TkA04G116610 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G116610

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 30312388-30319309 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4011 bp · TkA04G116610|TK1151|cDNA

GTCATTTTGCCAAATACGTCCACCGAGACATGACCACCACACTATTTCGTCAAAGAAACGTTCTCTGACCTTTCTCGGCTGCTCCCTCTTTTACATCTCCCGAAATACCGAAAGTACCCTCAACCCCACCTAAACCAGCTCCCCCTTTTTTCCTTTCTCGATCGAACTTCACGTTTTCTGACCCCCTCCACGTCTCTCCGCCGATTTGCCGATCGAATTCCGCCACCAATCGCCGTCGATGACTCTCATGACTCCGCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3354 bp · TkA04G116610|TK1151|CDS

ATGACTCTCATGACTCCGCCTCCCATTGATCCGGAAGAGGAAGAGATGCTAGTACCGCATTCTGAATTTGCTGCCGCCGAAGGACCTCAACCAATGGAAGTTGCACCTACAGAAGCTGCAAATACTGTTGATGCACCAGCAGTTGATGATCCACCATCAGCACGGTTCACATGGACCATAGAGAACTTCTCAAGATTGACTGGCAAAAAGCTCTACTCTGAAGTTTTCTTTGTTGGAGGATATAAATGGCGAGTGCTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1117 aa · TkA04G116610|TK1151|PROTEIN

MTLMTPPPIDPEEEEMLVPHSEFAAAEGPQPMEVAPTEAANTVDAPAVDDPPSARFTWTIENFSRLTGKKLYSEVFFVGGYKWRVLIFPKGNNVDHLSMYLDVADSTSLPYGWSRYAQFSLAVVNQIHNKFTMRKDTQHQFNGRESDWGFTSFMPLSELYDPSRGYILNDTCIVEADVAVRRVVDYWSHDSKKETGYVGLKNQGATCYMNSLLQTLYHIPYFRKAVYHMPTTENDMPSGSIPLALQSLFYKLQYSDTSVA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G116610`
TK1151 ID	TkA04G116610
OH-1004 ID	LXL04_035649
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G116610

位置 Chr04:30312388-30319309 (-)

描述 Similar to UBP12: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献
`At5g06600`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_035649 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程

GO:0006307 DNA alkylation repair 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010507 negative regulation of autophagy 生物过程

GO:0010508 positive regulation of autophagy 生物过程

GO:0010803 regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11910

ath:AT5G06600

hsa:7874

mmu:252870

rno:360471

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.532

排名 1 · TkA04G116610 · TK1151

细胞质0.513

排名 2 · TkA04G116610 · TK1151

细胞膜0.070

排名 3 · TkA04G116610 · TK1151

线粒体0.057

排名 4 · TkA04G116610 · TK1151

内质网0.053

排名 5 · TkA04G116610 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22486MATH_255-178 aa

PF00917MATH60-180 aa

PF00443UCH198-519 aa

PF13423UCH_1198-473 aa

PF16657Malt_amylase_C506-533 aa

PF00240ubiquitin519-550 aa

PF00443UCH531-560 aa

PF22486MATH_2533-583 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G116610	`PF22486`	MATH_2	55	178	5.1e-40	137.6
TkA04G116610	`PF00917`	MATH	60	180	1.6e-17	64.5
TkA04G116610	`PF00443`	UCH	198	519	2.9e-59	201.4
TkA04G116610	`PF13423`	UCH_1	198	473	1e-15	58.9
TkA04G116610	`PF16657`	Malt_amylase_C	506	533	0.051	14.3
TkA04G116610	`PF00240`	ubiquitin	519	550	0.023	15.2
TkA04G116610	`PF00443`	UCH	531	560	2.9e-59	201.4
TkA04G116610	`PF22486`	MATH_2	533	583	5.1e-40	137.6
TkA04G116610	`PF14533`	USP7_C2	536	621	3.4e-56	190.9
TkA04G116610	`PF00917`	MATH	540	558	1.6e-17	64.5
TkA04G116610	`PF13423`	UCH_1	557	574	1e-15	58.9
TkA04G116610	`PF14560`	Ubiquitin_2	593	635	0.087	14.0
TkA04G116610	`PF00240`	ubiquitin	595	625	0.023	15.2
TkA04G116610	`PF12436`	USP7_ICP0_bdg	623	874	5.6e-80	268.9
TkA04G116610	`PF14560`	Ubiquitin_2	741	760	0.087	14.0
TkA04G116610	`PF14533`	USP7_C2	803	851	3.4e-56	190.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84WU2`	拟南芥	sp\|Q84WU2\|UBP13_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 13	81.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FPT1`	拟南芥	sp\|Q9FPT1\|UBP12_ARATH Ubiquitin C-terminal hydrolase 12	82.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情