TkA04G226960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G226960

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 57724413-57729800 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3766 bp · TkA04G226960|TK1151|cDNA

AAATGCTCTAAGCTCACCAATCACCATACTTCCTCTAACCTCAACTGAAGTGAAAGGACCAAGGAGCACCCACATATACCAACTCTAAACCTTCGTACTTTGACCTTTTTCACTGTAAAAAGTCCCCCAAAGCCAAATCTTTCGAAAAGTAAAGGCGCTTCCCTCTTCCCCATCTGAACTCCAACAATACATTCGAAAATATAGAAAAAAAGCCTTCGAATCCACCAAAACAGTAGCAGTGTGACTTCATACCCTCGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2919 bp · TkA04G226960|TK1151|CDS

ATGTTCTATTCTCAGTTTATATTAGCGAAAAAGGGCCCCTTGGGAACAATATGGATTGCCGCTCATTTGGAGCGAAAGCTTCGCAAAAATCAGGTTTCAGATACCGATATCGGTGTCTCTGTTGACTCGATCCTTTTTCCGGAAATGCCGATTGCGCTCCGGTTATCTAGCCATCTTCTACTGGGCGTGGTTCGAATATATTCAAAGAAGGTAAGTTACCTCTTTGACGATTGTAGCGAGGCGCTGTTAAAAGTAAAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

972 aa · TkA04G226960|TK1151|PROTEIN

MFYSQFILAKKGPLGTIWIAAHLERKLRKNQVSDTDIGVSVDSILFPEMPIALRLSSHLLLGVVRIYSKKVSYLFDDCSEALLKVKNAFRANAVDLPPEESTAPYHAITLPETFDLDDFELPDNENLQGNFVDHHVGARDQITLQDTMEGVVYSTSDFGRDERFGDGEASHLDLNEDLVAEKVETAGNTNVDPEAKTPDKEDENDLSDDDGVDQDQMEDSDGYDDGDADYVPEEYTEGPSTPGLWEEPNLSKVEETPTCV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G226960`
TK1151 ID	TkA04G226960
OH-1004 ID	LXL04_039369
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G226960

位置 Chr04:57724413-57729800 (+)

描述 Similar to SYN4: Sister chromatid cohesion 1 protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g16270`	参与有丝分裂过程中的姐妹染色单体和着丝粒凝聚。	Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x
`At3g59550`	可能参与有丝分裂期间姐妹染色单体的凝聚。	暂无已核实直接文献
`At5g40840`	可能参与有丝分裂期间姐妹染色单体的凝聚。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039369 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0010972 negative regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0032691 negative regulation of interleukin-1 beta production 生物过程

GO:0032720 negative regulation of tumor necrosis factor production 生物过程

GO:0032733 positive regulation of interleukin-10 production 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G16270

bta:540966

mmu:19357

xla:399129

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.955

排名 1 · TkA04G226960 · TK1151

细胞质0.154

排名 2 · TkA04G226960 · TK1151

细胞膜0.017

排名 3 · TkA04G226960 · TK1151

线粒体0.013

排名 4 · TkA04G226960 · TK1151

内质网0.009

排名 5 · TkA04G226960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04825Rad21_Rec8_N1-101 aa

PF04824Rad21_Rec81-12 aa

PF06278CNDH2_N59-87 aa

PF06278CNDH2_N835-863 aa

PF04824Rad21_Rec8920-966 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G226960	`PF04825`	Rad21_Rec8_N	1	101	4.5e-38	130.5
TkA04G226960	`PF04824`	Rad21_Rec8	1	12	4.9e-19	68.1
TkA04G226960	`PF06278`	CNDH2_N	59	87	0.17	12.6
TkA04G226960	`PF06278`	CNDH2_N	835	863	0.17	12.6
TkA04G226960	`PF04824`	Rad21_Rec8	920	966	4.9e-19	68.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W1Y0`	拟南芥	sp\|Q8W1Y0\|SSC14_ARATH Sister chromatid cohesion 1 protein 4	35.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9FQ19`	拟南芥	sp\|Q9FQ19\|SCC13_ARATH Sister chromatid cohesion 1 protein 3	48.600%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FQ20`	拟南芥	sp\|Q9FQ20\|SCC12_ARATH Sister chromatid cohesion 1 protein 2	42.000%	Swiss-Prot	低置信

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