TkA04G246590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G246590

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 62362258-62363573 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

423 bp · TkA04G246590|TK1151|cDNA

GGCACAAAACTACTTGACAGGTCCATTGTCACCTTCCATTGGCAATTTAACTCGGATGATGTACATAACTATCAGCATCAATTCATTATCAGGGCCGGTTCCCCAGAGATAGGACAACTTACCGAACTTAGATTACTTTACATTGATAGTGCTGGAGTTAGTGGTGCTATACCTTCCACTTTTGCTAATTTACAGAACCTACAGACAGTATGGGCTTCTGATAACGAATTCACGGGAAGAATATCGGATTTTATTGGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

423 bp · TkA04G246590|TK1151|CDS

GGCACAAAACTACTTGACAGGTCCATTGTCACCTTCCATTGGCAATTTAACTCGGATGATGTACATAACTATCAGCATCAATTCATTATCAGGGCCGGTTCCCCAGAGATAGGACAACTTACCGAACTTAGATTACTTTACATTGATAGTGCTGGAGTTAGTGGTGCTATACCTTCCACTTTTGCTAATTTACAGAACCTACAGACAGTATGGGCTTCTGATAACGAATTCACGGGAAGAATATCGGATTTTATTGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

140 aa · TkA04G246590|TK1151|PROTEIN

GTKLLDRSIVTFHWQFNSDDVHNYQHQFIIRAGSPEIGQLTELRLLYIDSAGVSGAIPSTFANLQNLQTVWASDNEFTGRISDFIGNWSQLQTLRFKGNSFEGSIPPSFSRLTSMLELRISGLSNGTLDFIRDMKSLSVL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G246590`
TK1151 ID	TkA04G246590
OH-1004 ID	LXL04_039495
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	67.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.619 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA04G246590`
位置	Chr04:62362258-62363573 (-)
描述	Similar to At1g56140: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g56140
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_039495` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0045088 regulation of innate immune response 生物过程 GO:0052542 defense response by callose deposition 生物过程 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0004672 protein kinase activity 分子功能 GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G53440 ath:AT1G56130 ath:AT1G56140 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.411

排名 1 · TkA04G246590 · TK1151

内质网0.158

排名 2 · TkA04G246590 · TK1151

细胞质0.108

排名 3 · TkA04G246590 · TK1151

细胞膜0.094

排名 4 · TkA04G246590 · TK1151

溶酶体／液泡0.072

排名 5 · TkA04G246590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23598LRR_1436-139 aa

PF12799LRR_437-48 aa

PF12799LRR_442-81 aa

PF13855LRR_842-70 aa

PF00560LRR_143-64 aa

PF24141LRR_ComC53-109 aa

PF12799LRR_465-100 aa

PF00560LRR_166-88 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G246590	`PF23598`	LRR_14	36	139	5.1e-08	32.8
TkA04G246590	`PF12799`	LRR_4	37	48	1.2e-05	26.0
TkA04G246590	`PF12799`	LRR_4	42	81	1.2e-05	26.0
TkA04G246590	`PF13855`	LRR_8	42	70	0.00018	21.9
TkA04G246590	`PF00560`	LRR_1	43	64	3.6e-09	35.7
TkA04G246590	`PF24141`	LRR_ComC	53	109	0.036	14.4
TkA04G246590	`PF12799`	LRR_4	65	100	1.2e-05	26.0
TkA04G246590	`PF00560`	LRR_1	66	88	3.6e-09	35.7
TkA04G246590	`PF13855`	LRR_8	83	122	0.00018	21.9
TkA04G246590	`PF00560`	LRR_1	90	112	3.6e-09	35.7
TkA04G246590	`PF12799`	LRR_4	90	122	1.2e-05	26.0
TkA04G246590	`PF00560`	LRR_1	118	124	3.6e-09	35.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情