TkA04G426930 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G426930

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 107752952-107758187 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3307 bp · TkA04G426930|TK1151|cDNA

ACCAACTCCGCGTGGTAGAAATTAGAATTGTCAAAAACAGCGTGCCGAAAATAAACATTTTGGAACCCCGACCCACCATCCACCCGGCCATTTGCTCCGTCCTGTTAACCGTCTCTATCCCGTATTTCCATTATTCAAGTCCTAGCAGTACCATTCCCCTACACCGCCATCATCACAAACAAAGGGGCTTTTCAATTCCTCTACACGGAGAGAGAAACCGCGTGGAAATTCTAGCTTCCGATTGCAATAGATGGAGATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

3144 bp · TkA04G426930|TK1151|CDS

ATGGAGATCGCACCGGCGGTGCTGGCCGCACACGACGGAGTTGGAAACGCACCGGATTCTACATCGGATTCTTCTGCTTCGACTGTTCCCGTCAATAACAATAATATGTCGAGCAACAGGTACGATTATGACGATGATGAAGAGGAGGATGTTTGCCGGATCTGTAGGAATTCAGGAGACGCCGACAATCCTCTCAGATATCCTTGTGCTTGTAGCGGGAGTATTAAGTTTGTTCATCAGGACTGCCTTCTCCAATGGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1047 aa · TkA04G426930|TK1151|PROTEIN

MEIAPAVLAAHDGVGNAPDSTSDSSASTVPVNNNNMSSNRYDYDDDEEEDVCRICRNSGDADNPLRYPCACSGSIKFVHQDCLLQWLNHSNARQCEVCKHPFSFSPVYADNAPARLPFQEFVIGMAMKACHVLQFFLRLTFVLTVWLLIIPFITFWIWRLSFVRSFGEAQRLFLNHISTTIILTDCLHGFLLSASIVFIFLGATSLRDYFRHLRELGGQEEDDGDRIGARVARRQQQQQQQQQQQPPQANRNLINGEDQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G426930`
TK1151 ID	TkA04G426930
OH-1004 ID	LXL04_038416
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.618 / OH-1004 98.495 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G426930

位置 Chr04:107752952-107758187 (+)

描述 Similar to SUD1: Probable E3 ubiquitin ligase SUD1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34100`	可能的E3泛素连接酶，作为3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶活性的正向转录后调节因子。	Arabidopsis ECERIFERUM9 involvement in cuticle formation and maintenance of plant water status.2012 · DOI: 10.1104/pp.112.198697 The SUD1 gene encodes a putative E3 ubiquitin ligase and is a positive regulator of 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme a reductase activity in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.112.108696

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038416 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008299 isoprenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0010025 wax biosynthetic process 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0010345 suberin biosynthetic process 生物过程

GO:0010498 proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0045541 negative regulation of cholesterol biosynthetic process 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:1900486 positive regulation of isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34100

hsa:10299

mmu:223455

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.561

排名 1 · TkA04G426930 · TK1151

高尔基体0.170

排名 2 · TkA04G426930 · TK1151

细胞核0.167

排名 3 · TkA04G426930 · TK1151

细胞质0.109

排名 4 · TkA04G426930 · TK1151

细胞膜0.075

排名 5 · TkA04G426930 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13639zf-RING_251-99 aa

PF12906RINGv52-98 aa

PF23113MARCHF6_C129-154 aa

PF23113MARCHF6_C335-361 aa

PF23113MARCHF6_C435-465 aa

PF23113MARCHF6_C495-563 aa

PF23113MARCHF6_C734-766 aa

PF23113MARCHF6_C832-1011 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G426930	`PF13639`	zf-RING_2	51	99	0.0028	18.6
TkA04G426930	`PF12906`	RINGv	52	98	6.4e-17	62.1
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	129	154	4.7e-48	164.0
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	335	361	4.7e-48	164.0
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	435	465	4.7e-48	164.0
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	495	563	4.7e-48	164.0
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	734	766	4.7e-48	164.0
TkA04G426930	`PF23113`	MARCHF6_C	832	1011	4.7e-48	164.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JKK0`	拟南芥	sp\|F4JKK0\|SUD1_ARATH Probable E3 ubiquitin ligase SUD1	73.000%	Swiss-Prot	高置信

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