TkA04G031960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA04G031960

当前版本: TK1151 染色体: Chr04 坐标: 8431737-8433044 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

972 bp · TkA04G031960|TK1151|cDNA

ATGTCGAATCACGGAACGACAAAACGATTCTTGATCCGAGAAATGGATCGAAGCATCAAACAAATGATGAAGCTAGTCGAAGAAGAAGGAGGAGATTCATTCGCCAAGAAAGCCGAAATTTATTGCCAAAAGAGACCAAAACTCGTATCTCATGTCGAAGAATTTTACCGAATGTTCCGATCATTGGCCGAGCGTTACCATGAAGCCAAAGTCGAGGTGTTTTCCGAACCACCTTCCGCCATGACATCTCCTGATCGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

972 bp · TkA04G031960|TK1151|CDS

ATGTCGAATCACGGAACGACAAAACGATTCTTGATCCGAGAAATGGATCGAAGCATCAAACAAATGATGAAGCTAGTCGAAGAAGAAGGAGGAGATTCATTCGCCAAGAAAGCCGAAATTTATTGCCAAAAGAGACCAAAACTCGTATCTCATGTCGAAGAATTTTACCGAATGTTCCGATCATTGGCCGAGCGTTACCATGAAGCCAAAGTCGAGGTGTTTTCCGAACCACCTTCCGCCATGACATCTCCTGATCGGAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

323 aa · TkA04G031960|TK1151|PROTEIN

MSNHGTTKRFLIREMDRSIKQMMKLVEEEGGDSFAKKAEIYCQKRPKLVSHVEEFYRMFRSLAERYHEAKVEVFSEPPSAMTSPDRRLSRRLSEIPNFDYFKAGYETPTNESESDSDDSIFQSYSNSSNYRRLRKKIVELEAELRKVQMEHEENRSNSEIEYYAEELRMANEKITSLEEEIVRLRMKLQNYESFEHSRDDISDESNLKMDREGLASRISELEEEMSLKDDQIDEMNDRLEKLHLENQKSINYADELRNRS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA04G031960`
TK1151 ID	TkA04G031960
OH-1004 ID	LXL04_036653
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.071 / OH-1004 60.364 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA04G031960

位置 Chr04:8431737-8433044 (+)

描述 Similar to NET4B: Protein NETWORKED 4B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58320`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At2g30500`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At3g22790`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白。	A superfamily of actin-binding proteins at the actin-membrane nexus of higher plants.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.06.041
`At1g03080`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02710`	植物特异性肌动蛋白结合蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036653 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005856 cytoskeleton 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0003779 actin binding 分子功能

GO:0051015 actin filament binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03080

ath:AT2G30500

ath:AT3G22790

ath:AT4G14760

ath:AT5G58320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.654

排名 1 · TkA04G031960 · TK1151

细胞核0.305

排名 2 · TkA04G031960 · TK1151

细胞膜0.103

排名 3 · TkA04G031960 · TK1151

线粒体0.039

排名 4 · TkA04G031960 · TK1151

高尔基体0.036

排名 5 · TkA04G031960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07445PriC3-183 aa

PF31092EcoKI_5th4-52 aa

PF28662PROH4_C7-34 aa

PF22790YkoP8-29 aa

PF07765KIP112-66 aa

PF27935CCDC61_coil13-28 aa

PF28175T4SS_LegC2C732-56 aa

PF29997SPC25_N43-63 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA04G031960	`PF07445`	PriC	3	183	1.8	9.1
TkA04G031960	`PF31092`	EcoKI_5th	4	52	0.2	12.9
TkA04G031960	`PF28662`	PROH4_C	7	34	1.8	9.8
TkA04G031960	`PF22790`	YkoP	8	29	0.034	14.1
TkA04G031960	`PF07765`	KIP1	12	66	1.2e-19	70.9
TkA04G031960	`PF27935`	CCDC61_coil	13	28	4.4	8.6
TkA04G031960	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	32	56	6.5	6.2
TkA04G031960	`PF29997`	SPC25_N	43	63	0.03	15.4
TkA04G031960	`PF13334`	DUF4094	96	146	0.37	12.0
TkA04G031960	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	115	206	9.2	7.0
TkA04G031960	`PF28662`	PROH4_C	123	123	1.8	9.8
TkA04G031960	`PF07765`	KIP1	124	154	1.2e-19	70.9
TkA04G031960	`PF20237`	DUF6594	124	198	1.3	9.5
TkA04G031960	`PF25762`	HAUS1	125	193	0.95	9.9
TkA04G031960	`PF28175`	T4SS_LegC2C7	125	196	6.5	6.2
TkA04G031960	`PF29997`	SPC25_N	127	190	0.03	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4KEW8`	拟南芥	sp\|F4KEW8\|NET4A_ARATH Protein NETWORKED 4A	37.000%	Swiss-Prot	低置信
`Q84VY2`	拟南芥	sp\|Q84VY2\|NET4B_ARATH Protein NETWORKED 4B	47.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LUI2`	拟南芥	sp\|Q9LUI2\|NET1A_ARATH Protein NETWORKED 1A	54.800%	Swiss-Prot	低置信
`F4HZB5`	拟南芥	sp\|F4HZB5\|NET1D_ARATH Protein NETWORKED 1D	41.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ZQX8`	拟南芥	sp\|Q9ZQX8\|NET1C_ARATH Protein NETWORKED 1C	55.200%	Swiss-Prot	低置信

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