_LegC2C7531390.1112.1
TkA04G462540PF01496V_ATPase_I531725.85.4
TkA04G462540PF08826DMPK_coil55841.210.0
TkA04G462540PF10828DUF2570561266.47.9
TkA04G462540PF16331TolA_bind_tri581160.1113.4
TkA04G462540PF08702Fib_alpha641373.08.8
TkA04G462540PF25366RUFY4651262.69.2
TkA04G462540PF13675PilJ671280.810.5
TkA04G462540PF02601Exonuc_VII_L712230.3111.2
TkA04G462540PF28479At4g13230761373.08.9
TkA04G462540PF01442Apolipoprotein771450.03914.4
TkA04G462540PF15682Mustang79940.07213.7
TkA04G462540PF04280Tim4486862.4e-36125.8
TkA04G462540PF04280Tim44921122.4e-36125.8
TkA04G462540PF08826DMPK_coil921331.210.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5XF06拟南芥sp|Q5XF06|TI442_ARATH Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-256.600%Swiss-Prot高置信
Q1PF33拟南芥sp|Q1PF33|TI441_ARATH Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM44-150.500%Swiss-Prot高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看