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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA04G393510
当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 98951059-98956568 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2797 bp · TkA04G393510|TK1151|cDNA

ATAAGACAGCGCAACTCAGAGGGGTTTATGGCTTTATGCTGACCTGAGATCGCACTCCTTTTGCTCTCTTCAACTGCAAAATTCAAATCTCGGGATTCAACATCTACCGATGGACAAAGAATCAGGTTGCTGTTCCACACACCTTATAGAAGGAGATGGCACTTTCAATGCTGAAGGACTTGATAGTTTTATCAAAGAAGTCAAATTGGCTGATTGTGGACTTTCTTATGCTGTTGTTGCCATCATGGGCCCTCAAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2406 bp · TkA04G393510|TK1151|CDS

ATGGACAAAGAATCAGGTTGCTGTTCCACACACCTTATAGAAGGAGATGGCACTTTCAATGCTGAAGGACTTGATAGTTTTATCAAAGAAGTCAAATTGGCTGATTGTGGACTTTCTTATGCTGTTGTTGCCATCATGGGCCCTCAAAGCAGTGGGAAGAGCACACTTCTGAATAATCTATTTCACACAAACTTCAGGGAAATGGATGCTTATAGGGGAAGGTCTCAAACCACAAAAGGTATTTGGATGGCGAGATGTGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

801 aa · TkA04G393510|TK1151|PROTEIN

MDKESGCCSTHLIEGDGTFNAEGLDSFIKEVKLADCGLSYAVVAIMGPQSSGKSTLLNNLFHTNFREMDAYRGRSQTTKGIWMARCVGIEPCTIVMDLEGTDGRERGEDDTAFEKQSALFALAVSDVVLINMWCHDIGREQAANKPLLKTVFQVMLRLFSPRKTTLMFVIRDKTRTPLENLEPVLREDIQKIWDSVPKPEAHKHTPLRDFFNVEVVALSSFEEKEEMFKEQVAALRQRFFHSIAPNGLAGDRRGVVPASG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA04G393510
TK1151 IDTkA04G393510
OH-1004 IDLXL04_036790
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)72.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.757 / OH-1004 98.833
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA04G393510
位置Chr04:98951059-98956568 (-)
描述Similar to RHD3: Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g13870 可能参与细胞壁扩张的 GTP 结合蛋白。
Regulation of the cell expansion gene RHD3 during Arabidopsis development.2002 · DOI: 10.1104/pp.002675
The Arabidopsis RHD3 gene is required for cell wall biosynthesis and actin organization.2003 · DOI: 10.1007/s00425-003-1067-7
A GFP-based assay reveals a role for RHD3 in transport between the endoplasmic reticulum and Golgi apparatus.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01969.x
Loss-of-function mutations of ROOT HAIR DEFECTIVE3 suppress root waving, skewing, and epidermal cell file rotation in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.059774
Growth and ultrastructure of Arabidopsis root hairs: the rhd3 mutation alters vacuole enlargement and tip growth.1997 · DOI: 10.1007/bf01007706
The ROOT HAIR DEFECTIVE3 gene encodes an evolutionarily conserved protein with GTP-binding motifs and is required for regulated cell enlargement in Arabidopsis.1997 · DOI: 10.1101/gad.11.6.799
At1g72960 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
At5g45160 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0575000 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
Os12g0604600 可能的GTP结合蛋白，可能参与细胞发育。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036790 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程
GO:0009832 plant-type cell wall biogenesis 生物过程
GO:0009932 cell tip growth 生物过程
GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程
GO:0016320 endoplasmic reticulum membrane fusion 生物过程
GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程
GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G72960
ath:AT3G13870
ath:AT5G45160
dosa:Os01g0575000
dosa:Os12g0604600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.542
排名 1 · TkA04G393510 · TK1151
高尔基体0.233
排名 2 · TkA04G393510 · TK1151
细胞质0.190
排名 3 · TkA04G393510 · TK1151
细胞核0.129
排名 4 · TkA04G393510 · TK1151
细胞膜0.115
排名 5 · TkA04G393510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02263GBP39-124 aa
PF25683URGCP_GTPase41-169 aa
PF13173AAA_1441-65 aa
PF13191AAA_1642-170 aa
PF00005ABC_tran42-62 aa
PF13555AAA_2942-57 aa
PF01926MMR_HSR143-130 aa
PF00350Dynamin_N43-65 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA04G393510PF02263GBP391240.000619.8
TkA04G393510PF25683URGCP_GTPase411698.3e-0832.1
TkA04G393510PF13173AAA_1441650.04614.4
TkA04G393510PF13191AAA_16421700.03615.3
TkA04G393510PF00005ABC_tran42620.1213.7
TkA04G393510PF13555AAA_2942570.1512.6
TkA04G393510PF01926MMR_HSR1431300.0006120.6
TkA04G393510PF00350Dynamin_N43650.0006620.5
TkA04G393510PF13521AAA_2843630.01616.1
TkA04G393510PF00735Septin43780.1911.7
TkA04G393510PF05879RHD3_GTPase462811.9e-116388.4
TkA04G393510PF20428Sey1_3HB3237552.6e-128429.2
TkA04G393510PF25683URGCP_GTPase3254168.3e-0832.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P93042拟南芥sp|P93042|RHD3_ARATH Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 372.300%Swiss-Prot高置信
Q9SSN0拟南芥sp|Q9SSN0|RHD31_ARATH Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 167.400%Swiss-Prot高置信
Q9FKE9拟南芥sp|Q9FKE9|RHD32_ARATH Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 266.200%Swiss-Prot高置信
Q0JLS6水稻sp|Q0JLS6|RHD3_ORYSJ Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 365.800%Swiss-Prot高置信
Q2QMH2水稻sp|Q2QMH2|RHD31_ORYSJ Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 163.000%Swiss-Prot高置信

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