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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA03G606970
当前版本: TK1151 染色体: Chr03 坐标: 154160659-154163195 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1930 bp · TkA03G606970|TK1151|cDNA

GCCTTCTCTAACATTTTCTGTCTTCTCAGTTCTCTTCAAGGTTGTAGAATTATAAACCCTAACTTATAAGCCTTAAACCCTTAACAGCAACCTCCGCTTCTTCTTCAAGGATCCGAGGTTCTGTTCTTATTCATCTAACCATTAATCATGATGAAAGGTAAAAAGTTCAATAACAATAACAAGAGTCAAAATGGGCACAGAAGCAAACGGTTTAAATCCGACAAGCCAGACCCGTTCTTCGACGGCGATTCAAAACACCG...

CDS

下载 CDS FASTA

1539 bp · TkA03G606970|TK1151|CDS

ATGATGAAAGGTAAAAAGTTCAATAACAATAACAAGAGTCAAAATGGGCACAGAAGCAAACGGTTTAAATCCGACAAGCCAGACCCGTTCTTCGACGGCGATTCAAAACACCGAAAGAAATTTGCAAATCGAGACAATGATGAGGACAGCATTAAGAGCAGTGATTCTGAAGATTATGACGACAGAGATGTGGCGGCGGCGGTGGAGGATGACGGCGAGGAAAATGAATTGGTTGAAGAGGACGCAGGTGAGAAACGGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

512 aa · TkA03G606970|TK1151|PROTEIN

MMKGKKFNNNNKSQNGHRSKRFKSDKPDPFFDGDSKHRKKFANRDNDEDSIKSSDSEDYDDRDVAAAVEDDGEENELVEEDAGEKRKRVAEAYVEKIRAGLRKQEEEGDDEVDERGGKEGGDRDSLVARMLQAQQLEDSGRVRKLIASRVQKPTTADGFKVLVKHRQSVTSVVLSEDDSKGFSASKDGYIVQWDVESGKAEAYTWPSEEVLKSHGAKEPQGRAKKRSKHVLALAVSSDGRYLASGGFDRHVHLWDTRTRE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA03G606970
TK1151 IDTkA03G606970
OH-1004 IDLXL04_011629
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 99.805
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA03G606970
位置Chr03:154160659-154163195 (-)
描述Similar to YAO: U3 snoRNP-associated protein-like YAO
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g21130 核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
At4g05410 核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os03g0625900 核仁小核核糖核蛋白颗粒 (snoRNP) 的组成部分，据信参与前核糖体 RNA 的加工和修饰（通过相似性推测）。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011629 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006364 rRNA processing 生物过程
GO:0009553 embryo sac development 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0030490 maturation of SSU-rRNA 生物过程
GO:0042274 ribosomal small subunit biogenesis 生物过程
GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005730 nucleolus 细胞组分
GO:0031428 box C/D methylation guide snoRNP complex 细胞组分
GO:0032040 small-subunit processome 细胞组分
GO:0080008 Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G05410
ath:AT4G21130
dosa:Os03g0625900
hsa:9136
mmu:27966
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.955
排名 1 · TkA03G606970 · TK1151
细胞质0.103
排名 2 · TkA03G606970 · TK1151
线粒体0.018
排名 3 · TkA03G606970 · TK1151
细胞膜0.017
排名 4 · TkA03G606970 · TK1151
内质网0.008
排名 5 · TkA03G606970 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04147Nop142-167 aa
PF29788TP_0598_N87-222 aa
PF25178Beta-prop_WDR41142-199 aa
PF23869Beta-prop_WDR75_1st150-196 aa
PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR1151-202 aa
PF26586Fn3_R-PTP-O151-184 aa
PF23414Beta-prop_EML_2153-195 aa
PF23798Beta-prop_SPT8153-200 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA03G606970PF04147Nop1421670.579.1
TkA03G606970PF29788TP_0598_N872220.949.2
TkA03G606970PF25178Beta-prop_WDR411421992.4e-1040.5
TkA03G606970PF23869Beta-prop_WDR75_1st1501962.9e-1040.7
TkA03G606970PF24105Beta-prop_CAF1B_HIR11512021.4e-1144.7
TkA03G606970PF26586Fn3_R-PTP-O1511840.1413.1
TkA03G606970PF23414Beta-prop_EML_21531959.3e-2071.8
TkA03G606970PF23798Beta-prop_SPT81532002.4e-0730.7
TkA03G606970PF25175Beta-prop_WDR51552003.7e-36125.6
TkA03G606970PF24805EIF3I1552001.6e-1661.1
TkA03G606970PF23381Beta-prop_IFT122_1st1562001.5e-32113.8
TkA03G606970PF25172Beta-prop_WDR3_2nd1571961.5e-2177.6
TkA03G606970PF24817WD40_WDHD1_1st1582012.2e-2383.6
TkA03G606970PF24807WD40_CDC20-Fz1581982.2e-2383.7
TkA03G606970PF25047Beta-prop_TEP1_2nd1591984.1e-2692.4
TkA03G606970PF23414Beta-prop_EML_21591959.3e-2071.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q3MKM6拟南芥sp|Q3MKM6|YAOL_ARATH U3 snoRNP-associated protein-like EMB227153.000%Swiss-Prot高置信
Q9M0V4拟南芥sp|Q9M0V4|YAO_ARATH U3 snoRNP-associated protein-like YAO64.600%Swiss-Prot高置信
Q75LV5水稻sp|Q75LV5|YAO_ORYSJ U3 snoRNP-associated protein-like YAOH64.700%Swiss-Prot高置信

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