TkA04G171900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G171900

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 44475560-44477798 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1582 bp · TkA04G171900|TK1151|cDNA

TTTAAAGCATTTGTTACCCATTTTCTCTATTTATATAAAGCAATCACATCGTGGGCACACTTTTGTGGGCGAGGCCGTCATATTTGAGTCACAGGCTCATAGCATTCCTCTTCTTGTTTGGGAAATGGAGCAATAGTCTTCTTCCTCTCTCCCACAATCATCCACCCATTCCGTCTTTCATTCTTAGATTAAACAAATTCAATTTCTTGTTGACCCATTTCGATTCACGCAGTCTTTCAGCATCTCAAAGAAAAATTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · TkA04G171900|TK1151|CDS

ATGGACCCCGTAGCCCTCGATAGGATAATCGAACGGTTAATTGAAGTGCGATCGACTAAGCCAGGGAAGTTGGTTCAGCTCTCAGAGGCTGAAATCAAGCAGCTTTGTGTTGCGTCTCGTGAAATCTTTATGAAACAGCCTAATCTTCTTGAACTCGAAGCCCCTATCAAGATTTGCGGCGACATTCATGGACAATACAGCGACCTATTGCGACTCTTCGAATACGGAGGTTTCCCTCCCCAATCCAATTATCTTTTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · TkA04G171900|TK1151|PROTEIN

MDPVALDRIIERLIEVRSTKPGKLVQLSEAEIKQLCVASREIFMKQPNLLELEAPIKICGDIHGQYSDLLRLFEYGGFPPQSNYLFLGDYVDRGKQSLETICLLLAYKIRYPENFFLLRGNHECASINRIYGFYDECKRRFNVKLWKAFTECFNCLPVAALVDDKILCMHGGLSPDLSDLDQIRNLPRPTAIPDTGLLCDLLWSDPSKDVKGWGMNDRGVSYTFGPDKVSEFLTKHDLDLVCRAHQVVEDGYEFFADRQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G171900`
TK1151 ID	TkA04G171900
OH-1004 ID	LXL04_035064
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G171900

位置 Chr04:44475560-44477798 (+)

描述 Similar to TOPP4: Serine/threonine-protein phosphatase PP1 isozyme 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39840`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶，在体外对磷酸对硝基苯酯具有磷酸酶活性。	Arabidopsis DELLA protein degradation is controlled by a type-one protein phosphatase, TOPP4.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004464 TYPE-ONE PROTEIN PHOSPHATASE4 regulates pavement cell interdigitation by modulating PIN-FORMED1 polarity and trafficking in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.249904 TOPP4 Regulates the Stability of PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR5 during Photomorphogenesis in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1104/pp.15.01729
`At5g59160`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶，在体外对对硝基苯基磷酸盐（pNPP）具有磷酸酶活性。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0268000`	丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶PP1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035064 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0009740 gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010161 red light signaling pathway 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0000164 protein phosphatase type 1 complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39840

ath:AT5G59160

dosa:Os03g0268000

nta:107801901

nta:107829724

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.662

排名 1 · TkA04G171900 · TK1151

细胞核0.546

排名 2 · TkA04G171900 · TK1151

线粒体0.058

排名 3 · TkA04G171900 · TK1151

细胞膜0.053

排名 4 · TkA04G171900 · TK1151

内质网0.040

排名 5 · TkA04G171900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16891STPPase_N6-53 aa

PF00149Metallophos55-248 aa

PF16891STPPase_N233-243 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G171900	`PF16891`	STPPase_N	6	53	1.2e-21	77.6
TkA04G171900	`PF00149`	Metallophos	55	248	1.8e-50	172.9
TkA04G171900	`PF16891`	STPPase_N	233	243	1.2e-21	77.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48484`	拟南芥	sp\|P48484\|PP14_ARATH Serine/threonine-protein phosphatase PP1 isozyme 4	88.600%	Swiss-Prot	高置信
`P48482`	拟南芥	sp\|P48482\|PP12_ARATH Serine/threonine-protein phosphatase PP1 isozyme 2	83.900%	Swiss-Prot	高置信
`P48489`	水稻	sp\|P48489\|PP1_ORYSJ Serine/threonine-protein phosphatase PP1	87.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情